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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ct4 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Mtb Lpd bound to inhibitor complex with 2-((2-cyano-N,5-dimethyl-1H-indole)-7-sulfonamido)-N-(4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-benzo[b] [1,4]oxazin-7-yl)acetamide | ||||||||||||
![]() | Dihydrolipoyl dehydrogenase | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / flavoprotein / glycolysis / redox-active center / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Cell redox homeostasis / dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase activity / NADH binding / pyruvate dehydrogenase complex / disulfide oxidoreductase activity / zymogen binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / antioxidant activity / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion ...Cell redox homeostasis / dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase activity / NADH binding / pyruvate dehydrogenase complex / disulfide oxidoreductase activity / zymogen binding / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / antioxidant activity / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.17 Å | ||||||||||||
![]() | Kochanczyk, T. / Arango, N. / Lima, C.D. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Mtb Lpd bound to the inhibitor 2-((2-cyano-N,5-dimethyl-1H-indole)-7-sulfonamido)-N-(4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-benzo[b] [1,4]oxazin-7-yl)acetamide at 2.17 Angstrom resolution 著者: Kochanczyk, T. / Arango, N. / Michino, M. / Sun, S. / Ginn, J. / Bryk, R. / Nathan, C. / Lima, C.D. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 364 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 300.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 66.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 26981MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49437.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: lpdC, lpd, Rv0462, MTV038.06 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Dihydrolipoyl dehydrogenase in complex with 2-((2-cyano-N,5-dimethyl-1H-indole)-7-sulfonamido)-N-(4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-benzo[b] [1,4]oxazin-7-yl)acetamide タイプ: COMPLEX 詳細: 2-((2-cyano-N,5-dimethyl-1H-indole)-7-sulfonamido)-N-(4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-benzo[b] [1,4]oxazin-7-yl)acetamide provided by the Tri-Institutional Therapeutics Discovery Institute ...詳細: 2-((2-cyano-N,5-dimethyl-1H-indole)-7-sulfonamido)-N-(4-(oxetan-3-yl)-3,4-dihydro-2H-benzo[b] [1,4]oxazin-7-yl)acetamide provided by the Tri-Institutional Therapeutics Discovery Institute (tritdi.org) contact: John Ginn (jginn@tritdi.org) Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.099 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 87.5 mM NaCl, 0.05% IGEPAL |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE 詳細: Temperature 22 C, humidity 100%, Wait time 8s, Blot time: 3.5s |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 70.66 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10748 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1177958 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7KMY PDB chain-ID: AB / Accession code: 7KMY / Source name: PDB / タイプ: experimental model |