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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8csz | ||||||
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タイトル | IscB and wRNA bound to Target DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / CRISPR / IscB / HEARO RNA / omega RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Schuler, G.A. / Hu, C. / Ke, A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Structural basis for RNA-guided DNA cleavage by IscB-ωRNA and mechanistic comparison with Cas9. 著者: Gabriel Schuler / Chunyi Hu / Ailong Ke / 要旨: Class 2 CRISPR effectors Cas9 and Cas12 may have evolved from nucleases in IS200/IS605 transposons. IscB is about two-fifths the size of Cas9 but shares a similar domain organization. The associated ...Class 2 CRISPR effectors Cas9 and Cas12 may have evolved from nucleases in IS200/IS605 transposons. IscB is about two-fifths the size of Cas9 but shares a similar domain organization. The associated ωRNA plays the combined role of CRISPR RNA (crRNA) and trans-activating CRISPR RNA tracrRNA) to guide double-stranded DNA (dsDNA) cleavage. Here we report a 2.78-angstrom cryo-electron microscopy structure of IscB-ωRNA bound to a dsDNA target, revealing the architectural and mechanistic similarities between IscB and Cas9 ribonucleoproteins. Target-adjacent motif recognition, R-loop formation, and DNA cleavage mechanisms are explained at high resolution. ωRNA plays the equivalent function of REC domains in Cas9 and contacts the RNA-DNA heteroduplex. The IscB-specific PLMP domain is dispensable for RNA-guided DNA cleavage. The transition from ancestral IscB to Cas9 involved dwarfing the ωRNA and introducing protein domain replacements. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8csz.cif.gz | 216.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8csz.ent.gz | 158.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8csz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8csz_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8csz_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8csz_validation.xml.gz | 31.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8csz_validation.cif.gz | 46.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/8csz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/8csz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26976MC 7utnC 8ctlC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 BE
#3: DNA鎖 | 分子量: 18305.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 18684.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 DC
#1: タンパク質 | 分子量: 56819.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Locked R-loop state / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): T7 Express (NEB) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 71877.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): T7 Express (NEB) |
-非ポリマー , 2種, 3分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ZN / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of IscB in complex with RNA and target DNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 190 kDa/nm / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株: T7 Express (NEB) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.25 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 6.5 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 33304 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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