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万見
- PDB-8cmo: Cryo-EM structure of the Photosystem I - LHCI supercomplex from C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cmo
タイトルCryo-EM structure of the Photosystem I - LHCI supercomplex from Coelastrella sp.
要素
  • (Light-harvesting protein of photosystem I ...) x 9
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 6
  • (Photosystem I subunit ...) x 2
  • Photosystem I reaction centre subunit XI PsaL
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Green alga / PSI / Coelastrella / membrane protein / Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / BETA-CAROTENE / Chem-C7Z / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / LAURIC ACID / DIACYL GLYCEROL / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE ...1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / BETA-CAROTENE / Chem-C7Z / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / LAURIC ACID / DIACYL GLYCEROL / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LPX / Chem-LUT / Chem-NKP / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / PHYLLOQUINONE / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / IRON/SULFUR CLUSTER / SPHINGOSINE / Chem-SQD / Phosphatidylinositol
類似検索 - 構成要素
生物種Coelastrella (植物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Fadeeva, M. / Klaiman, D. / Nelson, N.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation199/21 イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the Photosystem I - LHCI supercomplex from Coelastrella sp.
著者: Fadeeva, M. / Klaiman, D. / Nelson, N.
履歴
登録2023年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 PsaA
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 PsaB
C: Photosystem I subunit VII PsaC
D: Photosystem I reaction center subunit II PsaD
E: Photosystem I reaction center subunit IV PsaE
F: Photosystem I reaction center subunit III PsaF
G: Photosystem I reaction center subunit V PsaG
I: Photosystem I reaction center subunit VIII PsaI
J: Photosystem I subunit IX PsaJ
K: Photosystem I reaction center subunit X psaK
L: Photosystem I reaction centre subunit XI PsaL
1: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca1
Z: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca1
3: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca3
7: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca7
8: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca8
4: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca4
5: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca5
6: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca6
9: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca9
2: Light-harvesting protein of photosystem I Lhca2 partial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)732,389353
ポリマ－465,96721
非ポリマー266,421332
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 PsaA


分子量: 82115.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 PsaB


分子量: 81680.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)

-
Photosystem I subunit ... , 2種, 2分子 CJ

#3: タンパク質 Photosystem I subunit VII PsaC


分子量: 8780.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I subunit IX PsaJ


分子量: 4508.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 6種, 6分子 DEFGIK

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II PsaD


分子量: 16034.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV PsaE


分子量: 6850.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III PsaF


分子量: 17949.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)
#7: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit V PsaG


分子量: 9806.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII PsaI


分子量: 4352.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit X psaK


分子量: 8794.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)

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タンパク質 , 1種, 1分子 L

#11: タンパク質 Photosystem I reaction centre subunit XI PsaL


分子量: 12735.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)

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Light-harvesting protein of photosystem I ... , 9種, 10分子 1Z37845692

#12: タンパク質 Light-harvesting protein of photosystem I Lhca1


分子量: 20671.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)
#13: タンパク質 Light-harvesting protein of photosystem I Lhca3


分子量: 23971.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)
#14: タンパク質 Light-harvesting protein of photosystem I Lhca7


分子量: 24091.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)
#15: タンパク質 Light-harvesting protein of photosystem I Lhca8


分子量: 22796.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)
#16: タンパク質 Light-harvesting protein of photosystem I Lhca4


分子量: 22609.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)
#17: タンパク質 Light-harvesting protein of photosystem I Lhca5


分子量: 24988.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)
#18: タンパク質 Light-harvesting protein of photosystem I Lhca6


分子量: 24911.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)
#19: タンパク質 Light-harvesting protein of photosystem I Lhca9


分子量: 20119.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Coelastrella (植物)
#20: タンパク質 Light-harvesting protein of photosystem I Lhca2 partial


分子量: 7528.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: partial / 由来: (天然) Coelastrella (植物)

-
糖 , 2種, 8分子

#31: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#33: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 22種, 392分子

#21: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#22: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#23: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#24: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#25: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物 ChemComp-NKP / (2R)-2-hydroxy-3-(phosphonooxy)propyl (9E)-octadec-9-enoate / 18:1 LPA / oleoyl lysophosphatidic acid / 1-オレオイルリゾホスファチジン酸


分子量: 436.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H41O7P
#27: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル


分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#28: 化合物 ChemComp-OCA / OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) / オクタン酸


分子量: 144.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O2
#29: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#30: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#32: 化合物 ChemComp-RRX / (3R)-beta,beta-caroten-3-ol / beta-Cryptoxanthin / β-クリプトキサンチン


分子量: 552.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O
#34: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#35: 化合物 ChemComp-T7X / Phosphatidylinositol


分子量: 887.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H83O13P
#36: 化合物 ChemComp-C7Z / (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{S})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohex-3-en-1-ol / (3S)-β,β-カロテン-3α,3′α-ジオ-ル


分子量: 568.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#37: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#38: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#39: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#40: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#41: 化合物
ChemComp-3PH / 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / PHOSPHATIDIC ACID / ジステアロイルホスファチジン酸


分子量: 704.998 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H77O8P
#42: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
#43: 化合物 ChemComp-LPX / (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate / ヘキサデカン酸(S)-3-[(2-アミノエトキシホスホニル)オキシ]-2-ヒドロキシプロピル


分子量: 453.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44NO7P
#44: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Coelastrella sp. Photosystem I / タイプ: COMPLEX / 詳細: Contains 11 core subunits and 10 antenna proteins / Entity ID: #1-#19 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.9 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Coelastrella (植物) / 細胞内の位置: Thylakoid membrane / Organelle: Chloroplast
緩衝液pH: 8
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Chlorophyll concentration was provided
試料支持詳細: Harrick Plasma cleaner PDC-32G-2 / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 295 K / 詳細: blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1750 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 150 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 1.38 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 31707

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2RELION3.1画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 2972135
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 167160 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 50 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01352858
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.41774966
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d33.24321550
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1096311
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0139787

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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