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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8c06 | ||||||
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タイトル | Structure of Dimeric HECT E3 Ubiquitin Ligase UBR5 | ||||||
要素 | E3 ubiquitin-protein ligase UBR5 | ||||||
キーワード | LIGASE / E3 ligase / UBR5 / Ubiquitination / UBQ / Ubiquitin / HECT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heterochromatin boundary formation / HECT-type E3 ubiquitin transferase / DNA repair-dependent chromatin remodeling / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / progesterone receptor signaling pathway / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity ...heterochromatin boundary formation / HECT-type E3 ubiquitin transferase / DNA repair-dependent chromatin remodeling / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / progesterone receptor signaling pathway / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / DNA repair / DNA damage response / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Hehl, L.A. / Prabu, J.R. / Schulman, B.A. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024 タイトル: Structural snapshots along K48-linked ubiquitin chain formation by the HECT E3 UBR5. 著者: Laura A Hehl / Daniel Horn-Ghetko / J Rajan Prabu / Ronnald Vollrath / D Tung Vu / David A Pérez Berrocal / Monique P C Mulder / Gerbrand J van der Heden van Noort / Brenda A Schulman / 要旨: Ubiquitin (Ub) chain formation by homologous to E6AP C-terminus (HECT)-family E3 ligases regulates vast biology, yet the structural mechanisms remain unknown. We used chemistry and cryo-electron ...Ubiquitin (Ub) chain formation by homologous to E6AP C-terminus (HECT)-family E3 ligases regulates vast biology, yet the structural mechanisms remain unknown. We used chemistry and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to visualize stable mimics of the intermediates along K48-linked Ub chain formation by the human E3, UBR5. The structural data reveal a ≈ 620 kDa UBR5 dimer as the functional unit, comprising a scaffold with flexibly tethered Ub-associated (UBA) domains, and elaborately arranged HECT domains. Chains are forged by a UBA domain capturing an acceptor Ub, with its K48 lured into the active site by numerous interactions between the acceptor Ub, manifold UBR5 elements and the donor Ub. The cryo-EM reconstructions allow defining conserved HECT domain conformations catalyzing Ub transfer from E2 to E3 and from E3. Our data show how a full-length E3, ubiquitins to be adjoined, E2 and intermediary products guide a feed-forward HECT domain conformational cycle establishing a highly efficient, broadly targeting, K48-linked Ub chain forging machine. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8c06.cif.gz | 786.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8c06.ent.gz | 507.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8c06.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8c06_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8c06_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8c06_validation.xml.gz | 92.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8c06_validation.cif.gz | 143.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/8c06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/8c06 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16355MC 8c07C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 310266.188 Da / 分子数: 6 / 変異: K503R, L710D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBR5, EDD, EDD1, HYD, KIAA0896 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95071, HECT-type E3 ubiquitin transferase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dimeric HECT E3 Ubiquitin Ligase UBR5 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.62 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 67.8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 226919 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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