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- PDB-8bqs: Cryo-EM structure of the I-II-III2-IV2 respiratory supercomplex f... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8bqs
タイトルCryo-EM structure of the I-II-III2-IV2 respiratory supercomplex from Tetrahymena thermophila
要素
  • (Acyl carrier ...) x 2
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 3
  • (Gamma-carbonic ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] ...) x 7
  • (NADH dehydrogenase subunit ...) x 6
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase ...) x 7
  • (SURF1-like protein) x 2
  • (Transmembrane ...) x 35
  • (Transposase) x 2
  • (Zf-Tim10_DDP domain-containing ...) x 2
  • 2 iron, 2 sulfur cluster-binding protein
  • 2-oxoglutarate/malate carrier protein
  • 37S ribosomal protein S25, mitochondrial
  • 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
  • ABC transporter
  • ATP synthase subunit e, mitochondrial
  • Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II
  • Annexin
  • Apocytochrome b
  • CHCH domain-containing protein
  • COX assembly mitochondrial protein
  • COXTT10
  • COXTT12,Transmembrane protein,Transmembrane protein
  • COXTT22
  • COXTT27
  • COXTT28
  • COXTT9
  • CTF/NF-I domain-containing protein
  • CX9C domain-containing protein
  • Carrier protein
  • Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,chain 150
  • Complex I-MNLL
  • Complex III subunit VII
  • Cullin domain-containing protein
  • Cytochrome protein c1
  • DUF4885 domain-containing protein
  • Decapping nuclease
  • Diphthamide synthesis protein
  • DnaJ domain protein
  • ETC complex I subunit motif protein
  • GRAM domain protein
  • Iron-binding zinc finger CDGSH type protein
  • Lipid-A-disaccharide synthase
  • Lysozyme
  • M16 family peptidase, putative
  • Mobilization protein
  • NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
  • NADH dehydrogenase, putative
  • ND5a
  • NDUA13
  • NDUB10
  • NDUB4
  • NDUB6
  • NDUB8
  • NDUPH2
  • NDUTT10
  • NDUTT11
  • NDUTT12
  • NmrA domain-containing protein
  • Oxoglutarate/malate translocator protein, putative
  • PH domain-containing protein
  • Peptidase M16 inactive domain protein
  • Phage protein
  • Protein phosphatase 2C, putative
  • RNase III domain-containing protein
  • Ribosomal protein L51/S25/CI-B8 domain protein
  • Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit
  • SDHTT11
  • Structural protein
  • Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
  • Thioredoxin
  • Tim10/DDP family zinc finger protein
  • TraB family protein
  • Transcription factor apfi protein, putative
  • UQCRTT1
  • UQCRTT2
  • UQCRTT3
  • Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein
  • Uncharacterized protein
  • YflT domain-containing protein
  • Ymf57
  • Ymf58
  • Ymf62
  • Ymf65
  • Ymf67
  • Ymf68
  • Ymf70
  • Ymf75
  • Zinc-finger protein
  • succinate dehydrogenase
  • succinate dehydrogenase complex iron-sulfur subunit D
キーワードELECTRON TRANSPORT / Ciliate / Mitochondrial / Supercomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / thiosulfate transmembrane transporter activity / oxaloacetate transmembrane transporter activity / lipid-A-disaccharide synthase / lipid-A-disaccharide synthase activity / malate transmembrane transporter activity / quinol-cytochrome-c reductase / protein maturation by [2Fe-2S] cluster transfer / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / succinate transmembrane transporter activity ...NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / thiosulfate transmembrane transporter activity / oxaloacetate transmembrane transporter activity / lipid-A-disaccharide synthase / lipid-A-disaccharide synthase activity / malate transmembrane transporter activity / quinol-cytochrome-c reductase / protein maturation by [2Fe-2S] cluster transfer / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / succinate transmembrane transporter activity / P450-containing electron transport chain / : / sulfate transmembrane transporter activity / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / succinate dehydrogenase / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / succinate dehydrogenase (quinone) activity / phosphate ion transmembrane transport / : / : / cytochrome-c oxidase / antiporter activity / ubiquinone-6 biosynthetic process / anaerobic respiration / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / lipid A biosynthetic process / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / Golgi organization / NADH dehydrogenase activity / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / transmembrane transporter activity / : / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / chloroplast thylakoid membrane / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / ubiquinone binding / acyl binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl carrier activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / tricarboxylic acid cycle / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / mitochondrion organization / chloroplast / fatty acid metabolic process / mitochondrial membrane / electron transport chain / phospholipid binding / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / protein transport / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / electron transfer activity / ribosome / copper ion binding / DNA-binding transcription factor activity / heme binding / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Surfeit locus 1/Shy1 / Surfeit locus 1/4 / TraB/PryY-like / SURF1 family / SURF1 family profile. / CTF transcription factor/nuclear factor 1, DNA-binding domain / CTF/NF-I DNA-binding domain profile. / Glycosyl transferase, family 19 / Lipid-A-disaccharide synthetase / Tim10-like ...Surfeit locus 1/Shy1 / Surfeit locus 1/4 / TraB/PryY-like / SURF1 family / SURF1 family profile. / CTF transcription factor/nuclear factor 1, DNA-binding domain / CTF/NF-I DNA-binding domain profile. / Glycosyl transferase, family 19 / Lipid-A-disaccharide synthetase / Tim10-like / Tim10-like domain superfamily / Tim10/DDP family zinc finger / Mitochondrial substrate/solute carrier / Mitochondrial carrier domain superfamily / : / Mitochondrial carrier protein / Solute carrier (Solcar) repeat profile. / Iron-binding zinc finger, CDGSH type / MitoNEET, CDGSH iron-sulfur domain / CDGSH-type zinc finger. Function unknown. / Dynactin subunit 5 / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 21kDa subunit, N-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit / Adrenodoxin / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA / Fumarate reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. / 4Fe-4S dicluster domain / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein / Succinate dehydogenase/fumarate reductase N-terminal / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / Alpha-helical ferredoxin / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / FAD binding domain / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / DnaJ domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Chaperone J-domain superfamily / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / DnaJ domain / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Hexapeptide repeat / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Soluble ligand binding domain / Rieske iron-sulphur protein / SLBB domain / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 2 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / ETC complex I subunit conserved region / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / Chem-8Q1 / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE3-S4 CLUSTER / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / Chem-8Q1 / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE3-S4 CLUSTER / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Chem-LPP / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / IRON/SULFUR CLUSTER / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Ubiquinone-8 / Transmembrane protein, putative / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / Oxoglutarate/malate translocator protein, putative / NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein / SURF1-like protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Diphthamide synthesis protein / Transmembrane protein / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / SURF1-like protein / Transmembrane protein / NADH dehydrogenase, putative / Transmembrane protein / succinate dehydrogenase / Transmembrane protein, putative / Gamma-carbonic anhydrase / Transmembrane protein / Iron-binding zinc finger CDGSH type protein / Transcription factor apfi protein, putative / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / Ribosomal protein L51/S25/CI-B8 domain protein / Transmembrane protein / Acyl carrier protein / Transmembrane protein / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1, chain, putative / NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein / Transmembrane protein / Transmembrane protein, putative / Peptidase M16 inactive domain protein / Transmembrane protein, putative / Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit / Transmembrane protein / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / M16 family peptidase, putative / Zinc-finger protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / Transmembrane protein / NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein / Uncharacterized protein / Thioredoxin / CTF/NF-I domain-containing protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein, putative / DnaJ domain protein / lipid-A-disaccharide synthase / Transmembrane protein / Protein phosphatase 2C, putative / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein / Transmembrane protein / Transmembrane protein, putative / 2 iron, 2 sulfur cluster-binding protein / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein / Acyl carrier protein / Gamma-carbonic anhydrase / Uncharacterized protein / Transmembrane protein, putative / Carrier protein / Uncharacterized protein / Tim10/DDP family zinc finger protein / Transmembrane protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Muhleip, A. / Kock Flygaard, R. / Baradaran, R. / Amunts, A.
資金援助 スウェーデン, European Union, 4件
組織認可番号国
The Swedish Foundation for Strategic ResearchFFL15:0325 スウェーデン
Cancerfonden2017/1041 スウェーデン
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of mitochondrial membrane bending by I-II-III2-IV2 supercomplex
著者: Muhleip, A. / Kock Flygaard, R. / Baradaran, R. / Haapanen, O. / Gruhl, T. / Tobiasson, V. / Marechal, A. / Sharma, V. / Amunts, A.
履歴
登録2022年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A0: Lipid-A-disaccharide synthase
A1: NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
A2: DnaJ domain protein
A3: Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II
A4: RNase III domain-containing protein
A5: 37S ribosomal protein S25, mitochondrial
A6: Transmembrane protein, putative
A7: CX9C domain-containing protein
A8: ND5a
A9: Transmembrane protein, putative
AA: NADH dehydrogenase subunit 5
AB: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit
AC: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
AD: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
AE: NADH dehydrogenase subunit 7
AF: Ymf65
AG: Transcription factor apfi protein, putative
AH: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
AI: NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit
AJ: Ymf62
AK: Gamma-carbonic anhydrase
AL: NADH-ubiquinone oxidoreductase 1, chain, putative
AM: Gamma-carbonic anhydrase
AN: ETC complex I subunit motif protein
AO: NADH dehydrogenase subunit 9
AP: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
AQ: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
AR: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
AS: NADH dehydrogenase, putative
AT: NADH dehydrogenase subunit 10
AU: NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit
AV: Acyl carrier protein
AW: Acyl carrier protein
AX: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
AY: Ymf58
AZ: Ribosomal protein L51/S25/CI-B8 domain protein
B0: Transmembrane protein, putative
B1: ATP synthase subunit e, mitochondrial
B2: GRAM domain protein
B3: Transmembrane protein, putative
B4: Transmembrane protein, putative
B5: Transmembrane protein, putative
B6: NADH dehydrogenase subunit 1
BA: Transmembrane protein
BB: Transmembrane protein, putative
BC: NDUB8
BD: Transmembrane protein, putative
BE: NDUPH2
BF: NDUB10
BG: NDUA13
BH: NADH dehydrogenase subunit 2
BI: 2 iron, 2 sulfur cluster-binding protein
BJ: Thioredoxin
BK: COX assembly mitochondrial protein
BL: Transmembrane protein, putative
BM: Transmembrane protein, putative
BN: PH domain-containing protein
BO: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
BP: NDUB6
BQ: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
BR: Zinc-finger protein
BS: NDUB4
BT: NDUTT10
BU: NDUTT11
BV: NDUTT12
BW: CHCH domain-containing protein
BX: Transmembrane protein, putative
BY: Ymf57
BZ: Complex I-MNLL
CH: Diphthamide synthesis protein
CM: Transmembrane protein, putative
CL: Transposase
CA: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial
CI: DUF4885 domain-containing protein
CB: succinate dehydrogenase
CF: Transmembrane protein, putative
CG: Uncharacterized protein
CK: Transmembrane protein, putative
CE: NmrA domain-containing protein
CJ: Transmembrane protein, putative
CN: Transmembrane protein, putative
CC: Transmembrane protein
CO: SDHTT11
CD: succinate dehydrogenase complex iron-sulfur subunit D
A: Peptidase M16 inactive domain protein
B: M16 family peptidase, putative
C: Apocytochrome b
D: Cytochrome protein c1
E: Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit
F: Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein
G: UQCRTT1
H: Transmembrane protein, putative
I: Transmembrane protein, putative
J: UQCRTT3
K: Transmembrane protein, putative
L: UQCRTT2
a: Peptidase M16 inactive domain protein
b: M16 family peptidase, putative
c: Apocytochrome b
d: Cytochrome protein c1
e: Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit
f: Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein
g: UQCRTT1
h: Transmembrane protein, putative
i: Transmembrane protein, putative
k: Transmembrane protein, putative
l: UQCRTT2
j: UQCRTT3
DA: Cytochrome c oxidase subunit 1
DB: Cytochrome c oxidase subunit 2
DC: Ymf68
DD: Cytochrome C oxidase subunit Vb protein
DE: Transmembrane protein, putative
DF: Structural protein
DG: Transmembrane protein, putative
DH: Transmembrane protein, putative
DI: Transmembrane protein
DJ: Transmembrane protein, putative
DK: CTF/NF-I domain-containing protein
DM: Transmembrane protein, putative
DN: Ymf67
DO: Protein phosphatase 2C, putative
DP: SURF1-like protein
DQ: TraB family protein
DR: Transmembrane protein, putative
DS: Oxoglutarate/malate translocator protein, putative
DT: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8, mitochondrial
DU: Carrier protein
DV: 2-oxoglutarate/malate carrier protein
DW: SURF1-like protein
DX: COXTT9
DY: COXTT10
DZ: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
EA: COXTT12,Transmembrane protein,Transmembrane protein
EB: Transmembrane protein, putative
EC: COXTT27
ED: Ymf75
EE: Mobilization protein
EF: Iron-binding zinc finger CDGSH type protein
EG: COXTT28
EH: Transmembrane protein, putative
EI: Transmembrane protein
EV: Decapping nuclease
EK: Complex III subunit VII
EL: Transmembrane protein, putative
EM: Transmembrane protein, putative
EN: COXTT22
EO: Transmembrane protein, putative
EP: Phage protein
EQ: Transmembrane protein, putative
ER: Lysozyme
ES: Ymf70
ET: Zf-Tim10_DDP domain-containing protein
EU: ABC transporter
EJ: YflT domain-containing protein
EW: Cullin domain-containing protein
EX: Zf-Tim10_DDP domain-containing protein
EY: Annexin
EZ: Transposase
FA: Tim10/DDP family zinc finger protein
Da: Cytochrome c oxidase subunit 1
Db: Cytochrome c oxidase subunit 2
Dc: Ymf68
Dd: Cytochrome C oxidase subunit Vb protein
De: Transmembrane protein, putative
Df: Structural protein
Dg: Transmembrane protein, putative
Dh: Transmembrane protein, putative
Di: Transmembrane protein
Dj: Transmembrane protein, putative
Dk: CTF/NF-I domain-containing protein
Dm: Transmembrane protein, putative
Dn: Ymf67
Do: Protein phosphatase 2C, putative
Dp: SURF1-like protein
Dq: TraB family protein
Dr: Transmembrane protein, putative
Ds: Oxoglutarate/malate translocator protein, putative
Dt: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8, mitochondrial
Du: Carrier protein
Dv: 2-oxoglutarate/malate carrier protein
Dw: SURF1-like protein
Dx: COXTT9
Dy: COXTT10
Dz: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial
Ea: COXTT12,Transmembrane protein,Transmembrane protein
Eb: Transmembrane protein, putative
Ec: COXTT27
Ed: Ymf75
Ee: Mobilization protein
Ef: Iron-binding zinc finger CDGSH type protein
Eg: COXTT28
Eh: Transmembrane protein, putative
Ei: Transmembrane protein
Ev: Decapping nuclease
Ek: Complex III subunit VII
El: Transmembrane protein, putative
Em: Transmembrane protein, putative
En: COXTT22
Eo: Transmembrane protein, putative
Ep: Phage protein
Eq: Transmembrane protein, putative
Er: Lysozyme
Es: Ymf70
Et: Zf-Tim10_DDP domain-containing protein
Eu: ABC transporter
Ej: YflT domain-containing protein
Ew: Cullin domain-containing protein
Ex: Zf-Tim10_DDP domain-containing protein
Ey: Annexin
Ez: Transposase
Fa: Tim10/DDP family zinc finger protein
Dl: Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,chain 150
DL: Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,chain 150
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,250,635598
ポリマ－5,867,484214
非ポリマー383,150384
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

+
タンパク質 , 82種, 123分子 A0A1A2A3A4A5A7A8AFAGAJANASAYAZB1B2BCBEBFBGBIBJBKBNBPBRBSBTBU...

#1: タンパク質 Lipid-A-disaccharide synthase


分子量: 59307.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22E24, lipid-A-disaccharide synthase
#2: タンパク質 NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein


分子量: 41375.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MLH2
#3: タンパク質 DnaJ domain protein


分子量: 36878.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22DR7
#4: タンパク質 Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II


分子量: 36709.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q24HK5
#5: タンパク質 RNase III domain-containing protein


分子量: 35409.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LUQ4
#6: タンパク質 37S ribosomal protein S25, mitochondrial


分子量: 33201.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MIJ7
#8: タンパク質 CX9C domain-containing protein


分子量: 28412.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MMF4
#9: タンパク質 ND5a


分子量: 25493.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
#16: タンパク質 Ymf65


分子量: 43146.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q951A3
#17: タンパク質 Transcription factor apfi protein, putative


分子量: 39793.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M8Q7
#20: タンパク質 Ymf62


分子量: 30448.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q950Y2
#24: タンパク質 ETC complex I subunit motif protein


分子量: 24277.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23ND5
#29: タンパク質 NADH dehydrogenase, putative


分子量: 20167.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M2Y3
#35: タンパク質 Ymf58


分子量: 13509.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q950Z5
#36: タンパク質 Ribosomal protein L51/S25/CI-B8 domain protein


分子量: 12157.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MA77
#38: タンパク質 ATP synthase subunit e, mitochondrial


分子量: 11283.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22E95
#39: タンパク質 GRAM domain protein


分子量: 10920.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: W7X4R4
#46: タンパク質 NDUB8


分子量: 24150.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M855
#48: タンパク質 NDUPH2


分子量: 22446.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23KE0
#49: タンパク質 NDUB10


分子量: 22167.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23KG0
#50: タンパク質 NDUA13


分子量: 21045.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M2U4
#52: タンパク質 2 iron, 2 sulfur cluster-binding protein


分子量: 19564.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22W11
#53: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 19540.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22AI5
#54: タンパク質 COX assembly mitochondrial protein


分子量: 17078.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M1N8
#57: タンパク質 PH domain-containing protein


分子量: 15785.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22SC4
#59: タンパク質 NDUB6


分子量: 15444.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q231G0
#61: タンパク質 Zinc-finger protein


分子量: 15141.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MK02
#62: タンパク質 NDUB4


分子量: 14410.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MG29
#63: タンパク質 NDUTT10


分子量: 14963.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
#64: タンパク質 NDUTT11


分子量: 15334.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
#65: タンパク質 NDUTT12


分子量: 13983.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
#66: タンパク質 CHCH domain-containing protein


分子量: 13747.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MIM0
#68: タンパク質 Ymf57


分子量: 12473.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q951C2
#69: タンパク質 Complex I-MNLL


分子量: 12103.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22W63
#70: タンパク質 Diphthamide synthesis protein


分子量: 22894.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LX66
#72: タンパク質 Transposase


分子量: 11027.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: W7XBF5
#73: タンパク質 Succinate dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein subunit, mitochondrial


分子量: 70082.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23DI3, succinate dehydrogenase
#74: タンパク質 DUF4885 domain-containing protein


分子量: 12979.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22YL0
#75: タンパク質 succinate dehydrogenase


分子量: 36002.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M403
#77: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 23627.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MEX7
#79: タンパク質 NmrA domain-containing protein


分子量: 36376.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q24I09
#85: タンパク質 Peptidase M16 inactive domain protein


分子量: 58023.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MGU2
#86: タンパク質 M16 family peptidase, putative


分子量: 53030.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MJ25
#87: タンパク質 Apocytochrome b


分子量: 50635.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q950Z1
#88: タンパク質 Cytochrome protein c1


分子量: 37616.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q24IM5
#89: タンパク質 Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit


分子量: 30696.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MIC7
#90: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein


分子量: 9885.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23K66
#91: タンパク質 UQCRTT1


分子量: 39193.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23F81
#94: タンパク質 UQCRTT3


分子量: 5634.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
#99: タンパク質 Ymf68


分子量: 72782.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q950Y6
#102: タンパク質 Structural protein


分子量: 27946.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q24I72
#107: タンパク質 CTF/NF-I domain-containing protein


分子量: 116812.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22CI1
#109: タンパク質 Ymf67


分子量: 54538.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q950Y7
#110: タンパク質 Protein phosphatase 2C, putative


分子量: 53011.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22FX8
#111: タンパク質 SURF1-like protein


分子量: 47087.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M1Q4
#112: タンパク質 TraB family protein


分子量: 45064.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23DP7
#114: タンパク質 Oxoglutarate/malate translocator protein, putative


分子量: 40434.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: A4VDV3
#116: タンパク質 Carrier protein


分子量: 37095.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22ZA6
#117: タンパク質 2-oxoglutarate/malate carrier protein


分子量: 36132.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23M99
#118: タンパク質 SURF1-like protein


分子量: 35794.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LTZ4
#119: タンパク質 COXTT9


分子量: 29865.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LY65
#120: タンパク質 COXTT10


分子量: 28101.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MD70
#121: タンパク質 39S ribosomal protein L9, mitochondrial


分子量: 27034.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: W7X4J9
#122: タンパク質 COXTT12,Transmembrane protein,Transmembrane protein


分子量: 25953.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M3P9
#124: タンパク質 COXTT27


分子量: 23368.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
#125: タンパク質 Ymf75


分子量: 23325.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q951A7
#126: タンパク質 Mobilization protein


分子量: 23257.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23F08
#127: タンパク質 Iron-binding zinc finger CDGSH type protein


分子量: 21476.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M8P0
#128: タンパク質 COXTT28


分子量: 11121.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
#131: タンパク質 Decapping nuclease


分子量: 10242.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LVX0
#132: タンパク質 Complex III subunit VII


分子量: 19882.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q230X6
#135: タンパク質 COXTT22


分子量: 17701.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MFV5
#137: タンパク質 Phage protein


分子量: 14740.897 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q24C97
#139: タンパク質 Lysozyme


分子量: 12273.913 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M9E7
#140: タンパク質 Ymf70


分子量: 10891.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q950Y0
#142: タンパク質 ABC transporter


分子量: 10418.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LTF1
#143: タンパク質 YflT domain-containing protein


分子量: 19979.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M8Y9
#144: タンパク質 Cullin domain-containing protein


分子量: 8965.917 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22N23
#146: タンパク質 Annexin


分子量: 8155.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q233U0
#147: タンパク質 Transposase


分子量: 8081.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22A35
#148: タンパク質 Tim10/DDP family zinc finger protein


分子量: 8008.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: W7X3D6
#149: タンパク質 Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,Chromosome condensation regulator RCC1 repeat protein,chain 150


分子量: 50912.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22RF2

+
Transmembrane ... , 35種, 52分子 A6A9B0B3B4B5BABBBDBLBMBXCMCFCKCJCNCCHhIiKkDEDeDGDgDHDh...

#7: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 29389.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q24C39
#10: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 26545.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q24F24
#37: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 11451.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MI60
#40: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 9942.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: A4VD20
#41: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 8787.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22DC2
#42: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 8445.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MIK1
#44: タンパク質 Transmembrane protein


分子量: 24823.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MIE0
#45: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 24419.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22Z32
#47: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 23971.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LT77
#55: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 16909.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22HE4
#56: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 15831.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M9B3
#67: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 13340.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22T55
#71: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 9168.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22HD6
#76: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 35124.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q248F8
#78: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 11188.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q24CW6
#80: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 11957.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23S01
#81: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 7244.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: W7XF00
#82: タンパク質 Transmembrane protein


分子量: 7036.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23RH8
#92: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 15677.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M484
#93: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 14262.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MM45
#95: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 7455.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MFL6
#101: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 15618.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: W7XCY5
#103: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 12786.321 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23DS4
#104: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 16427.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MGF9
#105: タンパク質 Transmembrane protein


分子量: 28652.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: W7X287
#106: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 26601.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: W7WZP1
#108: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 57814.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22PJ5
#113: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 41307.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23DG8
#123: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 24701.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LZX8
#129: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 20388.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23D87
#130: タンパク質 Transmembrane protein


分子量: 20025.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MKT6
#133: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 18801.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23VY4
#134: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 18600.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22DP8
#136: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 15588.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23TE5
#138: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 14344.524 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22W32

+
NADH dehydrogenase subunit ... , 6種, 6分子 AAAEAOATB6BH

#11: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 88179.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
参照: UniProt: Q950Z0, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#15: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 7


分子量: 51227.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
参照: UniProt: Q951B1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#25: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 9


分子量: 23830.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
参照: UniProt: Q950Z3, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#30: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 10


分子量: 18324.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
参照: UniProt: Q951B4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#43: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 1


分子量: 7238.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
#51: タンパク質 NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 20899.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
参照: UniProt: Q951B2, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

+
NADH-ubiquinone oxidoreductase ... , 7種, 7分子 ABACAHAIALAUAX

#12: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit


分子量: 80580.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23KA9
#13: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4


分子量: 58690.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
参照: UniProt: Q950X9, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#18: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1


分子量: 32636.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
参照: UniProt: Q950Y3, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#19: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit


分子量: 31216.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MEP0
#22: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 1, chain, putative


分子量: 28053.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MDW5
#31: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit


分子量: 17381.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7LT42
#34: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3


分子量: 14416.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
参照: UniProt: Q950Z7, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] ... , 7種, 8分子 ADAPAQARBOBQDTDt

#14: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 52313.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
参照: UniProt: Q23KE4, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#26: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12


分子量: 22890.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: A4VDQ6
#27: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial


分子量: 22698.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q233X7
#28: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial


分子量: 21642.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MK61
#58: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8


分子量: 15689.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23B10
#60: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4


分子量: 15193.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MAF0
#115: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8, mitochondrial


分子量: 37552.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23DZ5

+
Gamma-carbonic ... , 2種, 2分子 AKAM

#21: タンパク質 Gamma-carbonic anhydrase


分子量: 28216.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22XU5
#23: タンパク質 Gamma-carbonic anhydrase


分子量: 25395.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M6S0

+
Acyl carrier ... , 2種, 2分子 AVAW

#32: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 16249.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q22XT6
#33: タンパク質 Acyl carrier protein


分子量: 15428.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MD12

+
タンパク質・ペプチド , 3種, 4分子 COCDLl

#83: タンパク質・ペプチド SDHTT11


分子量: 5459.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: succinate dehydrogenase Tetrahymena thermophila subunit 11 GenBank: DY684362.1
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
#84: タンパク質・ペプチド succinate dehydrogenase complex iron-sulfur subunit D


分子量: 5566.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210
#96: タンパク質・ペプチド UQCRTT2


分子量: 4850.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210

+
Cytochrome c oxidase subunit ... , 3種, 6分子 DADaDBDbDDDd

#97: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1


分子量: 80578.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q950Y4
#98: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2


分子量: 72388.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q950Y9
#100: タンパク質 Cytochrome C oxidase subunit Vb protein


分子量: 75417.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23FF5

+
Zf-Tim10 DDP domain-containing ... , 2種, 4分子 ETEtEXEx

#141: タンパク質 Zf-Tim10_DDP domain-containing protein


分子量: 10435.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q231A8
#145: タンパク質 Zf-Tim10_DDP domain-containing protein


分子量: 8354.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: W7XDM6

+
非ポリマー , 24種, 384分子

#150: 化合物...
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#151: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#152: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#153: 化合物...
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#154: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#155: 化合物...
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#156: 化合物
ChemComp-LPP / 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / L-B,G-DIPALMITOYL-A-PHOSPHATIDIC ACID DISODIUM SALT / 3-SN-PHOSPHATIDIC ACID / 1,2-DIPALMITOYLDISODIUM SALT / ジパルミトイルホスファチジン酸


分子量: 648.891 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H69O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#157: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#158: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#159: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#160: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#161: 化合物 ChemComp-8Q1 / S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate / S-dodecanoyl-4'-phosphopantetheine


分子量: 540.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N2O8PS
#162: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#163: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#164: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#165: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#166: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#167: 化合物
ChemComp-UQ8 / Ubiquinone-8 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-oc taen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / ユビキノン8


分子量: 727.109 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H74O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#168: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#169: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#170: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#171: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#172: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#173: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: respiratory chain supercomplex from the ciliate Tetrahymena thermophila
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#149 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 31 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 138746 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002409457
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.535549429
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.965158588
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05555792
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00367826

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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