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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bk8 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of beta-galactosidase at 2.9 A resolution plunged 205 ms after mixing with apoferritin | ||||||||||||
要素 | Beta-galactosidase | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / Glycosyl hydrolase | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / magnesium ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Torino, S. / Dhurandhar, M. / Efremov, R. | ||||||||||||
資金援助 | European Union, ベルギー, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2023 タイトル: Time-resolved cryo-EM using a combination of droplet microfluidics with on-demand jetting. 著者: Stefania Torino / Mugdha Dhurandhar / Annelore Stroobants / Raf Claessens / Rouslan G Efremov / 要旨: Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) allows reconstruction of high-resolution structures of proteins in different conformations. Protein function often involves transient ...Single-particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) allows reconstruction of high-resolution structures of proteins in different conformations. Protein function often involves transient functional conformations, which can be resolved using time-resolved cryo-EM (trEM). In trEM, reactions are arrested after a defined delay time by rapid vitrification of protein solution on the EM grid. Despite the increasing interest in trEM among the cryo-EM community, making trEM samples with a time resolution below 100 ms remains challenging. Here we report the design and the realization of a time-resolved cryo-plunger that combines a droplet-based microfluidic mixer with a laser-induced generator of microjets that allows rapid reaction initiation and plunge-freezing of cryo-EM grids. Using this approach, a time resolution of 5 ms was achieved and the protein density map was reconstructed to a resolution of 2.1 Å. trEM experiments on GroEL:GroES chaperonin complex resolved the kinetics of the complex formation and visualized putative short-lived conformations of GroEL-ATP complex. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bk8.cif.gz | 703 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bk8.ent.gz | 575.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bk8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bk8_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bk8_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bk8_validation.xml.gz | 107.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bk8_validation.cif.gz | 163 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/8bk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/8bk8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16092MC 8bk7C 8bk9C 8bkaC 8bkbC 8bkgC 8bkzC 8bl2C 8bl7C 8blcC 8bldC 8bleC 8blfC 8blyC 8bm0C 8bm1C 8bmdC 8bmoC 8bmtC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 117488.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: lacZ, b0344, JW0335 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00722, beta-galactosidase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Beta-galactosidase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: contains Amaranth dye (acid red 27) 32 mM | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Beta-galactosidase in buffer of Amaranth dye (acid red 27 concentration 32 mM) | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 60000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.55 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER |
撮影 | 平均露光時間: 2.796 sec. / 電子線照射量: 59 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1409 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12887 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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