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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bei | ||||||||||||
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タイトル | Structure of hexameric subcomplexes (Truncation Delta2-6) of the fractal citrate synthase from Synechococcus elongatus PCC7942 | ||||||||||||
要素 | Citrate synthase | ||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE / Fractal complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Lo, Y.K. / Bohn, S. / Sendker, F.L. / Schuller, J.M. / Hochberg, G. | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Emergence of fractal geometries in the evolution of a metabolic enzyme. 著者: Franziska L Sendker / Yat Kei Lo / Thomas Heimerl / Stefan Bohn / Louise J Persson / Christopher-Nils Mais / Wiktoria Sadowska / Nicole Paczia / Eva Nußbaum / María Del Carmen Sánchez ...著者: Franziska L Sendker / Yat Kei Lo / Thomas Heimerl / Stefan Bohn / Louise J Persson / Christopher-Nils Mais / Wiktoria Sadowska / Nicole Paczia / Eva Nußbaum / María Del Carmen Sánchez Olmos / Karl Forchhammer / Daniel Schindler / Tobias J Erb / Justin L P Benesch / Erik G Marklund / Gert Bange / Jan M Schuller / Georg K A Hochberg / 要旨: Fractals are patterns that are self-similar across multiple length-scales. Macroscopic fractals are common in nature; however, so far, molecular assembly into fractals is restricted to synthetic ...Fractals are patterns that are self-similar across multiple length-scales. Macroscopic fractals are common in nature; however, so far, molecular assembly into fractals is restricted to synthetic systems. Here we report the discovery of a natural protein, citrate synthase from the cyanobacterium Synechococcus elongatus, which self-assembles into Sierpiński triangles. Using cryo-electron microscopy, we reveal how the fractal assembles from a hexameric building block. Although different stimuli modulate the formation of fractal complexes and these complexes can regulate the enzymatic activity of citrate synthase in vitro, the fractal may not serve a physiological function in vivo. We use ancestral sequence reconstruction to retrace how the citrate synthase fractal evolved from non-fractal precursors, and the results suggest it may have emerged as a harmless evolutionary accident. Our findings expand the space of possible protein complexes and demonstrate that intricate and regulatable assemblies can evolve in a single substitution. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bei.cif.gz | 397.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bei.ent.gz | 328.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bei.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bei_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bei_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bei_validation.xml.gz | 63.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bei_validation.cif.gz | 88.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/8bei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/8bei | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16004MC 8an1C 8bp7C 8rjkC 8rjlC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43879.867 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア) 株: PCC 7942 / FACHB-805 / 遺伝子: Synpcc7942_0612 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q31QM5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Truncated (Delta 2-6) variant of the citrate synthase from Synechococcus elongatus PCC7942 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 774026 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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