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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bd6 | |||||||||||||||
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タイトル | Cas12k-sgRNA-dsDNA-TnsC non-productive complex. | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / Cas12k / sgRNA / TnsC / CRISPR-Cas / Tn7-like transposons / transposition | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Bacterial TniB / Bacterial TniB protein / : / : / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||||||||
生物種 | Scytonema hofmannii (バクテリア) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Schmitz, M. / Querques, I. / Oberli, S. / Chanez, C. / Jinek, M. | |||||||||||||||
資金援助 | スイス, European Union, 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: Structural basis for the assembly of the type V CRISPR-associated transposon complex. 著者: Michael Schmitz / Irma Querques / Seraina Oberli / Christelle Chanez / Martin Jinek / 要旨: CRISPR-Cas systems have been co-opted by Tn7-like transposable elements to direct RNA-guided transposition. Type V-K CRISPR-associated transposons rely on the concerted activities of the ...CRISPR-Cas systems have been co-opted by Tn7-like transposable elements to direct RNA-guided transposition. Type V-K CRISPR-associated transposons rely on the concerted activities of the pseudonuclease Cas12k, the AAA+ ATPase TnsC, the Zn-finger protein TniQ, and the transposase TnsB. Here we present a cryo-electron microscopic structure of a target DNA-bound Cas12k-transposon recruitment complex comprised of RNA-guided Cas12k, TniQ, a polymeric TnsC filament and, unexpectedly, the ribosomal protein S15. Complex assembly, mediated by a network of interactions involving the guide RNA, TniQ, and S15, results in R-loop completion. TniQ contacts two TnsC protomers at the Cas12k-proximal filament end, likely nucleating its polymerization. Transposition activity assays corroborate our structural findings, implying that S15 is a bona fide component of the type V crRNA-guided transposon machinery. Altogether, our work uncovers key mechanistic aspects underpinning RNA-mediated assembly of CRISPR-associated transposons to guide their development as programmable tools for site-specific insertion of large DNA payloads. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bd6.cif.gz | 667.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8bd6.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8bd6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8bd6_validation.pdf.gz | 2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8bd6_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8bd6_validation.xml.gz | 105.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8bd6_validation.cif.gz | 148.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bd6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/8bd6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15976MC 8bd4C 8bd5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 10分子 ARSTUVWXYZ
#1: タンパク質 | 分子量: 79156.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Scytonema hofmannii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8M0FGU0 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 31444.617 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Scytonema hofmannii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8J0PCL3 |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 B
#2: RNA鎖 | 分子量: 82376.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Scytonema hofmannii (バクテリア) |
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-DNA鎖 , 3種, 4分子 CDcd
#3: DNA鎖 | 分子量: 14916.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#4: DNA鎖 | 分子量: 15125.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#6: DNA鎖 | 分子量: 12303.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 18分子
#7: 化合物 | ChemComp-ATP / #8: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Target DNA bound Cas12k-sgRNA-TnsC complex in non-productive state タイプ: COMPLEX / 詳細: Cas12k, sgRNA, target DNA, TnsC / Entity ID: #1-#3, #6, #4-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 67.68 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 133000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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