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- PDB-8bbe: Structure of the IFT-A complex; IFT-A2 module -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bbe
タイトルStructure of the IFT-A complex; IFT-A2 module
要素
  • Intraflagellar transport protein 122 homolog
  • Intraflagellar transport protein 43 homolog
  • SNAP-tag,Tetratricopeptide repeat protein 21B
  • WD repeat-containing protein 35
キーワードTRANSPORT PROTEIN / cilia / intraflagellar transport / membrane protein import / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to non-motile cilium / regulation of intraciliary retrograde transport / forebrain dorsal/ventral pattern formation / intraciliary anterograde transport / intraciliary transport particle A / negative regulation of eating behavior / embryonic heart tube left/right pattern formation / embryonic body morphogenesis / cerebellar Purkinje cell differentiation / intraciliary retrograde transport ...protein localization to non-motile cilium / regulation of intraciliary retrograde transport / forebrain dorsal/ventral pattern formation / intraciliary anterograde transport / intraciliary transport particle A / negative regulation of eating behavior / embryonic heart tube left/right pattern formation / embryonic body morphogenesis / cerebellar Purkinje cell differentiation / intraciliary retrograde transport / establishment of protein localization to organelle / intraciliary transport / spinal cord dorsal/ventral patterning / photoreceptor connecting cilium / ciliary tip / ventricular system development / Intraflagellar transport / camera-type eye morphogenesis / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / regulation of smoothened signaling pathway / non-motile cilium / embryonic heart tube development / embryonic forelimb morphogenesis / limb development / smoothened signaling pathway / axoneme / Bergmann glial cell differentiation / centriolar satellite / cilium assembly / Hedgehog 'off' state / negative regulation of smoothened signaling pathway / centriole / ciliary basal body / cellular response to leukemia inhibitory factor / neural tube closure / cilium / microtubule cytoskeleton / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cytoskeleton / intracellular signal transduction / centrosome / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intraflagellar transport protein 43 / Intraflagellar transport protein 43 / Tetratricopeptide repeat protein 21A/21B / WD repeat protein 35 / Intraflagellar transport protein 122 homolog / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Tetratricopeptide repeat ...Intraflagellar transport protein 43 / Intraflagellar transport protein 43 / Tetratricopeptide repeat protein 21A/21B / WD repeat protein 35 / Intraflagellar transport protein 122 homolog / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetratricopeptide repeat protein 21B / Intraflagellar transport protein 43 homolog / Intraflagellar transport protein 122 homolog / WD repeat-containing protein 35
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hesketh, S.J. / Mukhopadhyay, A.G. / Nakamura, D. / Toropova, K. / Roberts, A.J.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
Wellcome Trust217186/Z/19/Z 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S007202/1 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: IFT-A structure reveals carriages for membrane protein transport into cilia.
著者: Sophie J Hesketh / Aakash G Mukhopadhyay / Dai Nakamura / Katerina Toropova / Anthony J Roberts /
要旨: Intraflagellar transport (IFT) trains are massive molecular machines that traffic proteins between cilia and the cell body. Each IFT train is a dynamic polymer of two large complexes (IFT-A and -B) ...Intraflagellar transport (IFT) trains are massive molecular machines that traffic proteins between cilia and the cell body. Each IFT train is a dynamic polymer of two large complexes (IFT-A and -B) and motor proteins, posing a formidable challenge to mechanistic understanding. Here, we reconstituted the complete human IFT-A complex and obtained its structure using cryo-EM. Combined with AlphaFold prediction and genome-editing studies, our results illuminate how IFT-A polymerizes, interacts with IFT-B, and uses an array of β-propeller and TPR domains to create "carriages" of the IFT train that engage TULP adaptor proteins. We show that IFT-A⋅TULP carriages are essential for cilia localization of diverse membrane proteins, as well as ICK-the key kinase regulating IFT train turnaround. These data establish a structural link between IFT-A's distinct functions, provide a blueprint for IFT-A in the train, and shed light on how IFT evolved from a proto-coatomer ancestor.
履歴
登録2022年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Intraflagellar transport protein 122 homolog
D: SNAP-tag,Tetratricopeptide repeat protein 21B
E: WD repeat-containing protein 35
F: Intraflagellar transport protein 43 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)470,0194
ポリマ－470,0194
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Intraflagellar transport protein 122 homolog / WD repeat-containing protein 10 / WD repeat-containing protein 140


分子量: 141713.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFT122, SPG, WDR10, WDR140
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9HBG6
#2: タンパク質 SNAP-tag,Tetratricopeptide repeat protein 21B / TPR repeat protein 21B / Intraflagellar transport 139 homolog


分子量: 170652.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGMT, TTC21B, IFT139, KIAA1992, Nbla10696
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q7Z4L5
#3: タンパク質 WD repeat-containing protein 35 / Intraflagellar transport protein 121 homolog


分子量: 134037.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR35, IFT121, KIAA1336
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9P2L0
#4: タンパク質 Intraflagellar transport protein 43 homolog


分子量: 23615.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFT43, C14orf179
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96FT9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: IFT-A complex; IFT-A2 module / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 48 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
詳細: Average electron dose for additional dataset was 49.5 (e-/A2)

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解析

EMソフトウェア名称: EPU / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 242645 / 詳細: Resolution range 3.2-8A / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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