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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8b6z | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM Structure of Extended eEF1A bound to the Ribosome in the Classical Pre State | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / translation / protein biogenesis / elongation factor | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoplasmic side of lysosomal membrane / Eukaryotic Translation Elongation / eukaryotic translation elongation factor 1 complex / regulation of chaperone-mediated autophagy / translation factor activity, RNA binding / positive regulation of lipid kinase activity / translational elongation / translation elongation factor activity / translation / positive regulation of apoptotic process ...cytoplasmic side of lysosomal membrane / Eukaryotic Translation Elongation / eukaryotic translation elongation factor 1 complex / regulation of chaperone-mediated autophagy / translation factor activity, RNA binding / positive regulation of lipid kinase activity / translational elongation / translation elongation factor activity / translation / positive regulation of apoptotic process / GTPase activity / synapse / GTP binding / protein kinase binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gemmer, M. / Fedry, J.M.M. / Forster, F.G. | ||||||||||||
資金援助 | European Union, オランダ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Visualization of translation and protein biogenesis at the ER membrane. 著者: Max Gemmer / Marten L Chaillet / Joyce van Loenhout / Rodrigo Cuevas Arenas / Dimitrios Vismpas / Mariska Gröllers-Mulderij / Fujiet A Koh / Pascal Albanese / Richard A Scheltema / Stuart C ...著者: Max Gemmer / Marten L Chaillet / Joyce van Loenhout / Rodrigo Cuevas Arenas / Dimitrios Vismpas / Mariska Gröllers-Mulderij / Fujiet A Koh / Pascal Albanese / Richard A Scheltema / Stuart C Howes / Abhay Kotecha / Juliette Fedry / Friedrich Förster / 要旨: The dynamic ribosome-translocon complex, which resides at the endoplasmic reticulum (ER) membrane, produces a major fraction of the human proteome. It governs the synthesis, translocation, membrane ...The dynamic ribosome-translocon complex, which resides at the endoplasmic reticulum (ER) membrane, produces a major fraction of the human proteome. It governs the synthesis, translocation, membrane insertion, N-glycosylation, folding and disulfide-bond formation of nascent proteins. Although individual components of this machinery have been studied at high resolution in isolation, insights into their interplay in the native membrane remain limited. Here we use cryo-electron tomography, extensive classification and molecular modelling to capture snapshots of mRNA translation and protein maturation at the ER membrane at molecular resolution. We identify a highly abundant classical pre-translocation intermediate with eukaryotic elongation factor 1a (eEF1a) in an extended conformation, suggesting that eEF1a may remain associated with the ribosome after GTP hydrolysis during proofreading. At the ER membrane, distinct polysomes bind to different ER translocons specialized in the synthesis of proteins with signal peptides or multipass transmembrane proteins with the translocon-associated protein complex (TRAP) present in both. The near-complete atomic model of the most abundant ER translocon variant comprising the protein-conducting channel SEC61, TRAP and the oligosaccharyltransferase complex A (OSTA) reveals specific interactions of TRAP with other translocon components. We observe stoichiometric and sub-stoichiometric cofactors associated with OSTA, which are likely to include protein isomerases. In sum, we visualize ER-bound polysomes with their coordinated downstream machinery. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8b6z.cif.gz | 193.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8b6z.ent.gz | 95.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8b6z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8b6z_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8b6z_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8b6z_validation.xml.gz | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8b6z_validation.cif.gz | 39.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/8b6z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/8b6z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15893MC 8b6lC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50545.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05639 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 1640222.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 86475748 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ribosome in the Classical Pre+ state / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 200 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19046 / 対称性のタイプ: POINT |