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万見
- PDB-8b6j: Cryo-EM structure of cytochrome bc1 complex (complex-III) from re... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8b6j
タイトルCryo-EM structure of cytochrome bc1 complex (complex-III) from respiratory supercomplex of Tetrahymena thermophila
要素
  • (Transmembrane protein, ...) x 3
  • Apocytochrome b
  • Cytochrome protein c1
  • M16 family peptidase, putative
  • Peptidase M16 inactive domain protein
  • Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit
  • UQCRTT1
  • UQCRTT2
  • UQCRTT3/UP1
  • Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / Ciliate / mitochondrial / cytochrome bc1 / supercomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


quinol-cytochrome-c reductase / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity ...quinol-cytochrome-c reductase / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily ...Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Ubiquinone-8 / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein, putative / Peptidase M16 inactive domain protein ...CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Ubiquinone-8 / Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein, putative / Peptidase M16 inactive domain protein / Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit / M16 family peptidase, putative / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome protein c1 / Apocytochrome b
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Muhleip, A. / Kock Flygaard, R. / Amunts, A.
資金援助 スウェーデン, European Union, 4件
組織認可番号国
The Swedish Foundation for Strategic ResearchFFL15:0325 スウェーデン
Cancerfonden2017/1041 スウェーデン
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structural basis of mitochondrial membrane bending by the I-II-III-IV supercomplex.
著者: Alexander Mühleip / Rasmus Kock Flygaard / Rozbeh Baradaran / Outi Haapanen / Thomas Gruhl / Victor Tobiasson / Amandine Maréchal / Vivek Sharma / Alexey Amunts /
要旨: Mitochondrial energy conversion requires an intricate architecture of the inner mitochondrial membrane. Here we show that a supercomplex containing all four respiratory chain components contributes ...Mitochondrial energy conversion requires an intricate architecture of the inner mitochondrial membrane. Here we show that a supercomplex containing all four respiratory chain components contributes to membrane curvature induction in ciliates. We report cryo-electron microscopy and cryo-tomography structures of the supercomplex that comprises 150 different proteins and 311 bound lipids, forming a stable 5.8-MDa assembly. Owing to subunit acquisition and extension, complex I associates with a complex IV dimer, generating a wedge-shaped gap that serves as a binding site for complex II. Together with a tilted complex III dimer association, it results in a curved membrane region. Using molecular dynamics simulations, we demonstrate that the divergent supercomplex actively contributes to the membrane curvature induction and tubulation of cristae. Our findings highlight how the evolution of protein subunits of respiratory complexes has led to the I-II-III-IV supercomplex that contributes to the shaping of the bioenergetic membrane, thereby enabling its functional specialization.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis of mitochondrial membrane bending by I-II-III2-IV2 supercomplex
著者: Muhleip, A. / Flygaard, R.K. / Haapanen, O. / Baradaran, R. / Gruhl, T. / Tobiasson, V. / Marechal, A. / Sharma, V. / Amunts, A.
履歴
登録2022年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidase M16 inactive domain protein
B: M16 family peptidase, putative
C: Apocytochrome b
D: Cytochrome protein c1
E: Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit
F: Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein
G: UQCRTT1
H: Transmembrane protein, putative
I: Transmembrane protein, putative
J: UQCRTT3/UP1
K: Transmembrane protein, putative
a: Peptidase M16 inactive domain protein
b: M16 family peptidase, putative
c: Apocytochrome b
d: Cytochrome protein c1
e: Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit
f: Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein
g: UQCRTT1
h: Transmembrane protein, putative
i: Transmembrane protein, putative
j: UQCRTT3/UP1
k: Transmembrane protein, putative
l: UQCRTT2
L: UQCRTT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)695,46567
ポリマ－653,92824
非ポリマー41,53743
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 8種, 16分子 AaBbCcDdEeFfGgJj

#1: タンパク質 Peptidase M16 inactive domain protein


分子量: 58023.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MGU2
#2: タンパク質 M16 family peptidase, putative


分子量: 53030.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MJ25
#3: タンパク質 Apocytochrome b


分子量: 50635.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
参照: UniProt: Q950Z1
#4: タンパク質 Cytochrome protein c1


分子量: 37616.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q24IM5
#5: タンパク質 Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit


分子量: 30696.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MIC7
#6: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein


分子量: 9885.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23K66
#7: タンパク質 UQCRTT1


分子量: 39193.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: Q23F81
#10: タンパク質 UQCRTT3/UP1


分子量: 5634.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)

-
Transmembrane protein, ... , 3種, 6分子 HhIiKk

#8: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 15677.771 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7M484
#9: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 14262.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MM45
#11: タンパク質 Transmembrane protein, putative


分子量: 7455.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
株: SB210 / 参照: UniProt: I7MFL6

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 lL

#12: タンパク質・ペプチド UQCRTT2


分子量: 4850.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)

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非ポリマー , 7種, 43分子

#13: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#14: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物 ChemComp-UQ8 / Ubiquinone-8 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(6E,10E,14E,18E,22E,26E)-3,7,11,15,19,23,27,31-octamethyldotriaconta-2,6,10,14,18,22,26,30-oc taen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / ユビキノン8


分子量: 727.109 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H74O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物 ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#18: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#19: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dimeric cytochrome bc1 complex (complex-III2) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.64 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / Organelle: Mitochondrion
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 25.66 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 138746 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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