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- PDB-8ayz: Poliovirus type 2 (strain MEF-1) virus-like particle in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ayz
タイトルPoliovirus type 2 (strain MEF-1) virus-like particle in complex with capsid binder compound 17
要素(Capsid protein, ...) x 3
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Capsid protein / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FHK / SPHINGOSINE / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human poliovirus 2 (ポリオウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Bahar, M.W. / Fry, E.E. / Stuart, D.I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationRG.IMCB.I8-TSA-083 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: A conserved glutathione binding site in poliovirus is a target for antivirals and vaccine stabilisation.
著者: Mohammad W Bahar / Veronica Nasta / Helen Fox / Lee Sherry / Keith Grehan / Claudine Porta / Andrew J Macadam / Nicola J Stonehouse / David J Rowlands / Elizabeth E Fry / David I Stuart /
要旨: Strategies to prevent the recurrence of poliovirus (PV) after eradication may utilise non-infectious, recombinant virus-like particle (VLP) vaccines. Despite clear advantages over inactivated or ...Strategies to prevent the recurrence of poliovirus (PV) after eradication may utilise non-infectious, recombinant virus-like particle (VLP) vaccines. Despite clear advantages over inactivated or attenuated virus vaccines, instability of VLPs can compromise their immunogenicity. Glutathione (GSH), an important cellular reducing agent, is a crucial co-factor for the morphogenesis of enteroviruses, including PV. We report cryo-EM structures of GSH bound to PV serotype 3 VLPs showing that it can enhance particle stability. GSH binds the positively charged pocket at the interprotomer interface shown recently to bind GSH in enterovirus F3 and putative antiviral benzene sulphonamide compounds in other enteroviruses. We show, using high-resolution cryo-EM, the binding of a benzene sulphonamide compound with a PV serotype 2 VLP, consistent with antiviral activity through over-stabilizing the interprotomer pocket, preventing the capsid rearrangements necessary for viral infection. Collectively, these results suggest GSH or an analogous tight-binding antiviral offers the potential for stabilizing VLP vaccines.
履歴
登録2022年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein, VP1
B: Capsid protein, VP0
C: Capsid protein, VP3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,7625
ポリマ－97,0403
非ポリマー7222
水4,720262
1
A: Capsid protein, VP1
B: Capsid protein, VP0
C: Capsid protein, VP3
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,865,735300
ポリマ－5,822,421180
非ポリマー43,314120
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

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Capsid protein, ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Capsid protein, VP1 / P1D / Virion protein 1


分子量: 33111.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 2 (ポリオウイルス)
株: MEF-1 / プラスミド: MVA-T7-Polio2 pIRES / 詳細 (発現宿主): Vaccinia virus transfer vector / 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P06210
#2: タンパク質 Capsid protein, VP0


分子量: 37456.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Sequence is given for the VP0 polypeptide.
由来: (組換発現) Human poliovirus 2 (ポリオウイルス)
株: MEF-1 / プラスミド: MVA-T7-Polio2 pIRES / 詳細 (発現宿主): Vaccinia virus transfer vector / 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P06210
#3: タンパク質 Capsid protein, VP3 / P1C / Virion protein 3


分子量: 26472.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human poliovirus 2 (ポリオウイルス)
株: MEF-1 / プラスミド: MVA-T7-Polio2 pIRES / 詳細 (発現宿主): Vaccinia virus transfer vector / 細胞株 (発現宿主): BHK-21 / 発現宿主: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 参照: UniProt: P06210

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非ポリマー , 3種, 264分子

#4: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
#5: 化合物 ChemComp-FHK / 4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid


分子量: 422.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H14N2O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human poliovirus 2 / タイプ: VIRUS
詳細: Recombinantly expressed virus-like particle of PV2 (strain MEF-1)
Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 5.81 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Human poliovirus 2 (ポリオウイルス) / 株: MEF-1
由来(組換発現)生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ) / 細胞: BHK-21 / プラスミド: MVA-T7-Polio2 pIRES
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: mammal environmental sample
ウイルス殻名称: Virus shell 1 / 直径: 310 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7
詳細: 1 x DPBS was made from tissue culture grade Dulbecco's Phosphate Buffered Saline (Sigma-Aldrich). 20 mM EDTA was prepared from fresh stocks of buffered EDTA.
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
11 xDPBS1
220 mMEDTA1
試料濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Recombinant VLP of PV2 mixed with capsid inhibitor compound 17 at a molar ratio of 1:2500.
試料支持詳細: The specific type of grid used was Ultra-thin carbon support film, 3nm - on lacey carbon AGS187-4 from Agar Scientific.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: Single blotting with 3.5ul of sample. Four second blot time and -17 blot force on the vitrobot.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 60314 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.7 sec. / 電子線照射量: 34.68 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4750
詳細: Images were collected in electron counting mode with a calibrated pixel size of 0.829 A/pixel. Super-resolution pixel size 0.4145 A/pixel. Movies were collected in 50 frames.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1ETHAN粒子像選択ETHAN in Scipion software framework
2EPU画像取得Thermo Fisher Scientific EPU software was used for data collection
4CTFFIND4CTF補正CTFFIND4 in RELION was used for CTF correction
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
9RELION3.1.1初期オイラー角割当
10RELION3.1.1最終オイラー角割当
11RELION3.1.1分類
12RELION3.1.1３次元再構成
13PHENIX1.19.2-4158-000モデル精密化
画像処理詳細: All frames were used for motion correction.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 157002
詳細: Particle selection was automated with ETHAN particle picking software.
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 1.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51518 / アルゴリズム: BACK PROJECTION
詳細: Final reconstruction was Ewald sphere corrected and sharpened with Post-processing in RELION using an inverse B-factor of -15.0 Angstroms. B-factor was selected ad-hoc while testing a range ...詳細: Final reconstruction was Ewald sphere corrected and sharpened with Post-processing in RELION using an inverse B-factor of -15.0 Angstroms. B-factor was selected ad-hoc while testing a range of values for map interpretability.
クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: Initial model was rigid body fitted using UCSF chimera and Coot. Global minimization and B-factor refinement was performed in real space using phenix_real.space.refine.
原子モデル構築PDB-ID: 1EAH

1eah

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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