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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ay5 | ||||||
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タイトル | Human rhinovirus 2 empty particle in situ | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Human rhinovirus 2 / empty particle / in situ / cryo-EM. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | rhinovirus A2 (ライノウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å | ||||||
データ登録者 | Ishemgulova, A. / Mukhamedova, L. / Trebichalska, Z. / Payne, P. / Smerdova, L. / Moravcova, J. / Hrebik, D. / Buchta, D. / Skubnik, K. / Fuzik, T. ...Ishemgulova, A. / Mukhamedova, L. / Trebichalska, Z. / Payne, P. / Smerdova, L. / Moravcova, J. / Hrebik, D. / Buchta, D. / Skubnik, K. / Fuzik, T. / Novacek, J. / Plevka, P. | ||||||
資金援助 | チェコ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Endosome rupture enables enteroviruses to infect cells. 著者: Ishemgulova, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ay5.cif.gz | 250.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ay5.ent.gz | 204.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ay5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ay5_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ay5_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ay5_validation.xml.gz | 33 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ay5_validation.cif.gz | 49.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ay5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/8ay5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15711MC 8ay4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28851.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) rhinovirus A2 (ライノウイルス) Plasmid details: Rhinovirus 2 is initially purified and used for infection of cells. Micrographs were collected on lamellipodia of infected Cos7 cells. 参照: UniProt: P04936 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27899.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) rhinovirus A2 (ライノウイルス) Plasmid details: Rhinovirus 2 is initially purified and used for infection of cells. Micrographs were collected on lamellipodia of infected Cos7 cells. 参照: UniProt: P04936 |
#3: タンパク質 | 分子量: 26107.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) rhinovirus A2 (ライノウイルス) Plasmid details: Rhinovirus 2 is initially purified and used for infection of cells. Micrographs were collected on lamellipodia of infected Cos7 cells. 参照: UniProt: P04936 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: rhinovirus A2 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: rhinovirus A2 (ライノウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.4/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 332 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 332 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |