+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8awt | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | IAPP S20G lag-phase fibril polymorph 2PF-P | |||||||||
要素 | Islet amyloid polypeptide | |||||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / Amyloid / fibril / helical / cross-beta / amylin / polymorph / islet / Diabetes | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly ...: / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of calcium-mediated signaling / bone resorption / sensory perception of pain / osteoclast differentiation / hormone activity / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / receptor ligand activity / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / lipid binding / apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Wilkinson, M. / Xu, Y. / Gallardo, R. / Radford, S.E. / Ranson, N.A. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Structural evolution of fibril polymorphs during amyloid assembly. 著者: Martin Wilkinson / Yong Xu / Dev Thacker / Alexander I P Taylor / Declan G Fisher / Rodrigo U Gallardo / Sheena E Radford / Neil A Ranson / 要旨: Cryoelectron microscopy (cryo-EM) has provided unprecedented insights into amyloid fibril structures, including those associated with disease. However, these structures represent the endpoints of ...Cryoelectron microscopy (cryo-EM) has provided unprecedented insights into amyloid fibril structures, including those associated with disease. However, these structures represent the endpoints of long assembly processes, and their relationship to fibrils formed early in assembly is unknown. Consequently, whether different fibril architectures, with potentially different pathological properties, form during assembly remains unknown. Here, we used cryo-EM to determine structures of amyloid fibrils at different times during in vitro fibrillation of a disease-related variant of human islet amyloid polypeptide (IAPP-S20G). Strikingly, the fibrils formed in the lag, growth, and plateau phases have different structures, with new forms appearing and others disappearing as fibrillation proceeds. A time course with wild-type hIAPP also shows fibrils changing with time, suggesting that this is a general property of IAPP amyloid assembly. The observation of transiently populated fibril structures has implications for understanding amyloid assembly mechanisms with potential new insights into amyloid progression in disease. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8awt.cif.gz | 51.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8awt.ent.gz | 37 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8awt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8awt_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8awt_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8awt_validation.xml.gz | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8awt_validation.cif.gz | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/8awt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/8awt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15696MC 8az0C 8az1C 8az2C 8az3C 8az4C 8az5C 8az6C 8az7C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3877.286 Da / 分子数: 10 / 変異: S20G / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesised with C-terminal amidation / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10997 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: IAPP S20G lag-phase fibril polymorph 2PF-P / タイプ: COMPLEX 詳細: In vitro fibril growth for 3 weeks at room temperature Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
緩衝液 | pH: 6.8 |
緩衝液成分 | 濃度: 20 mM / 名称: ammonium acetate / 式: NH3CH3CO2 |
試料 | 濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Fibrillation conditions: 30 uM monomeric IAPP-S20G, quiescent at room temp for 3 weeks |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 6s blot |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 39 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3318 詳細: 1204 raw EER frames were collected per image and combined into 40 fractions for processing |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 177.92 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.39 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 160648 詳細: Manually picked a subset of images to train a model for automatic fibril segment picking in crYOLO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22801 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 63 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient |