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万見
- PDB-8atd: Wild type hexamer oxalyl-CoA synthetase (OCS) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8atd
タイトルWild type hexamer oxalyl-CoA synthetase (OCS)
要素Oxalate--CoA ligase
キーワードLIGASE / Peroxisome / Oxalyl-CoA ligase / Oligomer / Yeast
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalate-CoA ligase / oxalate-CoA ligase activity / oxalate catabolic process / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / peroxisomal membrane / peroxisomal matrix / fatty acid metabolic process / mRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oxalate--CoA ligase Pcs60-like / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxalate--CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lill, P. / Burgi, J. / Raunser, S. / Wilmanns, M. / Gatsogiannis, C.
資金援助 ドイツ, 5件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)MW 1058/9-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)MW 1058/9-2 ドイツ
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND664726 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GA 2519/1-2 ドイツ
German Research Foundation (DFG)RA 1781/4-2 ドイツ
引用ジャーナル: Biol Chem / 年: 2023
タイトル: Asymmetric horseshoe-like assembly of peroxisomal yeast oxalyl-CoA synthetase.
著者: Jérôme Bürgi / Pascal Lill / Evdokia-Anastasia Giannopoulou / Cy M Jeffries / Grzegorz Chojnowski / Stefan Raunser / Christos Gatsogiannis / Matthias Wilmanns /
要旨: Oxalyl-CoA synthetase from is one of the most abundant peroxisomal proteins in yeast and hence has become a model to study peroxisomal translocation. It contains a C-terminal Peroxisome Targeting ...Oxalyl-CoA synthetase from is one of the most abundant peroxisomal proteins in yeast and hence has become a model to study peroxisomal translocation. It contains a C-terminal Peroxisome Targeting Signal 1, which however is partly dispensable, suggesting additional receptor bindings sites. To unravel any additional features that may contribute to its capacity to be recognized as peroxisomal target, we determined its assembly and overall architecture by an integrated structural biology approach, including X-ray crystallography, single particle cryo-electron microscopy and small angle X-ray scattering. Surprisingly, it assembles into mixture of concentration-dependent dimers, tetramers and hexamers by dimer self-association. Hexameric particles form an unprecedented asymmetric horseshoe-like arrangement, which considerably differs from symmetric hexameric assembly found in many other protein structures. A single mutation within the self-association interface is sufficient to abolish any higher-level oligomerization, resulting in a homogenous dimeric assembly. The small C-terminal domain of yeast Oxalyl-CoA synthetase is connected by a partly flexible hinge with the large N-terminal domain, which provides the sole basis for oligomeric assembly. Our data provide a basis to mechanistically study peroxisomal translocation of this target.
履歴
登録2022年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Oxalate--CoA ligase
E: Oxalate--CoA ligase
F: Oxalate--CoA ligase
D: Oxalate--CoA ligase
B: Oxalate--CoA ligase
A: Oxalate--CoA ligase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)288,8156
ポリマ－288,8156
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, light scattering, 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Oxalate--CoA ligase / Acyl-activating enzyme 3 / Oxalyl-CoA synthetase / Peroxisomal-coenzyme A synthetase


分子量: 48135.832 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PCS60, AAE3, FAT2, YBR222C, YBR1512 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38137, oxalate-CoA ligase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hexameric complex of the oxalyl-CoA synthetase Pcs60p
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.36 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHepesC8H18N2O4S1
2150 mMSodium chlorideNaCl1
30.5 mMTCEPC9H15O6P1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 298.15 K
詳細: 90% humidity in the sample chamber. Gentle Blot function, 2.5 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Calibrated defocus min: 700 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2200 nm / Cs: 0.01 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 63 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 5594
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum
画像スキャン動画フレーム数/画像: 60 / 利用したフレーム数/画像: 2-60

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1crYOLObeta粒子像選択
2EPU1.2画像取得TFS
4Gctf1.02CTF補正
7UCSF Chimera1.15モデルフィッティングRigid Body fit
9PHENIX1.1モデル精密化Real space refinement
10Coot0.9.4モデル精密化Model Refinement
11SPHIRE1.2初期オイラー角割当VIPER
12SPHIRE1.3最終オイラー角割当Meridien
14SPHIRE1.3３次元再構成Post Refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4000000 / 詳細: Picking was performed using cryOLO
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 819000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 8AFF

8aff


Accession code: 8AFF / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 57.37 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00220158
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.482127519
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04433155
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00433590
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.0872766

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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