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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8any | ||||||||||||||||||
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タイトル | Human mitochondrial ribosome in complex with LRPPRC, SLIRP, A-site, P-site, E-site tRNAs and mRNA | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME / mitochondrial translation / mRNA delivery | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of mitochondrial RNA catabolic process / mitochondrial RNA catabolic process / Mitochondrial RNA degradation / regulation of mitochondrial translation / flagellated sperm motility / mitochondrial ribosome binding / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial transcription / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation ...negative regulation of mitochondrial RNA catabolic process / mitochondrial RNA catabolic process / Mitochondrial RNA degradation / regulation of mitochondrial translation / flagellated sperm motility / mitochondrial ribosome binding / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial transcription / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome assembly / translation release factor activity, codon nonspecific / positive regulation of mitochondrial translation / microprocessor complex / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / mitochondrial large ribosomal subunit / negative regulation of mitotic nuclear division / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / peptidyl-tRNA hydrolase / nuclear outer membrane / mitochondrial small ribosomal subunit / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / nuclear inner membrane / mitochondrion transport along microtubule / mitochondrial ribosome / mitochondrial translation / beta-tubulin binding / mitochondrial nucleoid / positive regulation of proteolysis / spermatid development / ribosomal small subunit binding / single fertilization / sperm flagellum / anatomical structure morphogenesis / mRNA transport / RNA processing / Mitochondrial protein degradation / rescue of stalled ribosome / acrosomal vesicle / condensed nuclear chromosome / cellular response to leukemia inhibitory factor / mitochondrion organization / mRNA 3'-UTR binding / apoptotic signaling pathway / fibrillar center / autophagy / double-stranded RNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cell junction / regulation of translation / single-stranded DNA binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / microtubule binding / nuclear membrane / endonuclease activity / microtubule / cell population proliferation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / cytoskeleton / negative regulation of translation / nuclear body / rRNA binding / ribosome / mitochondrial matrix / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / nucleotide binding / ubiquitin protein ligase binding / synapse / GTP binding / nucleolus / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / RNA binding / extracellular space / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Singh, V. / Itoh, Y. / Amunts, A. | ||||||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, European Union, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structural basis of LRPPRC-SLIRP-dependent translation by the mitoribosome. 著者: Vivek Singh / J Conor Moran / Yuzuru Itoh / Iliana C Soto / Flavia Fontanesi / Mary Couvillion / Martijn A Huynen / L Stirling Churchman / Antoni Barrientos / Alexey Amunts / 要旨: In mammalian mitochondria, mRNAs are cotranscriptionally stabilized by the protein factor LRPPRC (leucine-rich pentatricopeptide repeat-containing protein). Here, we characterize LRPPRC as an mRNA ...In mammalian mitochondria, mRNAs are cotranscriptionally stabilized by the protein factor LRPPRC (leucine-rich pentatricopeptide repeat-containing protein). Here, we characterize LRPPRC as an mRNA delivery factor and report its cryo-electron microscopy structure in complex with SLIRP (SRA stem-loop-interacting RNA-binding protein), mRNA and the mitoribosome. The structure shows that LRPPRC associates with the mitoribosomal proteins mS39 and the N terminus of mS31 through recognition of the LRPPRC helical repeats. Together, the proteins form a corridor for handoff of the mRNA. The mRNA is directly bound to SLIRP, which also has a stabilizing function for LRPPRC. To delineate the effect of LRPPRC on individual mitochondrial transcripts, we used RNA sequencing, metabolic labeling and mitoribosome profiling, which showed a transcript-specific influence on mRNA translation efficiency, with cytochrome c oxidase subunit 1 and 2 translation being the most affected. Our data suggest that LRPPRC-SLIRP acts in recruitment of mitochondrial mRNAs to modulate their translation. Collectively, the data define LRPPRC-SLIRP as a regulator of the mitochondrial gene expression system. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8any.cif.gz | 7.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8any.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8any.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8any_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8any_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8any_validation.xml.gz | 356.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8any_validation.cif.gz | 658.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/8any ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/8any | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15544MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 7種, 7分子 AAAwAxAyABAz
#1: RNA鎖 | 分子量: 306218.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1858621102 |
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#30: RNA鎖 | 分子量: 21627.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#31: RNA鎖 | 分子量: 22354.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#32: RNA鎖 | 分子量: 22369.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#33: RNA鎖 | 分子量: 500727.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#34: RNA鎖 | 分子量: 22989.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
#91: RNA鎖 | 分子量: 13286.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) |
+28S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAZA0A1AY
-タンパク質 , 9種, 9分子 A2A3bopqA5A4A6
#28: タンパク質 | 分子量: 13540.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96BP2 |
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#29: タンパク質 | 分子量: 22395.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWT8 |
#67: タンパク質 | 分子量: 23352.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N983 |
#79: タンパク質 | 分子量: 12292.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BQC6 |
#80: タンパク質 | 分子量: 23674.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14197, peptidyl-tRNA hydrolase |
#81: タンパク質 | 分子量: 25426.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TAE8 |
#88: タンパク質 | 分子量: 158098.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42704 |
#89: タンパク質 | 分子量: 78648.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EY7 |
#90: タンパク質 | 分子量: 12371.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9GZT3 |
+39S ribosomal protein ... , 48種, 53分子 DEFIJKLMNOPQRSTUVWXYZ012345678...
-非ポリマー , 12種, 7197分子
#92: 化合物 | ChemComp-NAD / | ||||||||||||||||||
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#93: 化合物 | ChemComp-SPM / | ||||||||||||||||||
#94: 化合物 | ChemComp-SPD / #95: 化合物 | ChemComp-MG / #96: 化合物 | ChemComp-K / #97: 化合物 | #98: 化合物 | #99: 化合物 | ChemComp-ATP / | #100: 化合物 | ChemComp-GDP / | #101: 化合物 | ChemComp-PUT / | #102: 化合物 | ChemComp-VAL / | #103: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human mitochondrial ribosome bound to LRPPRC-SLIRP, mRNA and tRNAs in the A-site, P-site and E-site タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#33, #35-#66, #68-#91 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82522 / 対称性のタイプ: POINT |