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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8agv | ||||||
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タイトル | Yeast RQC complex in state H | ||||||
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![]() | TRANSLATION / ribosome-associated quality control / NEMF / Listerin / CAT tailing | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of cytoplasmic translational elongation through polyproline stretches / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / CAT tailing / translational frameshifting / RQC complex / positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding ...positive regulation of cytoplasmic translational elongation through polyproline stretches / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / CAT tailing / translational frameshifting / RQC complex / positive regulation of translational termination / positive regulation of translational elongation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / maturation of 5.8S rRNA / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / subtelomeric heterochromatin formation / 90S preribosome / protein-RNA complex assembly / regulation of translational fidelity / positive regulation of translational initiation / proteasomal protein catabolic process / translation elongation factor activity / ribosomal subunit export from nucleus / cytosolic ribosome / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit biogenesis / translational initiation / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ribosome biogenesis / chromatin organization / ribosome binding / chromosome, telomeric region / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
![]() | Tesina, P. / Buschauer, R. / Beckmann, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular basis of eIF5A-dependent CAT tailing in eukaryotic ribosome-associated quality control. 著者: Petr Tesina / Shuhei Ebine / Robert Buschauer / Matthias Thoms / Yoshitaka Matsuo / Toshifumi Inada / Roland Beckmann / ![]() ![]() 要旨: Ribosome-associated quality control (RQC) is a conserved process degrading potentially toxic truncated nascent peptides whose malfunction underlies neurodegeneration and proteostasis decline in aging. ...Ribosome-associated quality control (RQC) is a conserved process degrading potentially toxic truncated nascent peptides whose malfunction underlies neurodegeneration and proteostasis decline in aging. During RQC, dissociation of stalled ribosomes is followed by elongation of the nascent peptide with alanine and threonine residues, driven by Rqc2 independently of mRNA, the small ribosomal subunit and guanosine triphosphate (GTP)-hydrolyzing factors. The resulting CAT tails (carboxy-terminal tails) and ubiquitination by Ltn1 mark nascent peptides for proteasomal degradation. Here we present ten cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures, revealing the mechanistic basis of individual steps of the CAT tailing cycle covering initiation, decoding, peptidyl transfer, and tRNA translocation. We discovered eIF5A as a crucial eukaryotic RQC factor enabling peptidyl transfer. Moreover, we observed dynamic behavior of RQC factors and tRNAs allowing for processivity of the CAT tailing cycle without additional energy input. Together, these results elucidate key differences as well as common principles between CAT tailing and canonical translation. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15425MC ![]() 8aafC ![]() 8agtC ![]() 8aguC ![]() 8agwC ![]() 8agxC ![]() 8agzC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+60S ribosomal protein ... , 42種, 42分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYbcdjk...
-タンパク質 , 4種, 4分子 Zae0
#26: タンパク質 | 分子量: 14583.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#45: タンパク質 | 分子量: 119250.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | 分子量: 180372.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#51: タンパク質 | 分子量: 33749.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 4種, 5分子 fhixy
#30: RNA鎖 | 分子量: 1097086.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#31: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#32: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#49: RNA鎖 | 分子量: 24502.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Eukaryotic translation initiation factor ... , 2種, 2分子 gv
#47: タンパク質 | 分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#53: タンパク質 | 分子量: 17222.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 1
#52: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 20分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#54: 化合物 | ChemComp-MG / #55: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Yeast RQC complex in state H / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#53 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 6.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm |
撮影 | 電子線照射量: 46 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54175 / 対称性のタイプ: POINT |