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- PDB-8agb: Structure of yeast oligosaccharylransferase complex with lipid-li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8agb
タイトルStructure of yeast oligosaccharylransferase complex with lipid-linked oligosaccharide bound
要素(Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ...) x 8
キーワードTRANSFERASE / N-glycosylation OST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Miscellaneous transport and binding events / oligosaccharyltransferase I complex / protein O-linked mannosylation / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / glycosyltransferase activity / protein glycosylation ...Miscellaneous transport and binding events / oligosaccharyltransferase I complex / protein O-linked mannosylation / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / glycosyltransferase activity / protein glycosylation / protein-disulfide reductase activity / Neutrophil degranulation / post-translational protein modification / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear envelope / protein-containing complex assembly / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DAD/Ost2 / Oligosaccharyltransferase complex subunit / DAD family / Oligosaccharyltransferase subunit 5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48kDa subunit / Oligosaccharyltransferase 48 kDa subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit Swp1 / Oligosaccharyltransferase subunit Ribophorin II / Oligosaccaryltransferase / Oligosaccharyltransferase subunit ost4p superfamily ...DAD/Ost2 / Oligosaccharyltransferase complex subunit / DAD family / Oligosaccharyltransferase subunit 5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48kDa subunit / Oligosaccharyltransferase 48 kDa subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit Swp1 / Oligosaccharyltransferase subunit Ribophorin II / Oligosaccaryltransferase / Oligosaccharyltransferase subunit ost4p superfamily / Oligosaccaryltransferase / Ribophorin I / Ribophorin I / Oligosaccharyl transferase complex, subunit OST3/OST6 / OST3 / OST6 family, transporter family / : / STT3/PglB/AglB core domain / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CPL / Chem-ELU / : / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 3 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1 ...Chem-CPL / Chem-ELU / : / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 3 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ramirez, A.S. / de Capitani, M. / Pesciullesi, G. / Kowal, J. / Bloch, J.S. / Irobalieva, R.N. / Aebi, M. / Reymond, J.L. / Locher, K.P.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for glycan recognition and reaction priming of eukaryotic oligosaccharyltransferase.
著者: Ana S Ramírez / Mario de Capitani / Giorgio Pesciullesi / Julia Kowal / Joël S Bloch / Rossitza N Irobalieva / Jean-Louis Reymond / Markus Aebi / Kaspar P Locher /
要旨: Oligosaccharyltransferase (OST) is the central enzyme of N-linked protein glycosylation. It catalyzes the transfer of a pre-assembled glycan, GlcNAcManGlc, from a dolichyl-pyrophosphate donor to ...Oligosaccharyltransferase (OST) is the central enzyme of N-linked protein glycosylation. It catalyzes the transfer of a pre-assembled glycan, GlcNAcManGlc, from a dolichyl-pyrophosphate donor to acceptor sites in secretory proteins in the lumen of the endoplasmic reticulum. Precise recognition of the fully assembled glycan by OST is essential for the subsequent quality control steps of glycoprotein biosynthesis. However, the molecular basis of the OST-donor glycan interaction is unknown. Here we present cryo-EM structures of S. cerevisiae OST in distinct functional states. Our findings reveal that the terminal glucoses (Glc) of a chemo-enzymatically generated donor glycan analog bind to a pocket formed by the non-catalytic subunits WBP1 and OST2. We further find that binding either donor or acceptor substrate leads to distinct primed states of OST, where subsequent binding of the other substrate triggers conformational changes required for catalysis. This alternate priming allows OST to efficiently process closely spaced N-glycosylation sites.
履歴
登録2022年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年10月18日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_type ...atom_site / atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_entity_assembly / em_software / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _em_entity_assembly.entity_id_list / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _struct_asym.entity_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.db_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
解説: Ligand identity / 詳細: Mg2+ ion replaced by Mn2+ / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3
B: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4
C: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5
D: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2
E: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1
F: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1
G: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1
H: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,92822
ポリマ－287,3488
非ポリマー9,58014
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area48080 Å2
ΔGint-270 kcal/mol
Surface area87920 Å2
手法PISA

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要素

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Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ... , 8種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3 / Oligosaccharyl transferase subunit STT3 / Staurosporine and temperature sensitivity protein 3


分子量: 81604.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: STT3, YGL022W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P39007, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#2: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4 / Oligosaccharyl transferase subunit OST4 / Oligosaccharyl transferase 4 kDa subunit / OTase 4 kDa subunit


分子量: 6871.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: OST4, YDL232W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q99380
#3: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5 / Oligosaccharyl transferase subunit OST5 / Oligosaccharyl transferase 9.5 kDa subunit / ...Oligosaccharyl transferase subunit OST5 / Oligosaccharyl transferase 9.5 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase subunit zeta


分子量: 9525.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: OST5, YGL226C-A, YGL226BC / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q92316
#4: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2 / Oligosaccharyl transferase subunit OST2 / Oligosaccharyl transferase 16 kDa subunit / ...Oligosaccharyl transferase subunit OST2 / Oligosaccharyl transferase 16 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase subunit epsilon


分子量: 14712.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: OST2, YOR103C, YOR3211C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P46964
#5: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / N-linked oligosaccharyl transferase subunit 1 / Oligosaccharyl transferase 64 kDa subunit / ...N-linked oligosaccharyl transferase subunit 1 / Oligosaccharyl transferase 64 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase subunit OST1 / Oligosaccharyl transferase subunit alpha


分子量: 54116.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: OST1, NLT1, YJL002C, J1404 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P41543
#6: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1 / Oligosaccharyl transferase subunit SWP1 / Oligosaccharyl transferase subunit delta


分子量: 31554.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SWP1, YMR149W, YM9375.19 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02795
#7: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1 / Oligosaccharyl transferase subunit WBP1 / Oligosaccharyl transferase subunit beta


分子量: 49444.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: WBP1, YEL002C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33767
#8: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 3 / Oligosaccharyl transferase 34 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase subunit OST3 / ...Oligosaccharyl transferase 34 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase subunit OST3 / Oligosaccharyl transferase subunit gamma


分子量: 39518.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: OST3, YOR085W, YOR3124W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P48439

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糖 , 5種, 6分子

#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#12: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1883.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-2DGlcpa1-3DGlcpa1-3DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,11,10/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-3-4-4-4-5-5-5-4-4/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-j1_d2-e1_e2-f1_f3-g1_g3-h1_h2-i1_j3-k1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#17: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 8分子

#13: 化合物
ChemComp-CPL / 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PALMITOYL-LINOLEOYL PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 758.060 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#14: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#15: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#16: 化合物 ChemComp-ELU / phosphono [(3~{R},6~{E},10~{E})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-6,10,14-trienyl] hydrogen phosphate


分子量: 452.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H38O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Yeast OST complex with lipid-linked oligosaccharide bound
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5, #7-#8 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.284 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 64 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 89566 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00417649
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.68423925
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.4626474
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0462735
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062929

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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