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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8act | ||||||||||||
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タイトル | structure of the human beta-cardiac myosin folded-back off state | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | CONTRACTILE PROTEIN / Cardiac Myosin / Myosin / Human / folded-back off state | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 myosin II heavy chain binding / muscle cell fate specification / regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / cardiac myofibril / regulation of striated muscle contraction / cardiac myofibril assembly / transition between fast and slow fiber / muscle myosin complex / muscle filament sliding ...myosin II heavy chain binding / muscle cell fate specification / regulation of slow-twitch skeletal muscle fiber contraction / regulation of the force of skeletal muscle contraction / cardiac myofibril / regulation of striated muscle contraction / cardiac myofibril assembly / transition between fast and slow fiber / muscle myosin complex / muscle filament sliding / regulation of the force of heart contraction / myosin filament / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / adult heart development / myosin II complex / positive regulation of ATP-dependent activity / Striated Muscle Contraction / I band / myosin complex / A band / structural constituent of muscle / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / sarcomere organization / microfilament motor activity / myofibril / heart contraction / myosin heavy chain binding / positive regulation of the force of heart contraction / skeletal muscle contraction / actin monomer binding / striated muscle contraction / stress fiber / cardiac muscle contraction / muscle contraction / ATP metabolic process / sarcomere / regulation of heart rate / negative regulation of cell growth / Z disc / actin filament binding / heart development / cytoskeleton / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Grinzato, A. / Kandiah, E. / Robert-Paganin, J. / Auguin, D. / Kikuti, C. / Nandwani, N. / Moussaoui, D. / Pathak, D. / Ruppel, K.M. / Spudich, J.A. / Houdusse, A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, フランス, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the folded-back state of human β-cardiac myosin. 著者: Alessandro Grinzato / Daniel Auguin / Carlos Kikuti / Neha Nandwani / Dihia Moussaoui / Divya Pathak / Eaazhisai Kandiah / Kathleen M Ruppel / James A Spudich / Anne Houdusse / Julien Robert-Paganin / 要旨: To save energy and precisely regulate cardiac contractility, cardiac muscle myosin heads are sequestered in an 'off' state that can be converted to an 'on' state when exertion is increased. The 'off' ...To save energy and precisely regulate cardiac contractility, cardiac muscle myosin heads are sequestered in an 'off' state that can be converted to an 'on' state when exertion is increased. The 'off' state is equated with a folded-back structure known as the interacting-heads motif (IHM), which is a regulatory feature of all class-2 muscle and non-muscle myosins. We report here the human β-cardiac myosin IHM structure determined by cryo-electron microscopy to 3.6 Å resolution, providing details of all the interfaces stabilizing the 'off' state. The structure shows that these interfaces are hot spots of hypertrophic cardiomyopathy mutations that are thought to cause hypercontractility by destabilizing the 'off' state. Importantly, the cardiac and smooth muscle myosin IHM structures dramatically differ, providing structural evidence for the divergent physiological regulation of these muscle types. The cardiac IHM structure will facilitate development of clinically useful new molecules that modulate IHM stability. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8act.cif.gz | 419.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8act.ent.gz | 340.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8act.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8act_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8act_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8act_validation.xml.gz | 87.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8act_validation.cif.gz | 126.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/8act ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/8act | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15353MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 103807.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYH7, MYHCB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P12883 #2: タンパク質 | 分子量: 17895.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYL3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08590 #3: タンパク質 | 分子量: 16490.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10916 |
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-非ポリマー , 3種, 6分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human beta-cardiac myosin folded-back off state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 213596 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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