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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8aby | |||||||||||||||
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タイトル | RNA polymerase bound to purified in vitro transcribed regulatory RNA putL - pause prone, closed clamp state | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / RNA polymerase / transcriptional pausing / transcription termination / regulatory RNA | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Dey, S. / Weixlbaumer, A. | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, フランス, 4件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Structural insights into RNA-mediated transcription regulation in bacteria. 著者: Sanjay Dey / Claire Batisse / Jinal Shukla / Michael W Webster / Maria Takacs / Charlotte Saint-André / Albert Weixlbaumer / 要旨: RNA can regulate its own synthesis without auxiliary proteins. For example, U-rich RNA sequences signal RNA polymerase (RNAP) to pause transcription and are required for transcript release at ...RNA can regulate its own synthesis without auxiliary proteins. For example, U-rich RNA sequences signal RNA polymerase (RNAP) to pause transcription and are required for transcript release at intrinsic terminators in all kingdoms of life. In contrast, the regulatory RNA putL suppresses pausing and termination in cis. However, how nascent RNA modulates its own synthesis remains largely unknown. We present cryo-EM reconstructions of RNAP captured during transcription of putL variants or an unrelated sequence at a U-rich pause site. Our results suggest how putL suppresses pausing and promotes its synthesis. We demonstrate that transcribing a U-rich sequence, a ubiquitous trigger of intrinsic termination, promotes widening of the RNAP nucleic-acid-binding channel. Widening destabilizes RNAP interactions with DNA and RNA to facilitate transcript dissociation reminiscent of intrinsic transcription termination. Surprisingly, RNAP remains bound to DNA after transcript release. Our results provide the structural framework to understand RNA-mediated intrinsic transcription termination. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8aby.cif.gz | 601.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8aby.ent.gz | 464.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8aby.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8aby_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8aby_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8aby_validation.xml.gz | 91.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8aby_validation.cif.gz | 137.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/8aby ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/8aby | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15327MC 8abzC 8ac0C 8ac1C 8ac2C 8acpC 8ad1C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 155237.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, Z5561, ECs4911 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T8, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#5: DNA鎖 | 分子量: 13454.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 13700.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 R
#6: RNA鎖 | 分子量: 30102.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1877730557 |
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-非ポリマー , 2種, 3分子
#8: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#9: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Escherichia coli RNA polymerase and in vitro transcribed and purified putL RNA complex - pause prone closed clamp state タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.435 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT |
試料 | 濃度: 12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The complex for cryo-EM analysis was prepared in vitro by mixing E. coli RNAP with DNA oligonucleotides and in vitro transcribed and purified putL RNA to mimic an RNAP EC halted at the U-rich ...詳細: The complex for cryo-EM analysis was prepared in vitro by mixing E. coli RNAP with DNA oligonucleotides and in vitro transcribed and purified putL RNA to mimic an RNAP EC halted at the U-rich pause (G93). The complex was prepared in 20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, and 2mM DTT. The final complex was purified on a Superose 6 Increase 3.2/300 gel filtration column equilibrated in Glutamate buffer. Samples were concentrated to 10-12 mg/mL using an Amicon Ultra 0.5mL centrifugal filter unit (30 KDa MWCO). Before grid freezing, 8 mM of CHAPSO was added to freshly prepared sample to overcome preferred particle orientation. |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K 詳細: Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior ...詳細: Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.2 sec. / 電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123861 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: map cross correlation | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6ALH Accession code: 6ALH / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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