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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8aa4 | ||||||||||||
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タイトル | SusC components of the dextran utilisation system (utilisome) | ||||||||||||
要素 | SusC homolog | ||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Membrane protein transporter / glycan transporter / SusCD / utilisome / TonB dependent transporter / TBDT | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | White, J.B.R. / Silale, A. / Ranson, N.A. / van den Berg, B. | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Outer membrane utilisomes mediate glycan uptake in gut Bacteroidetes. 著者: Joshua B R White / Augustinas Silale / Matthew Feasey / Tiaan Heunis / Yiling Zhu / Hong Zheng / Akshada Gajbhiye / Susan Firbank / Arnaud Baslé / Matthias Trost / David N Bolam / Bert van ...著者: Joshua B R White / Augustinas Silale / Matthew Feasey / Tiaan Heunis / Yiling Zhu / Hong Zheng / Akshada Gajbhiye / Susan Firbank / Arnaud Baslé / Matthias Trost / David N Bolam / Bert van den Berg / Neil A Ranson / 要旨: Bacteroidetes are abundant members of the human microbiota, utilizing a myriad of diet- and host-derived glycans in the distal gut. Glycan uptake across the bacterial outer membrane of these bacteria ...Bacteroidetes are abundant members of the human microbiota, utilizing a myriad of diet- and host-derived glycans in the distal gut. Glycan uptake across the bacterial outer membrane of these bacteria is mediated by SusCD protein complexes, comprising a membrane-embedded barrel and a lipoprotein lid, which is thought to open and close to facilitate substrate binding and transport. However, surface-exposed glycan-binding proteins and glycoside hydrolases also play critical roles in the capture, processing and transport of large glycan chains. The interactions between these components in the outer membrane are poorly understood, despite being crucial for nutrient acquisition by our colonic microbiota. Here we show that for both the levan and dextran utilization systems of Bacteroides thetaiotaomicron, the additional outer membrane components assemble on the core SusCD transporter, forming stable glycan-utilizing machines that we term utilisomes. Single-particle cryogenic electron microscopy structures in the absence and presence of substrate reveal concerted conformational changes that demonstrate the mechanism of substrate capture, and rationalize the role of each component in the utilisome. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8aa4.cif.gz | 338.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8aa4.ent.gz | 277.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8aa4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8aa4_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8aa4_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8aa4_validation.xml.gz | 60.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8aa4_validation.cif.gz | 89.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/8aa4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/8aa4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15293MC 7znrC 7znsC 8a9yC 8aa0C 8aa1C 8aa2C 8aa3C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 110591.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50 参照: UniProt: Q8A365 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Dextran utilisation machinery (utilisome) / タイプ: COMPLEX 詳細: Sample for EM experiments was the purified dextran utilisome (Bt3088-Bt3090). Only SusC components were of sufficient resolution for model building and refinement. Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.05 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 38.78 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 305372 / 対称性のタイプ: POINT |