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万見
- PDB-8a8n: Structure of self-assembling engineered protein nanocage (EPN) fu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a8n
タイトルStructure of self-assembling engineered protein nanocage (EPN) fused with hepatitis A pX protein
要素EPN-pX
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / hepatitis A / pX / VP1-pX / nanocage / icosahedral / protein nanoparticle / virus assembly / enveloped viruses
機能・相同性KDPG/KHG aldolase / KDPG and KHG aldolase / Viral coat protein subunit / Aldolase-type TIM barrel / lyase activity / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase / Genome polyprotein
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å
データ登録者Duyvesteyn, H.M.E. / Stuart, D.I.
資金援助 米国, 英国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-AI103083 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-AI131685 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-AI088255 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-AI150095 米国
Wellcome TrustALR00750 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2022
タイトル: Nonlytic cellular release of hepatitis A virus requires dual capsid recruitment of the ESCRT-associated Bro1 domain proteins HD-PTP and ALIX.
著者: Takayoshi Shirasaki / Hui Feng / Helen M E Duyvesteyn / William G Fusco / Kevin L McKnight / Ling Xie / Mark Boyce / Sathish Kumar / Rina Barouch-Bentov / Olga González-López / Ryan ...著者: Takayoshi Shirasaki / Hui Feng / Helen M E Duyvesteyn / William G Fusco / Kevin L McKnight / Ling Xie / Mark Boyce / Sathish Kumar / Rina Barouch-Bentov / Olga González-López / Ryan McNamara / Li Wang / Adriana Hertel-Wulff / Xian Chen / Shirit Einav / Joseph A Duncan / Maryna Kapustina / Elizabeth E Fry / David I Stuart / Stanley M Lemon /
要旨: Although picornaviruses are conventionally considered 'nonenveloped', members of multiple picornaviral genera are released nonlytically from infected cells in extracellular vesicles. The mechanisms ...Although picornaviruses are conventionally considered 'nonenveloped', members of multiple picornaviral genera are released nonlytically from infected cells in extracellular vesicles. The mechanisms underlying this process are poorly understood. Here, we describe interactions of the hepatitis A virus (HAV) capsid with components of host endosomal sorting complexes required for transport (ESCRT) that play an essential role in release. We show release of quasi-enveloped virus (eHAV) in exosome-like vesicles requires a conserved export signal located within the 8 kDa C-terminal VP1 pX extension that functions in a manner analogous to late domains of canonical enveloped viruses. Fusing pX to a self-assembling engineered protein nanocage (EPN-pX) resulted in its ESCRT-dependent release in extracellular vesicles. Mutational analysis identified a 24 amino acid peptide sequence located within the center of pX that was both necessary and sufficient for nanocage release. Deleting a YxxL motif within this sequence ablated eHAV release, resulting in virus accumulating intracellularly. The pX export signal is conserved in non-human hepatoviruses from a wide range of mammalian species, and functional in pX sequences from bat hepatoviruses when fused to the nanocage protein, suggesting these viruses are released as quasi-enveloped virions. Quantitative proteomics identified multiple ESCRT-related proteins associating with EPN-pX, including ALG2-interacting protein X (ALIX), and its paralog, tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23 (HD-PTP), a second Bro1 domain protein linked to sorting of ubiquitylated cargo into multivesicular endosomes. RNAi-mediated depletion of either Bro1 domain protein impeded eHAV release. Super-resolution fluorescence microscopy demonstrated colocalization of viral capsids with endogenous ALIX and HD-PTP. Co-immunoprecipitation assays using biotin-tagged peptides and recombinant proteins revealed pX interacts directly through the export signal with N-terminal Bro1 domains of both HD-PTP and ALIX. Our study identifies an exceptionally potent viral export signal mediating extracellular release of virus-sized protein assemblies and shows release requires non-redundant activities of both HD-PTP and ALIX.
履歴
登録2022年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EPN-pX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9341
ポリマ－32,9341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 EPN-pX


分子量: 32934.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Model just contains EPN-01 component since associated tag and pX could not be confidentally resolved.,Model just contains EPN-01 component since associated tag and pX could not be confidentally resolved.
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 BH10 (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9WXS1, UniProt: V9Z3B5

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: EPN-pX / タイプ: COMPLEX
詳細: Associated model just contains EPN-01 component since associated tag and pX could not be confidentally resolved.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293T
緩衝液pH: 7 / 詳細: PBS
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: Blot time 4-5 s.

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 92000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 46 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1803

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
7Cootモデルフィッティング
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1830 / 詳細: Manual selection.
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1830 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
詳細: Rigid body fit monomer in chimera, generated biological unit then checked in coot and residues to be altered done so in coot followed by one cycle of rigid body refinement of entire ...詳細: Rigid body fit monomer in chimera, generated biological unit then checked in coot and residues to be altered done so in coot followed by one cycle of rigid body refinement of entire icosahedral assembly in phenix, defining each monomeric unit as a separate body and considering ncs constraints to check for clashes.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
15KP9

5kp9

1
27B3Y

7b3y

1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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