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- PDB-8a3d: Human mature large subunit of the ribosome with eIF6 and homoharr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a3d
タイトルHuman mature large subunit of the ribosome with eIF6 and homoharringtonine bound
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 39
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • Ribosomal protein uL29
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードTRANSLATION / Ribosome / human / rna modifications / water / magnesium / potassium / homoharringtonine
機能・相同性
機能・相同性情報


lamin filament / regulation of megakaryocyte differentiation / regulation of fatty acid biosynthetic process / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / embryonic brain development / translation at presynapse / exit from mitosis / optic nerve development / regulation of translation involved in cellular response to UV ...lamin filament / regulation of megakaryocyte differentiation / regulation of fatty acid biosynthetic process / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / embryonic brain development / translation at presynapse / exit from mitosis / optic nerve development / regulation of translation involved in cellular response to UV / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / axial mesoderm development / ribosomal protein import into nucleus / regulation of G1 to G0 transition / retinal ganglion cell axon guidance / protein-DNA complex disassembly / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / 90S preribosome assembly / alpha-beta T cell differentiation / regulation of glycolytic process / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / GAIT complex / regulation of reactive oxygen species metabolic process / TORC2 complex binding / maturation of 5.8S rRNA / G1 to G0 transition / middle ear morphogenesis / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / homeostatic process / ribosomal large subunit binding / macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / positive regulation of natural killer cell proliferation / Protein hydroxylation / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / blastocyst development / Eukaryotic Translation Termination / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / Viral mRNA Translation / ubiquitin ligase inhibitor activity / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / protein localization to nucleus / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / ribosomal subunit export from nucleus / protein targeting / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / translation regulator activity / rough endoplasmic reticulum / translation initiation factor activity / MDM2/MDM4 family protein binding / embryo implantation / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosolic ribosome / cellular response to interleukin-4 / ossification / regulation of signal transduction by p53 class mediator / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of translation / innate immune response in mucosa / skeletal system development / mRNA 3'-UTR binding / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / sensory perception of sound / cellular response to gamma radiation / response to insulin / bone development / cellular response to type II interferon / mRNA 5'-UTR binding / transcription coactivator binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / rRNA processing / cellular response to UV / regulation of translation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heparin binding / antibacterial humoral response / large ribosomal subunit / presynapse / ribosome binding / retina development in camera-type eye / cell body / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / response to lipopolysaccharide / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal protein L23 ...Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L10e, conserved site / : / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / : / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / : / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L7A/L8 / : / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / 60S ribosomal protein L6E / : / Ribosomal protein L30/YlxQ / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L18e / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L14 / : / : / Ribosomal protein L19e, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HMT / : / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...Chem-HMT / : / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Faille, A. / Warren, A.J. / Dent, K.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)SBAG/191 英国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: The chemical landscape of the human ribosome at 1.67 Å resolution.
著者: Alexandre Faille / Kyle C Dent / Simone Pellegrino / Pekka Jaako / Alan J Warren
要旨: The ability of ribosomes to translate the genetic code into protein requires a finely tuned ion and solvent ecosystem. However, the lack of high-resolution structures has precluded accurate ...The ability of ribosomes to translate the genetic code into protein requires a finely tuned ion and solvent ecosystem. However, the lack of high-resolution structures has precluded accurate positioning of all the functional elements of the ribosome and limited our understanding of the specific role of ribosomal RNA chemical modifications in modulating ribosome function in health and disease. Here, using a new sample preparation methodology based on functionalised pristine graphene-coated grids, we solve the cryo-EM structure of the human large ribosomal subunit to a resolution of 1.67 Å. The accurate assignment of water molecules, magnesium and potassium ions in our model highlights the fundamental biological role of ribosomal RNA methylation in harnessing unconventional carbon-oxygen hydrogen bonds to establish chemical interactions with the environment and fine-tune the functional interplay with tRNA. In addition, the structures of three translational inhibitors bound to the human large ribosomal subunit at better than 2 Å resolution provide mechanistic insights into how three key druggable pockets of the ribosome are targeted and illustrate the potential of this methodology to accelerate high-throughput structure-based design of anti-cancer therapeutics.
履歴
登録2022年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 28S ribosomal RNA
B: 5S ribosomal RNA
C: 5.8S ribosomal RNA
D: 60S ribosomal protein L8
E: 60S ribosomal protein L3
F: 60S ribosomal protein L4
G: 60S ribosomal protein L5
H: 60S ribosomal protein L6
m: 60S ribosomal protein L7
n: 60S ribosomal protein L7a
o: 60S ribosomal protein L9
p: 60S ribosomal protein L10
q: 60S ribosomal protein L11
r: 60S ribosomal protein L13
s: 60S ribosomal protein L14
l: 60S ribosomal protein L15
I: 60S ribosomal protein L13a
J: 60S ribosomal protein L17
K: 60S ribosomal protein L18
L: 60S ribosomal protein L19
M: 60S ribosomal protein L18a
N: 60S ribosomal protein L21
O: 60S ribosomal protein L22
P: 60S ribosomal protein L23
Q: 60S ribosomal protein L24
R: 60S ribosomal protein L23a
S: 60S ribosomal protein L26
T: 60S ribosomal protein L27
U: 60S ribosomal protein L27a
V: 60S ribosomal protein L29
W: 60S ribosomal protein L30
X: 60S ribosomal protein L31
Y: 60S ribosomal protein L32
Z: 60S ribosomal protein L35a
a: 60S ribosomal protein L34
b: Ribosomal protein uL29
c: 60S ribosomal protein L36
d: 60S ribosomal protein L37
e: 60S ribosomal protein L38
f: 60S ribosomal protein L39
g: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
i: 60S ribosomal protein L36a
j: 60S ribosomal protein L37a
k: 60S ribosomal protein L28
h: Eukaryotic translation initiation factor 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,599,218439
ポリマ－2,586,23345
非ポリマー12,985394
水215,69411973
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, Sucrose density gradient
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 ABC

#1: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1640812.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: GenBank: 86475748
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: GenBank: 23898
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 50463.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: GenBank: 555853

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60S ribosomal protein ... , 39種, 39分子 DEFGHmnopqrslIJKLMNOPQRSTUVWXY...

#4: タンパク質 60S ribosomal protein L8 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P62917
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / HIV-1 TAR RNA-binding protein B / TARBP-B / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 46211.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P39023
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L1 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P36578
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 34426.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P46777
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer ...Large ribosomal subunit protein eL6 / Neoplasm-related protein C140 / Tax-responsive enhancer element-binding protein 107 / TaxREB107


分子量: 32810.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: Q02878
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L7 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P18124
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / Large ribosomal subunit protein eL8 / PLA-X polypeptide / Surfeit locus protein 3


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P62424
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P32969
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / Laminin receptor homolog / Large ribosomal subunit protein uL16 / Protein QM / Ribosomal protein ...Laminin receptor homolog / Large ribosomal subunit protein uL16 / Protein QM / Ribosomal protein L10 / Tumor suppressor QM


分子量: 24630.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P27635
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L11 / CLL-associated antigen KW-12 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P62913
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / Breast basic conserved protein 1 / Large ribosomal subunit protein eL13


分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P26373
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 23840.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: Q6IPH7
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein eL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P61313
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / 23 kDa highly basic protein / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 23633.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P40429
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L17 / 60S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / PD-1


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P18621
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein eL18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: Q07020
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein eL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P84098
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L18a / Large ribosomal subunit protein eL20


分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: Q02543
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P46778
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding ...EBER-associated protein / EAP / Epstein-Barr virus small RNA-associated protein / Heparin-binding protein HBp15 / Large ribosomal subunit protein eL22


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P35268
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P62829
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L24 / 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL24


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P83731
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P62750
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L26 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P61254
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein eL27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P61353
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L27a / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 16604.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P46776
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / Cell surface heparin-binding protein HIP / Large ribosomal subunit protein eL29


分子量: 17804.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P47914
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P62888
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P62899
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P62910
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / Cell growth-inhibiting gene 33 protein / Large ribosomal subunit protein eL33


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P18077
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein eL34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P49207
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein eL36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L37 / G1.16 / Large ribosomal subunit protein eL37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P61927
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P63173
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / Large ribosomal subunit protein eL39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P62891
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L36a / 60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 ...60S ribosomal protein L44 / Cell growth-inhibiting gene 15 protein / Cell migration-inducing gene 6 protein / Large ribosomal subunit protein eL42


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P83881
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / Large ribosomal subunit protein eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P61513
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein eL28


分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P46779

-
タンパク質 , 3種, 3分子 bgh

#36: タンパク質 Ribosomal protein uL29


分子量: 21730.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293
#41: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1


分子量: 11470.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: A0A3Q0DRJ6
#45: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6 / B(2)GCN homolog / B4 integrin interactor / CAB / p27(BBP)


分子量: 26620.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / Plasmid details: Thermofisher / Variant: Expi293 / 参照: UniProt: P56537

-
非ポリマー , 8種, 12367分子

#46: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#47: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#48: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#49: 化合物 ChemComp-HMT / (3beta)-O~3~-[(2R)-2,6-dihydroxy-2-(2-methoxy-2-oxoethyl)-6-methylheptanoyl]cephalotaxine / Homoharringtonine / Cephalotaxine / [3(R)]-4-methyl 2-hydroxy-2-(4-hydroxy-4-methylpentyl)butanedioate


分子量: 545.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H39NO9 / コメント: alkaloid*YM
#50: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#51: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#52: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#53: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11973 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human mature large subunit of the ribosome with eIF6 bound
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#45 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMHEPES1
25 mMmagnesium chlorideMgCl21
3100 mMpotassium chlorideKCl1
42 mMDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Grid was functionalised with 1-pyrenemethylamine. See methods section in published article.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 30 seconds 'wait' time

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.2 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9973

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2.5画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1モデルフィッティング
9cryoSPARC3初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13REFMAC5.5モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1147785
3次元再構成解像度: 1.67 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1088709 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 40 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6EK0

6ek0
PDB 未公開エントリ


Accession code: 6EK0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 1.67→270.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.688
Rfactor反射数%反射
Rwork0.26991 --
obs0.26991 6590753 100 %
原子変位パラメータBiso mean: 35.442 Å2
LS精密化 シェル最高解像度: 1.67 Å /
Rfactor%反射
Rfree0 -
Rwork0.496 -
obs-100 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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