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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zx8 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of SNAPc containing Pol II pre-initiation complex bound to U1 snRNA promoter (OC) | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / RNA polymerase II / Pol II / PIC / SNAPc / snRNA / U1 promoter | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 snRNA-activating protein complex / snRNA transcription / snRNA transcription by RNA polymerase III / bent DNA binding / : / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of core promoter binding / meiotic sister chromatid cohesion / RNA polymerase II core complex assembly / snRNA transcription by RNA polymerase II ...snRNA-activating protein complex / snRNA transcription / snRNA transcription by RNA polymerase III / bent DNA binding / : / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of core promoter binding / meiotic sister chromatid cohesion / RNA polymerase II core complex assembly / snRNA transcription by RNA polymerase II / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / phosphatase activator activity / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / TFIIF-class transcription factor complex binding / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / transcription factor TFIIF complex / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / male pronucleus / female pronucleus / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / germinal vesicle / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / FGFR2 alternative splicing / nuclear thyroid hormone receptor binding / transcription preinitiation complex / RNA Polymerase I Transcription Termination / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / organelle membrane / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / transcription factor TFIID complex / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / mRNA Capping / protein acetylation / RNA polymerase III activity / cell division site / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase II complex binding / mRNA Splicing - Minor Pathway / viral transcription / acetyltransferase activity / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription by RNA polymerase III / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / TFIIB-class transcription factor binding / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II activity / transcription elongation by RNA polymerase I / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Sus scrofa (ブタ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Rengachari, S. / Schilbach, S. / Kaliyappan, T. / Gouge, J. / Zumer, K. / Schwarz, J. / Urlaub, H. / Dienemann, C. / Vannini, A. / Cramer, P. | |||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Structural basis of SNAPc-dependent snRNA transcription initiation by RNA polymerase II. 著者: Srinivasan Rengachari / Sandra Schilbach / Thangavelu Kaliyappan / Jerome Gouge / Kristina Zumer / Juliane Schwarz / Henning Urlaub / Christian Dienemann / Alessandro Vannini / Patrick Cramer / 要旨: RNA polymerase II (Pol II) carries out transcription of both protein-coding and non-coding genes. Whereas Pol II initiation at protein-coding genes has been studied in detail, Pol II initiation at ...RNA polymerase II (Pol II) carries out transcription of both protein-coding and non-coding genes. Whereas Pol II initiation at protein-coding genes has been studied in detail, Pol II initiation at non-coding genes, such as small nuclear RNA (snRNA) genes, is less well understood at the structural level. Here, we study Pol II initiation at snRNA gene promoters and show that the snRNA-activating protein complex (SNAPc) enables DNA opening and transcription initiation independent of TFIIE and TFIIH in vitro. We then resolve cryo-EM structures of the SNAPc-containing Pol IIpre-initiation complex (PIC) assembled on U1 and U5 snRNA promoters. The core of SNAPc binds two turns of DNA and recognizes the snRNA promoter-specific proximal sequence element (PSE), located upstream of the TATA box-binding protein TBP. Two extensions of SNAPc, called wing-1 and wing-2, bind TFIIA and TFIIB, respectively, explaining how SNAPc directs Pol II to snRNA promoters. Comparison of structures of closed and open promoter complexes elucidates TFIIH-independent DNA opening. These results provide the structural basis of Pol II initiation at non-coding RNA gene promoters. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Structural basis of SNAPc-dependent snRNA transcription initiation by RNA polymerase II 著者: Rengachari, S. / Schilbach, S. / Kaliyappan, T. / Gouge, J. / Zumer, K. / Schwarz, J. / Urlaub, H. / Dienemann, C. / Vannini, A. / Cramer, P. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 7zx8.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zx8.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7zx8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zx8_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zx8_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zx8_validation.xml.gz | 152.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zx8_validation.cif.gz | 241.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/7zx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/7zx8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 15007MC 7zwcC 7zwdC 7zx7C 7zxeC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ABCEFGI
#1: タンパク質 | 分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1DPV6 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGP4, DNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3 |
#5: タンパク質 | 分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7 |
#6: タンパク質 | 分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKN8 |
#7: タンパク質 | 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LJZ9 |
#9: タンパク質 | 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899 |
-RNA polymerase II subunit ... , 3種, 3分子 DKL
#4: タンパク質 | 分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ADR4 |
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#11: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UK25 |
#12: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN51 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 HJ
#8: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1ULF2 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VYD0 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 MO
#13: タンパク質 | 分子量: 34877.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2B, TF2B, TFIIB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00403, histone acetyltransferase |
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#15: タンパク質 | 分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBP, GTF2D1, TF2D, TFIID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20226 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#14: DNA鎖 | 分子量: 29969.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 8452475 |
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#18: DNA鎖 | 分子量: 29261.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 8452475 |
-General transcription factor IIF subunit ... , 2種, 2分子 QR
#16: タンパク質 | 分子量: 58343.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F1, RAP74 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35269 |
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#17: タンパク質 | 分子量: 28427.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2F2, RAP30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13984, DNA helicase |
-Transcription initiation factor IIA subunit ... , 2種, 2分子 UV
#19: タンパク質 | 分子量: 41544.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A1, TF2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52655 |
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#20: タンパク質 | 分子量: 12469.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2A2, TF2A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52657 |
-SnRNA-activating protein complex subunit ... , 4種, 4分子 abcd
#21: タンパク質 | 分子量: 43074.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNAPC1, SNAP43 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q16533 |
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#22: タンパク質 | 分子量: 46812.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNAPC3, SNAP50 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q92966 |
#23: タンパク質 | 分子量: 159645.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNAPC4, SNAP190 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5SXM2 |
#24: タンパク質 | 分子量: 11343.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNAPC5, SNAP19 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75971 |
-非ポリマー , 2種, 12分子
#25: 化合物 | ChemComp-ZN / #26: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 300 nm |
撮影 | 電子線照射量: 54.45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137246 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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