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- PDB-7zr5: CryoEM structure of HSP90-CDC37-BRAF(V600E)-PP5(closed) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zr5
タイトルCryoEM structure of HSP90-CDC37-BRAF(V600E)-PP5(closed) complex
要素
  • Heat shock protein HSP 90-beta
  • Hsp90 co-chaperone Cdc37
  • Serine/threonine-protein kinase B-raf
  • Serine/threonine-protein phosphatase 5
キーワードPROTEIN BINDING / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / response to arachidonate / HSP90-CDC37 chaperone complex / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / peptidyl-threonine dephosphorylation / Aryl hydrocarbon receptor signalling / aryl hydrocarbon receptor complex / peptidyl-serine dephosphorylation / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation ...regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / response to arachidonate / HSP90-CDC37 chaperone complex / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / peptidyl-threonine dephosphorylation / Aryl hydrocarbon receptor signalling / aryl hydrocarbon receptor complex / peptidyl-serine dephosphorylation / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / dynein axonemal particle / histone methyltransferase binding / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / receptor ligand inhibitor activity / Signalling to p38 via RIT and RIN / proximal dendrite / positive regulation of type 2 mitophagy / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / ATP-dependent protein binding / myeloid progenitor cell differentiation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / positive regulation of protein localization to cell surface / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / positive regulation of axon regeneration / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of axonogenesis / protein kinase regulator activity / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / protein folding chaperone complex / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of T cell differentiation / response to morphine / Negative feedback regulation of MAPK pathway / mitogen-activated protein kinase kinase binding / post-transcriptional regulation of gene expression / Frs2-mediated activation / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / cellular response to cadmium ion / protein-serine/threonine phosphatase / stress fiber assembly / protein serine/threonine phosphatase activity / Respiratory syncytial virus genome replication / telomerase holoenzyme complex assembly / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Uptake and function of diphtheria toxin / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / TPR domain binding / face development / dendritic growth cone / phosphatase activity / MAP kinase kinase activity / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / synaptic vesicle exocytosis / thyroid gland development / phosphoprotein phosphatase activity / The NLRP3 inflammasome / protein phosphatase activator activity / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / somatic stem cell population maintenance / MAP kinase kinase kinase activity / regulation of protein ubiquitination / HSF1-dependent transactivation / response to unfolded protein / G-protein alpha-subunit binding / HSF1 activation / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / telomere maintenance via telomerase / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / Attenuation phase / chaperone-mediated protein complex assembly / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / protein targeting / axonal growth cone / RHOBTB2 GTPase cycle / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / negative regulation of MAPK cascade / response to cAMP / protein dephosphorylation / supramolecular fiber organization / positive regulation of stress fiber assembly / : / heat shock protein binding / DNA polymerase binding / Signaling by ERBB2 / ERK1 and ERK2 cascade
類似検索 - 分子機能
Cdc37, Hsp90 binding domain / PP5, C-terminal metallophosphatase domain / PPP domain / PPP5 TPR repeat region / Cdc37, C-terminal / Cdc37, Hsp90 binding / Cdc37, Hsp90-binding domain superfamily / : / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain ...Cdc37, Hsp90 binding domain / PP5, C-terminal metallophosphatase domain / PPP domain / PPP5 TPR repeat region / Cdc37, C-terminal / Cdc37, Hsp90 binding / Cdc37, Hsp90-binding domain superfamily / : / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain / Cdc37 C terminal domain / Cdc37 Hsp90 binding domain / Cdc37 N terminal kinase binding / Cdc37 / Cdc37, N-terminal domain / Cdc37 N terminal kinase binding / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Tetratricopeptide repeat / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Metallo-dependent phosphatase-like / C1-like domain superfamily / Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 4-Layer Sandwich / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Heat shock protein HSP 90-beta / Serine/threonine-protein kinase B-raf / Serine/threonine-protein phosphatase 5 / Hsp90 co-chaperone Cdc37
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Oberoi, J. / Pearl, L.H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: HSP90-CDC37-PP5 forms a structural platform for kinase dephosphorylation.
著者: Jasmeen Oberoi / Xavi Aran Guiu / Emily A Outwin / Pascale Schellenberger / Theodoros I Roumeliotis / Jyoti S Choudhary / Laurence H Pearl /
要旨: Activation of client protein kinases by the HSP90 molecular chaperone system is affected by phosphorylation at multiple sites on HSP90, the kinase-specific co-chaperone CDC37, and the kinase client ...Activation of client protein kinases by the HSP90 molecular chaperone system is affected by phosphorylation at multiple sites on HSP90, the kinase-specific co-chaperone CDC37, and the kinase client itself. Removal of regulatory phosphorylation from client kinases and their release from the HSP90-CDC37 system depends on the Ser/Thr phosphatase PP5, which associates with HSP90 via its N-terminal TPR domain. Here, we present the cryoEM structure of the oncogenic protein kinase client BRAF bound to HSP90-CDC37, showing how the V600E mutation favours BRAF association with HSP90-CDC37. Structures of HSP90-CDC37-BRAF complexes with PP5 in autoinhibited and activated conformations, together with proteomic analysis of its phosphatase activity on BRAF and CRAF, reveal how PP5 is activated by recruitment to HSP90 complexes. PP5 comprehensively dephosphorylates client proteins, removing interaction sites for regulatory partners such as 14-3-3 proteins and thus performing a 'factory reset' of the kinase prior to release.
履歴
登録2022年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年12月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月14日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月14日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月14日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月14日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年12月14日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein HSP 90-beta
B: Heat shock protein HSP 90-beta
C: Hsp90 co-chaperone Cdc37
K: Serine/threonine-protein kinase B-raf
P: Serine/threonine-protein phosphatase 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,2707
ポリマ－366,2565
非ポリマー1,0142
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Heat shock protein HSP 90-beta / HSP 90 / Heat shock 84 kDa / HSP 84 / HSP84


分子量: 86223.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSP90AB1, HSP90B, HSPC2, HSPCB / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: P08238
#2: タンパク質 Hsp90 co-chaperone Cdc37 / Hsp90 chaperone protein kinase-targeting subunit / p50Cdc37


分子量: 46853.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC37, CDC37A / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q16543
#3: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 90934.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#4: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 5 / PP5 / Protein phosphatase T / PP-T / PPT


分子量: 56020.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP5C, PPP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P53041, protein-serine/threonine phosphatase
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1HSP90-CDC37-BRAF(V600E)-PP5 (closed) complexCOMPLEX#1-#40RECOMBINANT
2Heat shock protein HSP 90-beta, Hsp90 co-chaperone Cdc37 and Serine/threonine-protein kinase B-rafCOMPLEX#1-#31RECOMBINANT
3Serine/threonine-protein phosphatase 5COMPLEX#41RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Spodoptera (蝶・蛾)7106
33Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4cryoSPARCCTF補正
8PHENIXモデル精密化
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105063 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00917878
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.99324046
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.0162347
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432616
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063084

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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