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- PDB-7zpp: Cryo-EM structure of the MVV CSC intasome at 4.5A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zpp
タイトルCryo-EM structure of the MVV CSC intasome at 4.5A resolution
要素
  • Integrase
  • vDNA, non-transferred strand
  • vDNA, transferred strand
キーワードVIRAL PROTEIN / Integrase / intasome / MVV / nucleoprotein complex / retrovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / viral capsid / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Visna/maedi virus EV1 KV1772 (ウイルス)
Visna lentivirus
Visna-maedi virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Ballandras-Colas, A. / Maskell, D. / Pye, V.E. / Locke, J. / Swuec, S. / Kotecha, A. / Costa, A. / Cherepanov, P.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteFC001061 英国
Wellcome TrustFC001061 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)FC001061 英国
Cancer Research UKFC001061 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: A supramolecular assembly mediates lentiviral DNA integration.
著者: Allison Ballandras-Colas / Daniel P Maskell / Erik Serrao / Julia Locke / Paolo Swuec / Stefán R Jónsson / Abhay Kotecha / Nicola J Cook / Valerie E Pye / Ian A Taylor / Valgerdur ...著者: Allison Ballandras-Colas / Daniel P Maskell / Erik Serrao / Julia Locke / Paolo Swuec / Stefán R Jónsson / Abhay Kotecha / Nicola J Cook / Valerie E Pye / Ian A Taylor / Valgerdur Andrésdóttir / Alan N Engelman / Alessandro Costa / Peter Cherepanov /
要旨: Retroviral integrase (IN) functions within the intasome nucleoprotein complex to catalyze insertion of viral DNA into cellular chromatin. Using cryo-electron microscopy, we now visualize the ...Retroviral integrase (IN) functions within the intasome nucleoprotein complex to catalyze insertion of viral DNA into cellular chromatin. Using cryo-electron microscopy, we now visualize the functional maedi-visna lentivirus intasome at 4.9 angstrom resolution. The intasome comprises a homo-hexadecamer of IN with a tetramer-of-tetramers architecture featuring eight structurally distinct types of IN protomers supporting two catalytically competent subunits. The conserved intasomal core, previously observed in simpler retroviral systems, is formed between two IN tetramers, with a pair of C-terminal domains from flanking tetramers completing the synaptic interface. Our results explain how HIV-1 IN, which self-associates into higher-order multimers, can form a functional intasome, reconcile the bulk of early HIV-1 IN biochemical and structural data, and provide a lentiviral platform for design of HIV-1 IN inhibitors.
履歴
登録2022年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2022年6月29日ID: 5M0Q
改定 1.12022年6月29日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: em_entity_assembly / em_entity_assembly_naturalsource ...em_entity_assembly / em_entity_assembly_naturalsource / em_entity_assembly_recombinant / entity / entity_name_com / pdbx_database_PDB_obs_spr / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22022年10月12日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
C: Integrase
D: Integrase
E: Integrase
F: Integrase
G: Integrase
H: Integrase
I: Integrase
J: Integrase
K: Integrase
L: Integrase
M: Integrase
N: Integrase
O: Integrase
P: Integrase
Q: vDNA, non-transferred strand
R: vDNA, transferred strand
S: vDNA, non-transferred strand
T: vDNA, transferred strand


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)542,44520
ポリマ－542,44520
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Integrase / IN


分子量: 32368.826 Da / 分子数: 16 / 断片: UNP residues 821-1101 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Visna/maedi virus EV1 KV1772 (ウイルス)
株: KV1772 / 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P35956, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 vDNA, non-transferred strand


分子量: 6456.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Visna lentivirus (strain 1514) (ウイルス)
#3: DNA鎖 vDNA, transferred strand


分子量: 5815.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Visna-maedi virus (ウイルス) / 参照: GenBank: J04359.1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Maedi-visna virus (MVV) intasomeCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2IntergraseCOMPLEX#11RECOMBINANT
3vDNACOMPLEX#2-#31MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.54245 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Visna/maedi virus EV1 KV1772 (ウイルス)36374
33Visna-maedi virus (ウイルス)2169971
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 6.5 / 詳細: 1 M NaCl, 3 mM CaCl2 and 25 mM BisTris-HCl, pH 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
11 MSodium ChlorideNaCl1
23 mMCalcium ChlorideCaCl21
325 mMBisTris-HCl1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: A 4 ul drop of freshly prepared intasome in 1 M NaCl, 3 mM CaCl2 and 25 mM BisTris-HCl pH 6.5 was applied onto glow-discharged lacey carbon grids coated with ultrathin carbon (product 01824, ...詳細: A 4 ul drop of freshly prepared intasome in 1 M NaCl, 3 mM CaCl2 and 25 mM BisTris-HCl pH 6.5 was applied onto glow-discharged lacey carbon grids coated with ultrathin carbon (product 01824, Ted Pella). The grids were incubated for 30 s under 100% humidity in a Vitrobot Mark IV (FEI) at 20 oC. To lower salt concentration before plunge-freezing, the grids were blotted for 0.5 s, immediately hydrated with a 4 ul drop of 200 mM NaCl, 3 mM CaCl2, and 25 mM BisTris-HCl pH 6.5 and blotted again for 2.5 s, followed by plunging into liquid ethane.
試料支持グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K
詳細: To lower salt concentration before plunge-freezing, the grids were blotted for 0.5 s, immediately hydrated with a 4-ul drop of 200 mM NaCl, 3 mM CaCl2 and 25 mM BisTris-HCl pH 6.5 and blotted ...詳細: To lower salt concentration before plunge-freezing, the grids were blotted for 0.5 s, immediately hydrated with a 4-ul drop of 200 mM NaCl, 3 mM CaCl2 and 25 mM BisTris-HCl pH 6.5 and blotted again for 2.5 s followed by plunging into liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_4213: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10Cootモデル精密化
12RELION3.1最終オイラー角割当
13cryoSPARC2分類
14cryoSPARC2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 253785
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 128974 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: Non Uniform Refinement in cryoSPARC-2 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 100 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
詳細: 5M0Q model was docked to new map (updated relion version and pixel size corrected) in Chimera and refined using phenix.real_space refine and interactively adjusted in coot.
原子モデル構築PDB-ID: 5M0Q

5m0q
PDB 未公開エントリ

拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00234119
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.61846515
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.9674959
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0445006
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0045714

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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