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万見
- PDB-7zla: Cryo-EM structure of holo-PdxR from Bacillus clausii bound to its... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zla
タイトルCryo-EM structure of holo-PdxR from Bacillus clausii bound to its target DNA in the half-closed conformation
要素
  • (DNA (48-MER)) x 2
  • PLP-dependent aminotransferase family protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / transcription factor / PLP-binding protein / domain-swap homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
GntR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix gluconate operon transcriptional repressor / Transcription regulator HTH, GntR / Bacterial regulatory proteins, gntR family / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / PLP-dependent aminotransferase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Alkalihalobacillus clausii (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.99 Å
データ登録者Freda, I. / Montemiglio, L.C. / Tramonti, A. / Contestabile, R. / Vallone, B. / Savino, C. / Exertier, C. / Bolognesi, M. / Chaves Sanjuan, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the DNA recognition mechanism by the bacterial transcription factor PdxR.
著者: Ida Freda / Cécile Exertier / Anna Barile / Antonio Chaves-Sanjuan / Mirella Vivoli Vega / Michail N Isupov / Nicholas J Harmer / Elena Gugole / Paolo Swuec / Martino Bolognesi / Anita ...著者: Ida Freda / Cécile Exertier / Anna Barile / Antonio Chaves-Sanjuan / Mirella Vivoli Vega / Michail N Isupov / Nicholas J Harmer / Elena Gugole / Paolo Swuec / Martino Bolognesi / Anita Scipioni / Carmelinda Savino / Martino Luigi Di Salvo / Roberto Contestabile / Beatrice Vallone / Angela Tramonti / Linda Celeste Montemiglio /
要旨: Specificity in protein-DNA recognition arises from the synergy of several factors that stem from the structural and chemical signatures encoded within the targeted DNA molecule. Here, we deciphered ...Specificity in protein-DNA recognition arises from the synergy of several factors that stem from the structural and chemical signatures encoded within the targeted DNA molecule. Here, we deciphered the nature of the interactions driving DNA recognition and binding by the bacterial transcription factor PdxR, a member of the MocR family responsible for the regulation of pyridoxal 5'-phosphate (PLP) biosynthesis. Single particle cryo-EM performed on the PLP-PdxR bound to its target DNA enabled the isolation of three conformers of the complex, which may be considered as snapshots of the binding process. Moreover, the resolution of an apo-PdxR crystallographic structure provided a detailed description of the transition of the effector domain to the holo-PdxR form triggered by the binding of the PLP effector molecule. Binding analyses of mutated DNA sequences using both wild type and PdxR variants revealed a central role of electrostatic interactions and of the intrinsic asymmetric bending of the DNA in allosterically guiding the holo-PdxR-DNA recognition process, from the first encounter through the fully bound state. Our results detail the structure and dynamics of the PdxR-DNA complex, clarifying the mechanism governing the DNA-binding mode of the holo-PdxR and the regulation features of the MocR family of transcription factors.
履歴
登録2022年4月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / em_3d_fitting_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLP-dependent aminotransferase family protein
B: PLP-dependent aminotransferase family protein
C: DNA (48-MER)
D: DNA (48-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,5604
ポリマ－140,5604
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area13410 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area51540 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 PLP-dependent aminotransferase family protein


分子量: 55499.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alkalihalobacillus clausii (バクテリア)
遺伝子: CHH72_17460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A268NVG2
#2: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14667.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Alkalihalobacillus clausii (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (48-MER)


分子量: 14894.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Alkalihalobacillus clausii (バクテリア)
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Binary complex between the PLP-bound homodimeric PdxR and a 48bp double strand DNA fragment
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.136 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Alkalihalobacillus clausii (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
150 mMHepes1
250 mMNaCl1
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3284

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2.8画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 1358491
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68689 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 181 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7PQ9

7pq9


Accession code: 7PQ9 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 74.69 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0059018
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.75112613
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.4721853
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0471383
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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