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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7z14 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Torpedo nicotinic acetylcholine receptor in complex with a short-chain neurotoxin. | |||||||||||||||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Ion channel / toxin | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane / neuron projection 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物)![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Nys, M.A.E.M. / Zarkadas, E. / Ulens, C. / Nury, H. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The molecular mechanism of snake short-chain α-neurotoxin binding to muscle-type nicotinic acetylcholine receptors. 著者: Mieke Nys / Eleftherios Zarkadas / Marijke Brams / Aujan Mehregan / Kumiko Kambara / Jeroen Kool / Nicholas R Casewell / Daniel Bertrand / John E Baenziger / Hugues Nury / Chris Ulens / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Bites by elapid snakes (e.g. cobras) can result in life-threatening paralysis caused by venom neurotoxins blocking neuromuscular nicotinic acetylcholine receptors. Here, we determine the cryo-EM ...Bites by elapid snakes (e.g. cobras) can result in life-threatening paralysis caused by venom neurotoxins blocking neuromuscular nicotinic acetylcholine receptors. Here, we determine the cryo-EM structure of the muscle-type Torpedo receptor in complex with ScNtx, a recombinant short-chain α-neurotoxin. ScNtx is pinched between loop C on the principal subunit and a unique hairpin in loop F on the complementary subunit, thereby blocking access to the neurotransmitter binding site. ScNtx adopts a binding mode that is tilted toward the complementary subunit, forming a wider network of interactions than those seen in the long-chain α-Bungarotoxin complex. Certain mutations in ScNtx at the toxin-receptor interface eliminate inhibition of neuronal α7 nAChRs, but not of human muscle-type receptors. These observations explain why ScNtx binds more tightly to muscle-type receptors than neuronal receptors. Together, these data offer a framework for understanding subtype-specific actions of short-chain α-neurotoxins and inspire strategies for design of new snake antivenoms. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 360.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 291.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 50.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 72.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 14440MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Acetylcholine receptor subunit ... , 4種, 5分子 ADBCE
#1: タンパク質 | 分子量: 50168.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 53731.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 57625.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 56335.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 FG
#5: タンパク質 | 分子量: 6848.960 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Consensus sequence from Elapidae family (8602) / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-糖 , 4種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#6: 多糖 | #7: 多糖 | #8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | タイプ: oligosaccharide / 分子量: 951.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 #9: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of Torpedo nicotinic acetylcholine receptor in complex with a short-chain neurotoxin. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #3, #2, #4-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26581 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 89.67 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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