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万見
- PDB-7yzi: Structure of Mycobacterium tuberculosis adenylyl cyclase Rv1625c / Cya -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yzi
タイトルStructure of Mycobacterium tuberculosis adenylyl cyclase Rv1625c / Cya
要素
  • Adenylate cyclase
  • Nanobody Nb4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Adenylyl cyclase / cyclic adenosine monophosphate / signal transduction / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / manganese ion binding / intracellular signal transduction / magnesium ion binding ...receptor guanylyl cyclase signaling pathway / peptide receptor activity / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / manganese ion binding / intracellular signal transduction / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / MASE7 / : / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-ONM / Adenylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis '98-R604 INH-RIF-EM' (結核菌)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å
データ登録者Mehta, V. / Khanppnavar, B. / Korkhov, V.M.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation150665 スイス
Swiss National Science Foundation176992 スイス
Swiss National Science Foundation184951 スイス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Structure of Cya, an evolutionary ancestor of the mammalian membrane adenylyl cyclases.
著者: Ved Mehta / Basavraj Khanppnavar / Dina Schuster / Ilayda Kantarci / Irene Vercellino / Angela Kosturanova / Tarun Iype / Sasa Stefanic / Paola Picotti / Volodymyr M Korkhov /
要旨: adenylyl cyclase (AC) Rv1625c/Cya is an evolutionary ancestor of the mammalian membrane ACs and a model system for studies of their structure and function. Although the vital role of ACs in cellular ... adenylyl cyclase (AC) Rv1625c/Cya is an evolutionary ancestor of the mammalian membrane ACs and a model system for studies of their structure and function. Although the vital role of ACs in cellular signalling is well established, the function of their transmembrane (TM) regions remains unknown. Here, we describe the cryo-EM structure of Cya bound to a stabilizing nanobody at 3.6 Å resolution. The TM helices 1-5 form a structurally conserved domain that facilitates the assembly of the helical and catalytic domains. The TM region contains discrete pockets accessible from the extracellular and cytosolic side of the membrane. Neutralization of the negatively charged extracellular pocket Ex1 destabilizes the cytosolic helical domain and reduces the catalytic activity of the enzyme. The TM domain acts as a functional component of Cya, guiding the assembly of the catalytic domain and providing the means for direct regulation of catalytic activity in response to extracellular ligands.
履歴
登録2022年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate cyclase
B: Adenylate cyclase
C: Nanobody Nb4
D: Nanobody Nb4
E: Nanobody Nb4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,61911
ポリマ－142,0875
非ポリマー1,5326
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Adenylate cyclase / ATP pyrophosphate-lyase / Adenylyl cyclase


分子量: 50386.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis '98-R604 INH-RIF-EM' (結核菌)
遺伝子: cya, Rv1625c, MTCY01B2.17c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WQ35, adenylate cyclase
#2: 抗体 Nanobody Nb4


分子量: 13771.179 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-ONM / 3'-O-(N-METHYLANTHRANILOYL)-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 3′-O-(N-メチルアントラニロイル)GTP


分子量: 656.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H23N6O15P3
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1A complex of Rv1625c / Cya homodimer bound to nano body Nb4COMPLEX#1-#20RECOMBINANT
2Adenylate cyclaseCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Nanobody Nb4COMPLEX#21RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Mycobacterium tuberculosis '98-R604 INH-RIF-EM' (結核菌)555461
33Vicugna pacos (アルパカ)30538
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris pH 7.5, 200 mM NaCl, 0.1 % digitonin
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 48 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 646042 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.018690
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.8111871
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.8421220
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.2021367
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0331513

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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