+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yry | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | F1-ATPase of Acinetobacter baumannii | ||||||
要素 | (ATP synthase ...) x 4 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / F1-ATPase / Acinetobacter baumannii | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii AB5075 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Saw, W.-G. / Grueber, G. | ||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: FASEB J / 年: 2023 タイトル: Atomic insights of an up and down conformation of the Acinetobacter baumannii F -ATPase subunit ε and deciphering the residues critical for ATP hydrolysis inhibition and ATP synthesis. 著者: Wuan-Geok Saw / Khoa Cong Minh Le / Joon Shin / Jes Hui Min Kwek / Chui Fann Wong / Priya Ragunathan / Tuck Choy Fong / Volker Müller / Gerhard Grüber / 要旨: The Acinetobacter baumannii F F -ATP synthase (α :β :γ:δ:ε:a:b :c ), which is essential for this strictly respiratory opportunistic human pathogen, is incapable of ATP-driven proton ...The Acinetobacter baumannii F F -ATP synthase (α :β :γ:δ:ε:a:b :c ), which is essential for this strictly respiratory opportunistic human pathogen, is incapable of ATP-driven proton translocation due to its latent ATPase activity. Here, we generated and purified the first recombinant A. baumannii F -ATPase (AbF -ATPase) composed of subunits α :β :γ:ε, showing latent ATP hydrolysis. A 3.0 Å cryo-electron microscopy structure visualizes the architecture and regulatory element of this enzyme, in which the C-terminal domain of subunit ε (Abε) is present in an extended position. An ε-free AbF -ɑβγ complex generated showed a 21.5-fold ATP hydrolysis increase, demonstrating that Abε is the major regulator of AbF -ATPase's latent ATP hydrolysis. The recombinant system enabled mutational studies of single amino acid substitutions within Abε or its interacting subunits β and γ, respectively, as well as C-terminal truncated mutants of Abε, providing a detailed picture of Abε's main element for the self-inhibition mechanism of ATP hydrolysis. Using a heterologous expression system, the importance of Abε's C-terminus in ATP synthesis of inverted membrane vesicles, including AbF F -ATP synthases, has been explored. In addition, we are presenting the first NMR solution structure of the compact form of Abε, revealing interaction of its N-terminal β-barrel and C-terminal ɑ-hairpin domain. A double mutant of Abε highlights critical residues for Abε's domain-domain formation which is important also for AbF -ATPase's stability. Abε does not bind MgATP, which is described to regulate the up and down movements in other bacterial counterparts. The data are compared to regulatory elements of F -ATPases in bacteria, chloroplasts, and mitochondria to prevent wasting of ATP. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yry.cif.gz | 613.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7yry.ent.gz | 501.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yry.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/7yry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yr/7yry | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 34066MC 8hgxC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-ATP synthase ... , 4種, 8分子 ABCDEFeg
#1: タンパク質 | 分子量: 55452.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii AB5075 (バクテリア) 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 遺伝子: atpA, A1S_0153 / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A3M142, H+-transporting two-sector ATPase #2: タンパク質 | 分子量: 51156.055 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii AB5075 (バクテリア) プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A3M144 #3: タンパク質 | | 分子量: 14551.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii AB5075 (バクテリア) 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 遺伝子: atpC, A1S_0156 / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A3M145 #4: タンパク質 | | 分子量: 32135.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii AB5075 (バクテリア) 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377 / 遺伝子: atpG, A1S_0154 / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A3M143 |
---|
-非ポリマー , 4種, 9分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | ChemComp-ADP / | #8: 化合物 | ChemComp-PO4 / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: F1-ATPase of Acinetobacter baumannii / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.3635 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 株: AB5075 | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C41(DE3) / プラスミド: pET29a | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 64.8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5455 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1729782 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 139535 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT |