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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ymv | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of MERS-CoV spike protein, Two RBD-up conformation 1 | ||||||
要素 | Spike glycoprotein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / MERS-CoV / Spike / Glycoprotein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane ...host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.74 Å | ||||||
データ登録者 | Hsu, S.T.D. / Chang, N.E. / Weng, Z.W. / Yang, T.J. / Draczkowski, P. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: GlycoSHIELD: a versatile pipeline to assess glycan impact on protein structures 著者: Gecht, M. / von Bulow, S. / Penet, C. / Hummer, G. / Hanus, C. / Sikora, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ymv.cif.gz | 636.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ymv.ent.gz | 517.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ymv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ymv_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ymv_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ymv_validation.xml.gz | 104.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ymv_validation.cif.gz | 162.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/7ymv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/7ymv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33943MC 7ymtC 7ymwC 7ymxC 7ymyC 7ymzC 7yn0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 150654.438 Da / 分子数: 3 / 変異: R748A, R751G, V1060P, L1061P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: K0BRG7 |
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-糖 , 7種, 36分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | #6: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #8: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: recombinant MERS-CoV (betacoronavirus 2c EMC 2012) fm2P Spike タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Human betacoronavirus 2c EMC/2012 (ウイルス) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293F | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K 詳細: blot for 2.5 seconds before plunging; blot force: -1; waiting time: 30s. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 92000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2886 |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.2/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Windows / タイプ: package | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1679870 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21273 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL |