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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yca | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the PSI-LHCI-Lhcp supercomplex from Ostreococcus tauri | |||||||||||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / Complex / Electron transport | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() chloroplast photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I ...chloroplast photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å | |||||||||||||||
![]() | Shan, J. / Sheng, X. / Ishii, A. / Watanabe, A. / Song, C. / Murata, K. / Minagawa, J. / Liu, Z. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The photosystem I supercomplex from a primordial green alga harbors three light-harvesting complex trimers. 著者: Asako Ishii / Jianyu Shan / Xin Sheng / Eunchul Kim / Akimasa Watanabe / Makio Yokono / Chiyo Noda / Chihong Song / Kazuyoshi Murata / Zhenfeng Liu / Jun Minagawa / ![]() ![]() 要旨: As a ubiquitous picophytoplankton in the ocean and an early-branching green alga, is a model prasinophyte species for studying the functional evolution of the light-harvesting systems in ...As a ubiquitous picophytoplankton in the ocean and an early-branching green alga, is a model prasinophyte species for studying the functional evolution of the light-harvesting systems in photosynthesis. Here, we report the structure and function of the photosystem I (PSI) supercomplex in low light conditions, where it expands its photon-absorbing capacity by assembling with the light-harvesting complexes I (LHCI) and a prasinophyte-specific light-harvesting complex (Lhcp). The architecture of the supercomplex exhibits hybrid features of the plant-type and the green algal-type PSI supercomplexes, consisting of a PSI core, an Lhca1-Lhca4-Lhca2-Lhca3 belt attached on one side and an Lhca5-Lhca6 heterodimer associated on the other side between PsaG and PsaH. Interestingly, nine Lhcp subunits, including one Lhcp1 monomer with a phosphorylated amino-terminal threonine and eight Lhcp2 monomers, oligomerize into three trimers and associate with PSI on the third side between Lhca6 and PsaK. The Lhcp1 phosphorylation and the light-harvesting capacity of PSI were subjected to reversible photoacclimation, suggesting that the formation of PSI-LHCI-Lhcp supercomplex is likely due to a phosphorylation-dependent mechanism induced by changes in light intensity. Notably, this supercomplex did not exhibit far-red peaks in the 77 K fluorescence spectra, which is possibly due to the weak coupling of the chlorophyll 603-609 pair in Lhca1-4. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 5種, 5分子 16GLO
#1: タンパク質 | 分子量: 24128.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#6: タンパク質 | 分子量: 26742.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 14124.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 21526.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#21: タンパク質 | 分子量: 15020.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Chlorophyll a-b binding protein, ... , 6種, 13分子 2345PRSTUVWXQ
#2: タンパク質 | 分子量: 26404.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
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#3: タンパク質 | 分子量: 29432.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#4: タンパク質 | 分子量: 25924.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#5: タンパク質 | 分子量: 23401.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#22: タンパク質 | 分子量: 24689.807 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #23: タンパク質 | | 分子量: 24161.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Photosystem I ... , 12種, 12分子 ABCDEFHIJKMN
#7: タンパク質 | 分子量: 83249.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#8: タンパク質 | 分子量: 81421.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 8751.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 20560.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 11278.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 24593.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 17797.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3766.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#16: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4731.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 13573.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#19: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3413.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 14405.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-糖 , 1種, 2分子 ![](data/chem/img/DGD.gif)
#36: 糖 |
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-非ポリマー , 15種, 451分子 ![](data/chem/img/CHL.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/IWJ.gif)
![](data/chem/img/XAT.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/Q6L.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/CL0.gif)
![](data/chem/img/PQN.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/NEX.gif)
![](data/chem/img/KC2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/IWJ.gif)
![](data/chem/img/XAT.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/Q6L.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/CL0.gif)
![](data/chem/img/PQN.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/NEX.gif)
![](data/chem/img/KC2.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#24: 化合物 | ChemComp-CHL / #25: 化合物 | ChemComp-CLA / #26: 化合物 | ChemComp-IWJ / ( #27: 化合物 | ChemComp-XAT / ( #28: 化合物 | ChemComp-LHG / #29: 化合物 | ChemComp-Q6L / ( #30: 化合物 | ChemComp-BCR / #31: 化合物 | ChemComp-LMG / #32: 化合物 | #33: 化合物 | ChemComp-CL0 / | #34: 化合物 | #35: 化合物 | #37: 化合物 | ChemComp-NEX / ( |
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