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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yc5 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 spike in complex with K202.B bispecific antibody | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / spike protein / antibody / bispecific antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Yoo, Y. / Cho, H.S. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Antiviral Res / 年: 2023 タイトル: Novel bispecific human antibody platform specifically targeting a fully open spike conformation potently neutralizes multiple SARS-CoV-2 variants. 著者: Ji Woong Kim / Kyun Heo / Hyun Jung Kim / Youngki Yoo / Hyun-Soo Cho / Hui Jeong Jang / Ho-Young Lee / In Young Ko / Ju Rang Woo / Yea Bin Cho / Ji Hyun Lee / Ha Rim Yang / Ha Gyeong Shin / ...著者: Ji Woong Kim / Kyun Heo / Hyun Jung Kim / Youngki Yoo / Hyun-Soo Cho / Hui Jeong Jang / Ho-Young Lee / In Young Ko / Ju Rang Woo / Yea Bin Cho / Ji Hyun Lee / Ha Rim Yang / Ha Gyeong Shin / Hye Lim Choi / Kyusang Hwang / Sokho Kim / Hanseong Kim / Kwangrok Chun / Sukmook Lee / 要旨: Rapid emergence of new variants of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has prompted an urgent need for the development of broadly applicable and potently neutralizing ...Rapid emergence of new variants of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has prompted an urgent need for the development of broadly applicable and potently neutralizing antibody platform against the SARS-CoV-2, which can be used for combatting the coronavirus disease 2019 (COVID-19). In this study, based on a noncompeting pair of phage display-derived human monoclonal antibodies (mAbs) specific to the receptor-binding domain (RBD) of SARS-CoV-2 isolated from human synthetic antibody library, we generated K202.B, a novel engineered bispecific antibody with an immunoglobulin G4-single-chain variable fragment design, with sub- or low nanomolar antigen-binding avidity. Compared with the parental mAbs or mAb cocktail, the K202.B antibody showed superior neutralizing potential against a variety of SARS-CoV-2 variants in vitro. Furthermore, structural analysis of bispecific antibody-antigen complexes using cryo-electron microscopy revealed the mode of action of K202.B complexed with a fully open three-RBD-up conformation of SARS-CoV-2 trimeric spike proteins by simultaneously interconnecting two independent epitopes of the SARS-CoV-2 RBD via inter-protomer interactions. Intravenous monotherapy using K202.B exhibited potent neutralizing activity in SARS-CoV-2 wild-type- and B.1.617.2 variant-infected mouse models, without significant toxicity in vivo. The results indicate that this novel approach of development of immunoglobulin G4-based bispecific antibody from an established human recombinant antibody library is likely to be an effective strategy for the rapid development of bispecific antibodies, and timely management against fast-evolving SARS-CoV-2 variants. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yc5.cif.gz | 1018.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yc5.ent.gz | 793.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yc5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7yc5_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7yc5_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7yc5_validation.xml.gz | 149 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7yc5_validation.cif.gz | 220.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/7yc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/7yc5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33734MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 133781.312 Da / 分子数: 3 変異: R682G, R683S, R685S, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / Cell (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 抗体 | 分子量: 49646.191 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 49846.777 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1086347 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 182595 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE |