+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y72 | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment of anti-RBD antibody E7 (focused refinement on Fab-RBD interface) | |||||||||||||||||||||||||||
要素 |
| |||||||||||||||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.03 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Chia, W.N. / Tan, C.W. / Tan, A.W.K. / Young, B. / Starr, T.N. / Lopez, E. / Fibriansah, G. / Barr, J. / Cheng, S. / Yeoh, A.Y.Y. ...Chia, W.N. / Tan, C.W. / Tan, A.W.K. / Young, B. / Starr, T.N. / Lopez, E. / Fibriansah, G. / Barr, J. / Cheng, S. / Yeoh, A.Y.Y. / Yap, W.C. / Lim, B.L. / Ng, T.S. / Sia, W.R. / Zhu, F. / Chen, S. / Zhang, J. / Greaney, A.J. / Chen, M. / Au, G.G. / Paradkar, P. / Peiris, M. / Chung, A.W. / Bloom, J.D. / Lye, D. / Lok, S.M. / Wang, L.F. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | シンガポール, オーストラリア, 米国, 8件
| |||||||||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Potent pan huACE2-dependent sarbecovirus neutralizing monoclonal antibodies isolated from a BNT162b2-vaccinated SARS survivor. 著者: Wan Ni Chia / Chee Wah Tan / Aaron Wai Kit Tan / Barnaby Young / Tyler N Starr / Ester Lopez / Guntur Fibriansah / Jennifer Barr / Samuel Cheng / Aileen Ying-Yan Yeoh / Wee Chee Yap / Beng ...著者: Wan Ni Chia / Chee Wah Tan / Aaron Wai Kit Tan / Barnaby Young / Tyler N Starr / Ester Lopez / Guntur Fibriansah / Jennifer Barr / Samuel Cheng / Aileen Ying-Yan Yeoh / Wee Chee Yap / Beng Lee Lim / Thiam-Seng Ng / Wan Rong Sia / Feng Zhu / Shiwei Chen / Jinyan Zhang / Madeline Sheng Si Kwek / Allison J Greaney / Mark Chen / Gough G Au / Prasad N Paradkar / Malik Peiris / Amy W Chung / Jesse D Bloom / David Lye / Sheemei Lok / Lin-Fa Wang / 要旨: The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern such as Omicron hampered efforts in controlling the ongoing coronavirus disease 2019 pandemic due to ...The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern such as Omicron hampered efforts in controlling the ongoing coronavirus disease 2019 pandemic due to their ability to escape neutralizing antibodies induced by vaccination or prior infection, highlighting the need to develop broad-spectrum vaccines and therapeutics. Most human monoclonal antibodies (mAbs) reported to date have not demonstrated true pan-sarbecovirus neutralizing breadth especially against animal sarbecoviruses. Here, we report the isolation and characterization of highly potent mAbs targeting the receptor binding domain (RBD) of huACE2-dependent sarbecovirus from a SARS-CoV survivor vaccinated with BNT162b2. Among the six mAbs identified, one (E7) showed better huACE2-dependent sarbecovirus neutralizing potency and breadth than any other mAbs reported to date. Mutagenesis and cryo-electron microscopy studies indicate that these mAbs have a unique RBD contact footprint and that E7 binds to a quaternary structure-dependent epitope. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7y72.cif.gz | 184.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7y72.ent.gz | 125.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7y72.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7y72_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7y72_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7y72_validation.xml.gz | 41.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7y72_validation.cif.gz | 59.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/7y72 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/7y72 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33651MC 7y71C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 132860.156 Da / 分子数: 2 変異: R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 抗体 | | 分子量: 23920.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | | 分子量: 23339.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment of anti-RBD antibody E7 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: EXPI293 | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
| |||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment of anti-RBD antibody E7 | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4.76 sec. / 電子線照射量: 31.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 詳細: Images were collected in counting mode at 25 frames per movie with an exposure time of 4.76 s per movie. |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 402809 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 198525 / 詳細: Local refinement in cryoSPARC / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|