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万見
- EMDB-33650: SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33650
タイトルSARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment of anti-RBD antibody E7
マップデータSARS-CoV-2 spike (S) protein trimer in complex with anti-receptor binding domain (RBD) Fab E7
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment of anti-RBD antibody E7
    • タンパク質・ペプチド: Fab E7 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab E7 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Chia WN / Tan CW / Tan AWK / Young B / Starr TN / Lopez E / Fibriansah G / Barr J / Cheng S / Yeoh AYY ...Chia WN / Tan CW / Tan AWK / Young B / Starr TN / Lopez E / Fibriansah G / Barr J / Cheng S / Yeoh AYY / Yap WC / Lim BL / Ng TS / Sia WR / Zhu F / Chen S / Zhang J / Greaney AJ / Chen M / Au GG / Paradkar P / Peiris M / Chung AW / Bloom JD / Lye D / Lok SM / Wang LF
資金援助 シンガポール, オーストラリア, 米国, 8件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF2016NRF-NSFC002-013 シンガポール
Other governmentSTPRG-FY19-001
Other governmentCOVID19RF-003
Other governmentCOVID19RF-060
Other governmentMOH-000535/MOH-OFYIRG19nov-0002
Other governmentOFLCG19May-0034
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT 2008092 オーストラリア
Damon Runyon Cancer Research Foundation 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Potent pan huACE2-dependent sarbecovirus neutralizing monoclonal antibodies isolated from a BNT162b2-vaccinated SARS survivor.
著者: Wan Ni Chia / Chee Wah Tan / Aaron Wai Kit Tan / Barnaby Young / Tyler N Starr / Ester Lopez / Guntur Fibriansah / Jennifer Barr / Samuel Cheng / Aileen Ying-Yan Yeoh / Wee Chee Yap / Beng ...著者: Wan Ni Chia / Chee Wah Tan / Aaron Wai Kit Tan / Barnaby Young / Tyler N Starr / Ester Lopez / Guntur Fibriansah / Jennifer Barr / Samuel Cheng / Aileen Ying-Yan Yeoh / Wee Chee Yap / Beng Lee Lim / Thiam-Seng Ng / Wan Rong Sia / Feng Zhu / Shiwei Chen / Jinyan Zhang / Madeline Sheng Si Kwek / Allison J Greaney / Mark Chen / Gough G Au / Prasad N Paradkar / Malik Peiris / Amy W Chung / Jesse D Bloom / David Lye / Sheemei Lok / Lin-Fa Wang /
要旨: The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern such as Omicron hampered efforts in controlling the ongoing coronavirus disease 2019 pandemic due to ...The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern such as Omicron hampered efforts in controlling the ongoing coronavirus disease 2019 pandemic due to their ability to escape neutralizing antibodies induced by vaccination or prior infection, highlighting the need to develop broad-spectrum vaccines and therapeutics. Most human monoclonal antibodies (mAbs) reported to date have not demonstrated true pan-sarbecovirus neutralizing breadth especially against animal sarbecoviruses. Here, we report the isolation and characterization of highly potent mAbs targeting the receptor binding domain (RBD) of huACE2-dependent sarbecovirus from a SARS-CoV survivor vaccinated with BNT162b2. Among the six mAbs identified, one (E7) showed better huACE2-dependent sarbecovirus neutralizing potency and breadth than any other mAbs reported to date. Mutagenesis and cryo-electron microscopy studies indicate that these mAbs have a unique RBD contact footprint and that E7 binds to a quaternary structure-dependent epitope.
履歴
登録2022年6月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月2日-
マップ公開2023年8月2日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33650.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33650.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SARS-CoV-2 spike (S) protein trimer in complex with anti-receptor binding domain (RBD) Fab E7
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 360 pix.
= 397.8 Å		1.11 Å/pix.
x 360 pix.
= 397.8 Å		1.11 Å/pix.
x 360 pix.
= 397.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.105 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.3
最小 - 最大-40.711620000000003 - 58.882595000000002
平均 (標準偏差)-0.000000001561149 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 397.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33650_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33650_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment ...

全体名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment of anti-RBD antibody E7
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment of anti-RBD antibody E7
    • タンパク質・ペプチド: Fab E7 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab E7 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment ...

超分子名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment of anti-RBD antibody E7
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fab E7 light chain

分子名称: Fab E7 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.920668 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL QNNGYNYLAW YLQKPGQSPQ LLIYLSSTRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQSLQI PGTFGQGTRL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列:
DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL QNNGYNYLAW YLQKPGQSPQ LLIYLSSTRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQSLQI PGTFGQGTRL EIKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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分子 #2: Fab E7 heavy chain

分子名称: Fab E7 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.339156 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGGFIG PHYWSWVRQP PGKGLEWIGY IYISGSTNYN PSLKSRLTIS VDMSKSQFSL TLSSATAAD TAVYYCARGG GYLETGPFEY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGGFIG PHYWSWVRQP PGKGLEWIGY IYISGSTNYN PSLKSRLTIS VDMSKSQFSL TLSSATAAD TAVYYCARGG GYLETGPFEY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKRV EPK

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分子 #3: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 132.860156 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VNLTTRTQLP PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HAIHVSGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLGVY YHKNNKSWME SEFRVYSSAN NCTFEYVSQP F LMDLEGKQ ...文字列:
VNLTTRTQLP PAYTNSFTRG VYYPDKVFRS SVLHSTQDLF LPFFSNVTWF HAIHVSGTNG TKRFDNPVLP FNDGVYFAST EKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLGVY YHKNNKSWME SEFRVYSSAN NCTFEYVSQP F LMDLEGKQ GNFKNLREFV FKNIDGYFKI YSKHTPINLV RDLPQGFSAL EPLVDLPIGI NITRFQTLLA LHRSYLTPGD SS SGWTAGA AAYYVGYLQP RTFLLKYNEN GTITDAVDCA LDPLSETKCT LKSFTVEKGI YQTSNFRVQP TESIVRFPNI TNL CPFGEV FNATRFASVY AWNRKRISNC VADYSVLYNS ASFSTFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IRGDEVRQIA PGQT GKIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNN LDSKVGGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGSTPC NGVEGFNCYF PLQSY GFQP TNGVGYQPYR VVVLSFELLH APATVCGPKK STNLVKNKCV NFNFNGLTGT GVLTESNKKF LPFQQFGRDI ADTTDA VRD PQTLEILDIT PCSFGGVSVI TPGTNTSNQV AVLYQDVNCT EVPVAIHADQ LTPTWRVYST GSNVFQTRAG CLIGAEH VN NSYECDIPIG AGICASYQTQ TNSPRAAASV ASQSIIAYTM SLGAENSVAY SNNSIAIPTN FTISVTTEIL PVSMTKTS V DCTMYICGDS TECSNLLLQY GSFCTQLNRA LTGIAVEQDK NTQEVFAQVK QIYKTPPIKD FGGFNFSQIL PDPSKPSKR SPIEDLLFNK VTLADAGFIK QYGDCLGDIA ARDLICAQKF NGLTVLPPLL TDEMIAQYTS ALLAGTITSG WTFGAGPALQ IPFPMQMAY RFNGIGVTQN VLYENQKLIA NQFNSAIGKI QDSLSSTPSA LGKLQDVVNQ NAQALNTLVK QLSSNFGAIS S VLNDILSR LDPPEAEVQI DRLITGRLQS LQTYVTQQLI RAAEIRASAN LAATKMSECV LGQSKRVDFC GKGYHLMSFP QS APHGVVF LHVTYVPAQE KNFTTAPAIC HDGKAHFPRE GVFVSNGTHW FVTQRNFYEP QIITTDNTFV SGNCDVVIGI VNN TVYDPL QPELDSFKEE LDKYFKNHTS PDVDLGDISG INASVVNIQK EIDRLNEVAK NLNESLIDLQ ELGKYEQYIK WP

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 14 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNH2C(CH2OH)3Tris buffer
300.0 mMNaClSodium chloride
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment of anti-RBD antibody E7

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 4.76 sec. / 平均電子線量: 31.6 e/Å2
詳細: Images were collected in counting mode at 25 frames per movie with an exposure time of 4.76 s per movie.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 402809
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio model / 詳細: cryoSPARC was used to generate an ab initio model.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1+220215) / 詳細: Non-uniform refinement in cryoSPARC / 使用した粒子像数: 198525
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0-beta-2-commit-543db0)
詳細: Heterogeneous refinement in cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.1+220215) / 詳細: Non-uniform refinement in cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6xkl

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6n16

chain_id: A, residue_range: 114-213, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6n16

chain_id: B, residue_range: 108-212, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7y71:
SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment of anti-RBD antibody E7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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