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万見
- PDB-7y72: SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y72
タイトルSARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment of anti-RBD antibody E7 (focused refinement on Fab-RBD interface)
要素
  • Fab E7 heavy chain
  • Fab E7 light chain
  • Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.03 Å
データ登録者Chia, W.N. / Tan, C.W. / Tan, A.W.K. / Young, B. / Starr, T.N. / Lopez, E. / Fibriansah, G. / Barr, J. / Cheng, S. / Yeoh, A.Y.Y. ...Chia, W.N. / Tan, C.W. / Tan, A.W.K. / Young, B. / Starr, T.N. / Lopez, E. / Fibriansah, G. / Barr, J. / Cheng, S. / Yeoh, A.Y.Y. / Yap, W.C. / Lim, B.L. / Ng, T.S. / Sia, W.R. / Zhu, F. / Chen, S. / Zhang, J. / Greaney, A.J. / Chen, M. / Au, G.G. / Paradkar, P. / Peiris, M. / Chung, A.W. / Bloom, J.D. / Lye, D. / Lok, S.M. / Wang, L.F.
資金援助 シンガポール, オーストラリア, 米国, 8件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF2016NRF-NSFC002-013 シンガポール
Other governmentSTPRG-FY19-001 シンガポール
Other governmentCOVID19RF-003 シンガポール
Other governmentCOVID19RF-060 シンガポール
Other governmentMOH-000535/MOH-OFYIRG19nov-0002 シンガポール
Other governmentOFLCG19May-0034 シンガポール
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT 2008092 オーストラリア
Damon Runyon Cancer Research Foundation 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Potent pan huACE2-dependent sarbecovirus neutralizing monoclonal antibodies isolated from a BNT162b2-vaccinated SARS survivor.
著者: Wan Ni Chia / Chee Wah Tan / Aaron Wai Kit Tan / Barnaby Young / Tyler N Starr / Ester Lopez / Guntur Fibriansah / Jennifer Barr / Samuel Cheng / Aileen Ying-Yan Yeoh / Wee Chee Yap / Beng ...著者: Wan Ni Chia / Chee Wah Tan / Aaron Wai Kit Tan / Barnaby Young / Tyler N Starr / Ester Lopez / Guntur Fibriansah / Jennifer Barr / Samuel Cheng / Aileen Ying-Yan Yeoh / Wee Chee Yap / Beng Lee Lim / Thiam-Seng Ng / Wan Rong Sia / Feng Zhu / Shiwei Chen / Jinyan Zhang / Madeline Sheng Si Kwek / Allison J Greaney / Mark Chen / Gough G Au / Prasad N Paradkar / Malik Peiris / Amy W Chung / Jesse D Bloom / David Lye / Sheemei Lok / Lin-Fa Wang /
要旨: The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern such as Omicron hampered efforts in controlling the ongoing coronavirus disease 2019 pandemic due to ...The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern such as Omicron hampered efforts in controlling the ongoing coronavirus disease 2019 pandemic due to their ability to escape neutralizing antibodies induced by vaccination or prior infection, highlighting the need to develop broad-spectrum vaccines and therapeutics. Most human monoclonal antibodies (mAbs) reported to date have not demonstrated true pan-sarbecovirus neutralizing breadth especially against animal sarbecoviruses. Here, we report the isolation and characterization of highly potent mAbs targeting the receptor binding domain (RBD) of huACE2-dependent sarbecovirus from a SARS-CoV survivor vaccinated with BNT162b2. Among the six mAbs identified, one (E7) showed better huACE2-dependent sarbecovirus neutralizing potency and breadth than any other mAbs reported to date. Mutagenesis and cryo-electron microscopy studies indicate that these mAbs have a unique RBD contact footprint and that E7 binds to a quaternary structure-dependent epitope.
履歴
登録2022年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein
C: Spike glycoprotein
P: Fab E7 light chain
O: Fab E7 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,9804
ポリマ－312,9804
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 132860.156 Da / 分子数: 2
変異: R683A, R685A, F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 Fab E7 light chain


分子量: 23920.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab E7 heavy chain


分子量: 23339.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment of anti-RBD antibody E7
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: EXPI293
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris bufferNH2C(CH2OH)31
2300 mMSodium chlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: SARS-CoV-2 spike glycoprotein trimer complexed with Fab fragment of anti-RBD antibody E7
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.76 sec. / 電子線照射量: 31.6 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1
詳細: Images were collected in counting mode at 25 frames per movie with an exposure time of 4.76 s per movie.
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Warp1.0.9粒子像選択
2SerialEM3.8.6画像取得
4CTFFIND4.1.14CTF補正
7UCSF Chimera1.16モデルフィッティングInitial rigid body docking was done in UCSF Chimera.
8Coot0.8.9.2-preモデルフィッティング
10Coot0.8.9.2-preモデル精密化
11PHENIX1.20.1-4487モデル精密化Real space refinement was done in PHENIX.
12RELION4.0-beta-2-commit-543db0初期オイラー角割当
13cryoSPARC3.3.1+220215最終オイラー角割当
15cryoSPARC3.3.1+220215３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 402809
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 198525 / 詳細: Local refinement in cryoSPARC / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID 3D fitting-IDPdb chain residue range
16XKL

6xkl

1
26N16

6n16

A1114-213
36N16

6n16

B1108-212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036324
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6348607
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.357872
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044938
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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