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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y41 | |||||||||
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タイトル | Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase of growth | |||||||||
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![]() | RIBOSOME / Mycobacterium 50S subunit / Domain IV of 23S rRNA / Log Phase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
![]() | Sengupta, J. / Baid, P. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM captures a unique conformational rearrangement in 23S rRNA helices of the Mycobacterium 50S subunit. 著者: Priya Baid / Jayati Sengupta / ![]() 要旨: Structural investigations of the ribosomes isolated from pathogenic and non-pathogenic Mycobacterium species have identified several mycobacteria-specific structural features of ribosomal RNA and ...Structural investigations of the ribosomes isolated from pathogenic and non-pathogenic Mycobacterium species have identified several mycobacteria-specific structural features of ribosomal RNA and proteins. Here, we report structural evidence of a hitherto unknown conformational switch of mycobacterium 23S rRNA helices (H54a and H67-H71). Cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures (~3-4 Å) of the M. smegmatis (Msm) log-phase 50S ribosomal subunit revealed conformational variability in H67-H71 region of the 23S rRNA, and manifested that, while H68 possesses the usual stretched conformation in one class of the maps, another one exhibits a bulge-out, fused density of H68-H69 at the inter-subunit surface, indicating an intrinsic dynamics of these rRNA helices. Remarkably, altered conformation of H68 forming a more prominent bulge-out structure at the inter-subunit surface of the 50S subunit due to the conformational rearrangements of 23S rRNA H67-H71 region was clearly visualized in a 3 Å cryo-EM map of the 50S subunit obtained from the stationary phase ribosome dataset. The Msm50S subunit having such bulge-out conformation at the intersubunit surface would be incompatible for associating with the 30S subunit due to its inability to form major inter-subunit bridges. Evidently, availability of active 70S ribosome pool can be modulated by stabilizing either one of the H68 conformation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 140.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 247.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 33599MC ![]() 7xamC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 3
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2841.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0QTP4 |
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-RNA鎖 , 2種, 2分子 AB
#2: RNA鎖 | 分子量: 1012140.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: GenBank: 118168627 |
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#3: RNA鎖 | 分子量: 38061.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: GenBank: 118168627 |
+50S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 CDEFGIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefg
-非ポリマー , 2種, 411分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#34: 化合物 | ChemComp-MG / #35: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Log Phase of growth タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#33 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.8 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29350 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5O60 Accession code: 5O60 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 4.1 Å |