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万見
- PDB-7xw7: TSHR-K1-70 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xw7
タイトルTSHR-K1-70 complex
要素
  • K1-70 scFv
  • Thyrotropin receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / thyroid-stimulating hormone / thyroid-stimulating hormone receptor / THS / THSR / GPCR / Gs / k1-70
機能・相同性
機能・相同性情報


thyroid-stimulating hormone signaling pathway / cellular response to glycoprotein / cellular response to thyrotropin-releasing hormone / thyroid-stimulating hormone receptor activity / Hormone ligand-binding receptors / G protein-coupled peptide receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / hormone-mediated signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell-cell signaling ...thyroid-stimulating hormone signaling pathway / cellular response to glycoprotein / cellular response to thyrotropin-releasing hormone / thyroid-stimulating hormone receptor activity / Hormone ligand-binding receptors / G protein-coupled peptide receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / hormone-mediated signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell-cell signaling / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / G alpha (s) signalling events / basolateral plasma membrane / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thyrotropin receptor / Glycoprotein hormone receptor family / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Leucine-rich repeat domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Thyrotropin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Duan, J. / Xu, P. / Luan, X. / Ji, Y. / Yuan, Q. / He, X. / Ye, J. / Cheng, X. / Jiang, H. / Zhang, S. ...Duan, J. / Xu, P. / Luan, X. / Ji, Y. / Yuan, Q. / He, X. / Ye, J. / Cheng, X. / Jiang, H. / Zhang, S. / Jiang, Y. / Xu, H.E.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32130022 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Hormone- and antibody-mediated activation of the thyrotropin receptor.
著者: Jia Duan / Peiyu Xu / Xiaodong Luan / Yujie Ji / Xinheng He / Ning Song / Qingning Yuan / Ye Jin / Xi Cheng / Hualiang Jiang / Jie Zheng / Shuyang Zhang / Yi Jiang / H Eric Xu /
要旨: Thyroid-stimulating hormone (TSH), through activation of its G-protein-coupled thyrotropin receptor (TSHR), controls the synthesis of thyroid hormone-an essential metabolic hormone. Aberrant ...Thyroid-stimulating hormone (TSH), through activation of its G-protein-coupled thyrotropin receptor (TSHR), controls the synthesis of thyroid hormone-an essential metabolic hormone. Aberrant signalling of TSHR by autoantibodies causes Graves' disease (hyperthyroidism) and hypothyroidism, both of which affect millions of patients worldwide. Here we report the active structures of TSHR with TSH and the activating autoantibody M22, both bound to the allosteric agonist ML-109, as well as an inactivated TSHR structure with the inhibitory antibody K1-70. Both TSH and M22 push the extracellular domain (ECD) of TSHR into an upright active conformation. By contrast, K1-70 blocks TSH binding and cannot push the ECD into the upright conformation. Comparisons of the active and inactivated structures of TSHR with those of the luteinizing hormone/choriogonadotropin receptor (LHCGR) reveal a universal activation mechanism of glycoprotein hormone receptors, in which a conserved ten-residue fragment (P10) from the hinge C-terminal loop mediates ECD interactions with the TSHR transmembrane domain. One notable feature is that there are more than 15 cholesterols surrounding TSHR, supporting its preferential location in lipid rafts. These structures also highlight a similar ECD-push mechanism for TSH and autoantibody M22 to activate TSHR, therefore providing the molecular basis for Graves' disease.
履歴
登録2022年5月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年7月26日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.pdb_format_compatible
改定 2.02024年3月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_entity_assembly / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _em_entity_assembly.entity_id_list / _entity_name_com.entity_id / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.num / _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: K1-70 scFv
R: Thyrotropin receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2952
ポリマ－104,2952
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: 抗体 K1-70 scFv


分子量: 24400.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: タンパク質 Thyrotropin receptor / Thyroid-stimulating hormone receptor / TSH-R


分子量: 79894.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TSHR, LGR3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P16473

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TSHR-thyroid stimulating hormone-Gs-ML109 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo (哺乳類)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52479 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0013919
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.2945452
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d2.168790
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044747
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.001790

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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