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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xcp | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Omicron RBD complexed with ACE2 and 304 Fab | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Omicron / Receptor Binding Domain / ACE2 / Fab 304 | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / negative regulation of signaling receptor activity / regulation of vasoconstriction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / negative regulation of signaling receptor activity / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / maternal process involved in female pregnancy / angiotensin maturation / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / carboxypeptidase activity / Attachment and Entry / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / viral life cycle / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / regulation of transmembrane transporter activity / cilium / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / endocytic vesicle membrane / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / regulation of cell population proliferation / endopeptidase activity / Potential therapeutics for SARS / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / symbiont entry into host cell / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å | ||||||
![]() | Zhao, Z. / Qi, J. / Gao, F.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Omicron SARS-CoV-2 mutations stabilize spike up-RBD conformation and lead to a non-RBM-binding monoclonal antibody escape 著者: Zhao, Z. / Zhou, J. / Tian, M. / Huang, M. / Liu, S. / Xie, Y. / Han, P. / Bai, C. / Han, P. / Zheng, A. / Fu, L. / Gao, Y. / Peng, Q. / Li, Y. / Chai, Y. / Zhang, Z. / Zhao, X. / Song, H. / ...著者: Zhao, Z. / Zhou, J. / Tian, M. / Huang, M. / Liu, S. / Xie, Y. / Han, P. / Bai, C. / Han, P. / Zheng, A. / Fu, L. / Gao, Y. / Peng, Q. / Li, Y. / Chai, Y. / Zhang, Z. / Zhao, X. / Song, H. / Qi, J. / Wang, Q. / Wang, P. / Gao, G.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 264 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 199.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 59.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 33125MC ![]() 7xchC ![]() 7xciC ![]() 7xckC ![]() 7xcoC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 69038.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他) 参照: UniProt: Q9BYF1 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 22167.035 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 333-527 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: S, 2 発現宿主: Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他) 参照: UniProt: P0DTC2 |
-抗体 , 2種, 2分子 HL
#3: 抗体 | 分子量: 23729.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
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#4: 抗体 | 分子量: 23369.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Mammalian expression vector EGFP-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
-糖 , 2種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#6: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
#7: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GRAPHENE OXIDE | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI/PHILIPS CM300FEG/T |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1635544 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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