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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x5a | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of RuvA-Holliday junction complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / RuvA / Holliday junction / Homologous recombination / DNA damage repair / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / four-way junction DNA binding / DNA recombination / DNA repair / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å | |||||||||
データ登録者 | Lin, Z. / Qu, Q. / Zhang, X. / Zhou, Z. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the RuvAB-Holliday junction intermediate complex from . 著者: Xu Zhang / Zixuan Zhou / Lin Dai / Yulin Chao / Zheng Liu / Mingdong Huang / Qianhui Qu / Zhonghui Lin / 要旨: Holliday junction (HJ) is a four-way structured DNA intermediate in homologous recombination. In bacteria, the HJ-specific binding protein RuvA and the motor protein RuvB together form the RuvAB ...Holliday junction (HJ) is a four-way structured DNA intermediate in homologous recombination. In bacteria, the HJ-specific binding protein RuvA and the motor protein RuvB together form the RuvAB complex to catalyze HJ branch migration. (, Pa) is a ubiquitous opportunistic bacterial pathogen that can cause serious infection in a variety of host species, including vertebrate animals, insects and plants. Here, we describe the cryo-Electron Microscopy (cryo-EM) structure of the RuvAB-HJ intermediate complex from . The structure shows that two RuvA tetramers sandwich HJ at the junction center and disrupt base pairs at the branch points of RuvB-free HJ arms. Eight RuvB subunits are recruited by the RuvA octameric core and form two open-rings to encircle two opposite HJ arms. Each RuvB subunit individually binds a RuvA domain III. The four RuvB subunits within the ring display distinct subdomain conformations, and two of them engage the central DNA duplex at both strands with their C-terminal β-hairpins. Together with the biochemical analyses, our structure implicates a potential mechanism of RuvB motor assembly onto HJ DNA. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x5a.cif.gz | 239.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x5a.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7x5a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7x5a_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7x5a_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7x5a_validation.xml.gz | 44.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7x5a_validation.cif.gz | 65.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/7x5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/7x5a | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 7999.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 7972.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 7981.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 7972.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#5: タンパク質 | 分子量: 15432.009 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: PAO1 / 遺伝子: ruvA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q51425, DNA helicase |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 倍率(補正後): 60241 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143397 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL |