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- PDB-7x3c: Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 muture virion in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x3c
タイトルCryo-EM structure of Coxsackievirus B1 muture virion in complex with nAbs 8A10 and 5F5 (CVB1-M:8A10:5F5)
要素
  • 5F5 heavy chain
  • 5F5 light chain
  • 8A10 heavy chain
  • 8A10 light chain
  • Capsid protein VP4
  • VP2
  • VP3
  • Virion protein 1
キーワードVIRUS / Coxsackievirus B1 / Neutralizing antibody / Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / host cell cytoplasm / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Zheng, Q. / Zhu, R. / Sun, H. / Cheng, T. / Li, S. / Xia, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the synergistic neutralization of coxsackievirus B1 by a triple-antibody cocktail.
著者: Qingbing Zheng / Rui Zhu / Zhichao Yin / Longfa Xu / Hui Sun / Hai Yu / Yuanyuan Wu / Yichao Jiang / Qiongzi Huang / Yang Huang / Dongqing Zhang / Liqin Liu / Hongwei Yang / Maozhou He / ...著者: Qingbing Zheng / Rui Zhu / Zhichao Yin / Longfa Xu / Hui Sun / Hai Yu / Yuanyuan Wu / Yichao Jiang / Qiongzi Huang / Yang Huang / Dongqing Zhang / Liqin Liu / Hongwei Yang / Maozhou He / Zhenhong Zhou / Yanan Jiang / Zhenqin Chen / Huan Zhao / Yuqiong Que / Zhibo Kong / Lizhi Zhou / Tingting Li / Jun Zhang / Wenxin Luo / Ying Gu / Tong Cheng / Shaowei Li / Ningshao Xia /
要旨: Coxsackievirus B1 (CVB1) is an emerging pathogen associated with severe neonatal diseases including aseptic meningitis, myocarditis, and pancreatitis and also with the development of type 1 diabetes. ...Coxsackievirus B1 (CVB1) is an emerging pathogen associated with severe neonatal diseases including aseptic meningitis, myocarditis, and pancreatitis and also with the development of type 1 diabetes. We characterize the binding and therapeutic efficacies of three CVB1-specific neutralizing antibodies (nAbs) identified for their ability to inhibit host receptor engagement. High-resolution cryo-EM structures showed that these antibodies recognize different epitopes but with an overlapping region in the capsid VP2 protein and specifically the highly variable EF loop. Moreover, they perturb capsid-receptor interactions by binding various viral particle forms. Antibody combinations achieve synergetic neutralization via a stepwise capsid transition and virion disruption, indicating dynamic changes in the virion in response to multiple nAbs targeting the receptor-binding site. Furthermore, this three-antibody cocktail protects against lethal challenge in neonatal mice and limits pancreatitis and viral replication in a non-obese diabetic mouse model. These results illustrate the utility of nAbs for rational design of therapeutics against picornaviruses such as CVB.
履歴
登録2022年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: 8A10 light chain
H: 8A10 heavy chain
A: Virion protein 1
B: VP2
C: VP3
D: Capsid protein VP4
E: 5F5 light chain
F: 5F5 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,3949
ポリマ－144,1378
非ポリマー2561
水00
1
L: 8A10 light chain
H: 8A10 heavy chain
A: Virion protein 1
B: VP2
C: VP3
D: Capsid protein VP4
E: 5F5 light chain
F: 5F5 heavy chain
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,663,619540
ポリマ－8,648,233480
非ポリマー15,38560
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
L: 8A10 light chain
H: 8A10 heavy chain
A: Virion protein 1
B: VP2
C: VP3
D: Capsid protein VP4
E: 5F5 light chain
F: 5F5 heavy chain
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 722 kDa, 40 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)721,96845
ポリマ－720,68640
非ポリマー1,2825
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
L: 8A10 light chain
H: 8A10 heavy chain
A: Virion protein 1
B: VP2
C: VP3
D: Capsid protein VP4
E: 5F5 light chain
F: 5F5 heavy chain
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 866 kDa, 48 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)866,36254
ポリマ－864,82348
非ポリマー1,5396
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#3: タンパク質 Virion protein 1 / VP1 / P1C / P1D


分子量: 31207.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: W8GTF7
#4: タンパク質 VP2


分子量: 29122.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A2S0RQC2
#5: タンパク質 VP3


分子量: 26328.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: L7UV52, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 Capsid protein VP4 / VP4


分子量: 7484.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A2S1FMR1

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抗体 , 4種, 4分子 LHEF

#1: 抗体 8A10 light chain


分子量: 11945.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 8A10 heavy chain


分子量: 13323.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#7: 抗体 5F5 light chain


分子量: 11218.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#8: 抗体 5F5 heavy chain


分子量: 13506.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 1種, 1分子

#9: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 muture virion in complex with nAbs 8A10 and 5F5 (CVB1-M:8A10:5F5)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
由来(組換発現)生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F30
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3259: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81761 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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