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- EMDB-33004: Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 empty particle in complex ... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33004
タイトルCryo-EM structure of Coxsackievirus B1 empty particle in complex with nAb 9A3 (classified from CVB1 mature virion in complex with 8A10 and 9A3)
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 empty particle in complex with nAb 9A3 (classified from CVB1 mature virion in complex with 8A10 and 9A3)
    • タンパク質・ペプチド: 9A3 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 9A3 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Virion protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: VP3
キーワードCoxsackievirus B1 / Neutralizing antibody / Cryo-EM / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / host cell cytoplasm / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.82 Å
データ登録者Zheng Q / Zhu R / Sun H / Cheng T / Li S / Xia N
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the synergistic neutralization of coxsackievirus B1 by a triple-antibody cocktail.
著者: Qingbing Zheng / Rui Zhu / Zhichao Yin / Longfa Xu / Hui Sun / Hai Yu / Yuanyuan Wu / Yichao Jiang / Qiongzi Huang / Yang Huang / Dongqing Zhang / Liqin Liu / Hongwei Yang / Maozhou He / ...著者: Qingbing Zheng / Rui Zhu / Zhichao Yin / Longfa Xu / Hui Sun / Hai Yu / Yuanyuan Wu / Yichao Jiang / Qiongzi Huang / Yang Huang / Dongqing Zhang / Liqin Liu / Hongwei Yang / Maozhou He / Zhenhong Zhou / Yanan Jiang / Zhenqin Chen / Huan Zhao / Yuqiong Que / Zhibo Kong / Lizhi Zhou / Tingting Li / Jun Zhang / Wenxin Luo / Ying Gu / Tong Cheng / Shaowei Li / Ningshao Xia /
要旨: Coxsackievirus B1 (CVB1) is an emerging pathogen associated with severe neonatal diseases including aseptic meningitis, myocarditis, and pancreatitis and also with the development of type 1 diabetes. ...Coxsackievirus B1 (CVB1) is an emerging pathogen associated with severe neonatal diseases including aseptic meningitis, myocarditis, and pancreatitis and also with the development of type 1 diabetes. We characterize the binding and therapeutic efficacies of three CVB1-specific neutralizing antibodies (nAbs) identified for their ability to inhibit host receptor engagement. High-resolution cryo-EM structures showed that these antibodies recognize different epitopes but with an overlapping region in the capsid VP2 protein and specifically the highly variable EF loop. Moreover, they perturb capsid-receptor interactions by binding various viral particle forms. Antibody combinations achieve synergetic neutralization via a stepwise capsid transition and virion disruption, indicating dynamic changes in the virion in response to multiple nAbs targeting the receptor-binding site. Furthermore, this three-antibody cocktail protects against lethal challenge in neonatal mice and limits pancreatitis and viral replication in a non-obese diabetic mouse model. These results illustrate the utility of nAbs for rational design of therapeutics against picornaviruses such as CVB.
履歴
登録2022年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33004.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33004.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 560 pix.
= 627.2 Å		1.12 Å/pix.
x 560 pix.
= 627.2 Å		1.12 Å/pix.
x 560 pix.
= 627.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.1614686 - 2.561779
平均 (標準偏差)-0.0032138433 (±0.15383433)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 627.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 empty particle in complex ...

全体名称: Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 empty particle in complex with nAb 9A3 (classified from CVB1 mature virion in complex with 8A10 and 9A3)
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 empty particle in complex with nAb 9A3 (classified from CVB1 mature virion in complex with 8A10 and 9A3)
    • タンパク質・ペプチド: 9A3 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 9A3 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Virion protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: VP3

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超分子 #1: Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 empty particle in complex ...

超分子名称: Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 empty particle in complex with nAb 9A3 (classified from CVB1 mature virion in complex with 8A10 and 9A3)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)

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分子 #1: 9A3 heavy chain

分子名称: 9A3 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.768251 KDa
配列文字列:
EVKLVESGGG LVQPGGSLSL SCAASGFTFT DYYMNWVRQP SGKALEWLGF LRNKANGYTT EYSASVKGRF TISRDNSQSI LYLQMNALR AEDSATYYCA RSRYYGGTYR YALDYWGQGT SVTVS

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分子 #2: 9A3 light chain

分子名称: 9A3 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.47268 KDa
配列文字列:
ENVLTQSPPI MSASPGEKVT MTCRASSSVS SSYLHWYQQK SGASPKLWIY STSNLASGVP ARFSGSGSGT SYSLTISSVE AEDAATYYC QQFSGYPLTF GAGTKLELK

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分子 #3: Virion protein 1

分子名称: Virion protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 31.207117 KDa
配列文字列: GPVEESVDRA VARVADTISS RPTNSESIPA LTAAETGHTS QVVPSDTMQT RHVKNYHSRS ESSIENFLCR SACVYYATYT NNSKKGFAE WVINTRQVAQ LRRKLELFTY LRFDLELTFV ITSAQQPSTA SSVDAPVQTH QIMYVPPGGP VPTKVKDYAW Q TSTNPSVF ...文字列:
GPVEESVDRA VARVADTISS RPTNSESIPA LTAAETGHTS QVVPSDTMQT RHVKNYHSRS ESSIENFLCR SACVYYATYT NNSKKGFAE WVINTRQVAQ LRRKLELFTY LRFDLELTFV ITSAQQPSTA SSVDAPVQTH QIMYVPPGGP VPTKVKDYAW Q TSTNPSVF WTEGNAPPRM SIPFISIGNA YSCFYDGWTQ FSRNGVYGIN TLNNMGTLYM RHVNEAGQGP IKSTVRIYFK PK HVKAWVP RPPRLCQYEK QKNVNFSPIG VTTSRTDIIT T

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 29.122744 KDa
配列文字列: SPSAEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGVWPE YLKDNEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLESVQ WMKNSAGWWW KLPDALSQM GLFGQNMQYH YLGRTGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGCSNLNN TPEFSELSGG DSARMFTDTQ V GESNAKKV ...文字列:
SPSAEECGYS DRVRSITLGN STITTQECAN VVVGYGVWPE YLKDNEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLESVQ WMKNSAGWWW KLPDALSQM GLFGQNMQYH YLGRTGYTIH VQCNASKFHQ GCLLVVCVPE AEMGCSNLNN TPEFSELSGG DSARMFTDTQ V GESNAKKV QTAVWNAGMG VGVGNLTIFP HQWINLRTNN SATLVMPYIN SVPMDNMFRH NNLTLMIIPF VPLNYSEGSS PY VPITVTI APMCAEYNGL RLASNQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Coxsackievirus B1 (コクサッキーウイルス)
分子量理論値: 26.328764 KDa
配列文字列: GLPVMTTPGS TQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMQIPGRV NNLMEIAEVD SVVPVNNTED NVSSLKAYQI PVQSNSDNGK QVFGFPLQP GANNVLNRTL LGEILNYYTH WSGSIKLTFM FCGSAMATGK FLLAYSPPGA GVPKNRKDAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCV ...文字列:
GLPVMTTPGS TQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPEMQIPGRV NNLMEIAEVD SVVPVNNTED NVSSLKAYQI PVQSNSDNGK QVFGFPLQP GANNVLNRTL LGEILNYYTH WSGSIKLTFM FCGSAMATGK FLLAYSPPGA GVPKNRKDAM LGTHVIWDVG L QSSCVLCV PWISQTHYRY VVEDEYTAAG YVTCWYQTNI VVPADVQSSC DILCFVSACN DFSVRMLKDT PFIRQDTFYQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2038
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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