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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7x1h | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human BTR1 in the inward-facing state with R125H mutation | |||||||||
要素 | Isoform 1 of Solute carrier family 4 member 11 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / SLC4A11 / BTR1 / SLC transporter | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 borate transport / active borate transmembrane transporter activity / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / fluid transport / water transmembrane transporter activity / monoatomic ion homeostasis / intracellular monoatomic cation homeostasis / cellular hypotonic response / proton channel activity / solute:inorganic anion antiporter activity ...borate transport / active borate transmembrane transporter activity / regulation of mesenchymal stem cell differentiation / fluid transport / water transmembrane transporter activity / monoatomic ion homeostasis / intracellular monoatomic cation homeostasis / cellular hypotonic response / proton channel activity / solute:inorganic anion antiporter activity / symporter activity / bicarbonate transport / monoatomic anion transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / vesicle membrane / sodium channel activity / sodium ion transport / proton transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / proton transmembrane transport / regulation of mitochondrial membrane potential / transmembrane transport / cellular response to oxidative stress / basolateral plasma membrane / protein dimerization activity / apical plasma membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å | |||||||||
データ登録者 | Yin, Y. / Lu, Y. / Zuo, P. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural insights into the conformational changes of BTR1/SLC4A11 in complex with PIP. 著者: Yishuo Lu / Peng Zuo / Hongyi Chen / Hui Shan / Weize Wang / Zonglin Dai / He Xu / Yayu Chen / Ling Liang / Dian Ding / Yan Jin / Yuxin Yin / 要旨: BTR1 (SLC4A11) is a NH stimulated H (OH) transporter belonging to the SLC4 family. Dysfunction of BTR1 leads to diseases such as congenital hereditary endothelial dystrophy (CHED) and Fuchs ...BTR1 (SLC4A11) is a NH stimulated H (OH) transporter belonging to the SLC4 family. Dysfunction of BTR1 leads to diseases such as congenital hereditary endothelial dystrophy (CHED) and Fuchs endothelial corneal dystrophy (FECD). However, the mechanistic basis of BTR1 activation by alkaline pH, transport activity regulation and pathogenic mutations remains elusive. Here, we present cryo-EM structures of human BTR1 in the outward-facing state in complex with its activating ligands PIP and the inward-facing state with the pathogenic R125H mutation. We reveal that PIP binds at the interface between the transmembrane domain and the N-terminal cytosolic domain of BTR1. Disruption of either the PIP binding site or protonation of PIP phosphate groups by acidic pH can transform BTR1 into an inward-facing conformation. Our results provide insights into the mechanisms of how the transport activity and conformation changes of BTR1 are regulated by PIP binding and interaction of TMD and NTD. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7x1h.cif.gz | 245.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7x1h.ent.gz | 194.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7x1h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7x1h_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7x1h_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7x1h_validation.xml.gz | 47.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7x1h_validation.cif.gz | 68.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/7x1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/7x1h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 99684.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC4A11, BTR1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NBS3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Solute carrier family 4 member 11, isoform B / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.199 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 3.1.0 / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99556 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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