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万見
- PDB-7wvf: ectoTLR3-mAb12-poly(I:C) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wvf
タイトルectoTLR3-mAb12-poly(I:C) complex
要素
  • (RNA (46-MER)) x 2
  • Toll-like receptor 3TLR3
  • mAb12
キーワードIMMUNE SYSTEM/RNA (免疫系) / Toll-like receptor (Toll様受容体) / dsRNA (リボ核酸) / Innate immunity (自然免疫系) / Receptor / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-RNA complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


TLR3 deficiency - HSE / UNC93B1 deficiency - HSE / TICAM1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / TRAF3 deficiency - HSE / regulation of dendritic cell cytokine production / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / I-kappaB phosphorylation ...TLR3 deficiency - HSE / UNC93B1 deficiency - HSE / TICAM1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / response to dsRNA / TRAF3 deficiency - HSE / regulation of dendritic cell cytokine production / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / I-kappaB phosphorylation / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / inflammatory response to wounding / toll-like receptor 3 signaling pathway / necroptotic signaling pathway / detection of virus / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / endolysosome membrane / hyperosmotic response / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Trafficking and processing of endosomal TLR / positive regulation of macrophage cytokine production / RSV-host interactions / pattern recognition receptor activity / Toll様受容体 / cellular response to exogenous dsRNA / response to exogenous dsRNA / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of interferon-alpha production / cellular response to interferon-beta / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interferon-beta production / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / 細胞外マトリックス / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / transmembrane signaling receptor activity / male gonad development / positive regulation of tumor necrosis factor production / double-stranded RNA binding / positive regulation of type II interferon production / cellular response to xenobiotic stimulus / signaling receptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / エンドソーム / endosome membrane / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / lysosomal membrane / ゴルジ体 / 自然免疫系 / endoplasmic reticulum membrane / positive regulation of gene expression / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll様受容体 / ロイシンリッチリピート / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / TIR domain profile. ...Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll様受容体 / ロイシンリッチリピート / TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / ロイシンリッチリピート / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / TLR3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.91 Å
データ登録者Lim, C.S. / Jang, Y.H. / Lee, G.Y. / Han, G.M. / Lee, J.O.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2019M3E5D6066058 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017M3A9F6029753 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: TLR3 forms a highly organized cluster when bound to a poly(I:C) RNA ligand.
著者: Chan Seok Lim / Yoon Ha Jang / Ga Young Lee / Gu Min Han / Hye Jin Jeong / Ji Won Kim / Jie-Oh Lee /
要旨: Toll-like Receptor 3 (TLR3) initiates a potent anti-viral immune response by binding to double-stranded RNA ligands. Previous crystallographic studies showed that TLR3 forms a homodimer when bound to ...Toll-like Receptor 3 (TLR3) initiates a potent anti-viral immune response by binding to double-stranded RNA ligands. Previous crystallographic studies showed that TLR3 forms a homodimer when bound to a 46-base pair RNA ligand. However, this short RNA fails to initiate a robust immune response. To obtain structural insights into the length dependency of TLR3 ligands, we determine the cryo-electron microscopy structure of full-length TLR3 in a complex with a synthetic RNA ligand with an average length of ~400 base pairs. In the structure, the dimeric TLR3 units are clustered along the double-stranded RNA helix in a highly organized and cooperative fashion with a uniform inter-dimer spacing of 103 angstroms. The intracellular and transmembrane domains are dispensable for the clustering because their deletion does not interfere with the cluster formation. Our structural observation suggests that ligand-induced clustering of TLR3 dimers triggers the ordered assembly of intracellular signaling adaptors and initiates a robust innate immune response.
履歴
登録2022年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 3
B: Toll-like receptor 3
E: RNA (46-MER)
F: RNA (46-MER)
C: mAb12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,6965
ポリマ－213,6965
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Toll-like receptor 3 / TLR3


分子量: 78423.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLR3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O15455
#2: RNA鎖 RNA (46-MER)


分子量: 13993.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 RNA (46-MER)


分子量: 15143.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 抗体 mAb12


分子量: 27712.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1ectoTLR3-mAb12-poly(I:C) complexCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2ectoTLR3-mAb12COMPLEX#1, #41RECOMBINANT
3poly(I:C)COMPLEX#2-#31SYNTHETIC
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 5.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acidC6H13NO4S1
2150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 136835 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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