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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wih | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of LY2794193-bound mGlu3 | ||||||
要素 | Metabotropic glutamate receptor 3 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Glutamate / G protein-coupled receptor / Cryo-EM / Selective ligand | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 group II metabotropic glutamate receptor activity / astrocyte projection / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / calcium channel regulator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / G protein-coupled receptor activity ...group II metabotropic glutamate receptor activity / astrocyte projection / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / glutamate receptor activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / calcium channel regulator activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / G protein-coupled receptor activity / presynaptic membrane / gene expression / G alpha (i) signalling events / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic density / axon / glutamatergic synapse / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å | ||||||
データ登録者 | Fang, W. / Yang, F. / Xu, C.J. / Ling, S.L. / Lin, L. / Zhou, Y.X. / Sun, W.J. / Wang, X.M. / Liu, P. / Rondard, P. ...Fang, W. / Yang, F. / Xu, C.J. / Ling, S.L. / Lin, L. / Zhou, Y.X. / Sun, W.J. / Wang, X.M. / Liu, P. / Rondard, P. / Pan, S. / Pin, J.P. / Tian, C.L. / Liu, J.F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2022 タイトル: Structural basis of the activation of metabotropic glutamate receptor 3. 著者: Wei Fang / Fan Yang / Chanjuan Xu / Shenglong Ling / Li Lin / Yingxin Zhou / Wenjing Sun / Xiaomei Wang / Peng Liu / Philippe Rondard / Pan Shi / Jean-Philippe Pin / Changlin Tian / Jianfeng Liu / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wih.cif.gz | 257.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wih.ent.gz | 190.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wih.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wih_validation.pdf.gz | 923.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wih_full_validation.pdf.gz | 923.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7wih_validation.xml.gz | 42.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wih_validation.cif.gz | 65.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/7wih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/7wih | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 100021.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRM3, GPRC1C, MGLUR3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q14832 #2: 糖 | #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of mGlu3 bound with LY2794193 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 57.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / カテゴリ: CTF補正 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 288762 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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