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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7whr | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Leishmanial GDP-mannose pyrophosphorylase | |||||||||
![]() | Nucleotidyl transferase family protein | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / protozoan enzyme / Leishmania donovani | |||||||||
機能・相同性 | ![]() mannose-1-phosphate guanylyltransferase / mannose-1-phosphate guanylyltransferase (GTP) activity / GDP-mannose biosynthetic process / protein glycosylation / GTP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Xu, W. / Li, H. / Huang, C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into selective inhibition of leishmanial GDP-mannose pyrophosphorylase. 著者: Hang Li / Tuo Ji / Qi Sun / Yao Chen / Weiya Xu / Chengdong Huang / ![]() | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 366.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 303.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 852.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 875.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 59.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 87.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 32509MC ![]() 7whsC ![]() 7whtC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41780.074 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: CGC21_17635 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Ld GDP-MP / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 56825 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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