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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wbu | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of bovine NLRP9 | |||||||||
要素 | NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 9 | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / NLR / NOD-like receptor / NLRP9 / Inflammasome | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 canonical inflammasome complex / regulation of inflammatory response / inflammatory response / innate immune response / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å | |||||||||
データ登録者 | Kamitsukasa, Y. / Shimizu, T. / Ohto, U. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: FEBS Lett / 年: 2022 タイトル: The structure of NLRP9 reveals a unique C-terminal region with putative regulatory function. 著者: Yukie Kamitsukasa / Kenji Nakano / Karin Murakami / Kunio Hirata / Masaki Yamamoto / Toshiyuki Shimizu / Umeharu Ohto / 要旨: Nucleotide-binding and oligomerisation domain-like receptors (NLRs) can form inflammasomes that activate caspase-1 and pro-interleukin-1β and induce pyroptosis. NLR family pyrin domain-containing 9 ...Nucleotide-binding and oligomerisation domain-like receptors (NLRs) can form inflammasomes that activate caspase-1 and pro-interleukin-1β and induce pyroptosis. NLR family pyrin domain-containing 9 (NLRP9) forms an inflammasome and activates innate immune responses during virus infection, but little is known about this process. Here, we report the crystal and cryo-electron microscopy structures of NLRP9 in an ADP-bound state, revealing inactive and closed conformations of NLRP9 and its similarities to other structurally characterised NLRs. Moreover, we found a C-terminal region interacting with the concave surface of the leucine-rich repeat domain of NLRP9. This region is unique among NLRs and might be involved in the specific function of NLRP9. These data provide the structural basis for understanding the mechanism of NLRP9 regulation and activation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7wbu.cif.gz | 230.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7wbu.ent.gz | 171.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7wbu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7wbu_validation.pdf.gz | 932.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7wbu_full_validation.pdf.gz | 941.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7wbu_validation.xml.gz | 29.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7wbu_validation.cif.gz | 43.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/7wbu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/7wbu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 32406MC 7wbtC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 106627.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: NLRP9, NALP9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q288C4 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: NLRP9 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP, 2 mM ADP |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50000 / 対称性のタイプ: POINT |