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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w01 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of nucleotide-free ABCA3 | ||||||
要素 | Phospholipid-transporting ATPase ABCA3 | ||||||
キーワード | TRANSLOCASE / ABC transporter / MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of protein homooligomerization / lamellar body membrane / Defective ABCA3 causes SMDP3 / Defective ABCA3 causes SMDP3 / alveolar lamellar body membrane / regulation of phosphatidylcholine metabolic process / phosphatidylcholine transfer activity / lamellar body / positive regulation of phospholipid transport / xenobiotic export from cell ...positive regulation of protein homooligomerization / lamellar body membrane / Defective ABCA3 causes SMDP3 / Defective ABCA3 causes SMDP3 / alveolar lamellar body membrane / regulation of phosphatidylcholine metabolic process / phosphatidylcholine transfer activity / lamellar body / positive regulation of phospholipid transport / xenobiotic export from cell / alveolar lamellar body / organelle assembly / phosphatidylcholine flippase activity / phosphatidylglycerol metabolic process / ABC transporters in lipid homeostasis / regulation of lipid biosynthetic process / phosphatidylcholine metabolic process / protein metabolic process / xenobiotic transmembrane transport / positive regulation of phospholipid efflux / Surfactant metabolism / phospholipid homeostasis / ABC-type xenobiotic transporter / lipid transporter activity / phospholipid transport / multivesicular body membrane / P-type phospholipid transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / surfactant homeostasis / xenobiotic transport / lipid transport / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / positive regulation of cholesterol efflux / response to glucocorticoid / lung development / cytoplasmic vesicle membrane / late endosome / membrane => GO:0016020 / response to xenobiotic stimulus / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / ATP hydrolysis activity / extracellular space / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Xie, T. / Zhang, Z.K. / Yue, J. / Gong, X. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of the human surfactant lipid transporter ABCA3. 著者: Tian Xie / Zike Zhang / Jian Yue / Qi Fang / Xin Gong / 要旨: The adenosine 5'-triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporter ABCA3 plays a critical role in pulmonary surfactant biogenesis. Mutations in human ABCA3 have been recognized as the most ...The adenosine 5'-triphosphate (ATP)-binding cassette (ABC) transporter ABCA3 plays a critical role in pulmonary surfactant biogenesis. Mutations in human ABCA3 have been recognized as the most frequent causes of inherited surfactant dysfunction disorders. Despite two decades of research, in vitro biochemical and structural studies of ABCA3 are still lacking. Here, we report the cryo-EM structures of human ABCA3 in two distinct conformations, both at resolution of 3.3 Å. In the absence of ATP, ABCA3 adopts a "lateral-opening" conformation with the lateral surfaces of transmembrane domains (TMDs) exposed to the membrane and features two positively charged cavities within the TMDs as potential substrate binding sites. ATP binding induces pronounced conformational changes, resulting in the collapse of the potential substrate binding cavities. Our results help to rationalize the disease-causing mutations in human ABCA3 and suggest a conserved "lateral access and extrusion" mechanism for both lipid export and import mediated by ABCA transporters. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w01.cif.gz | 293.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w01.ent.gz | 235.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w01.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7w01_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7w01_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7w01_validation.xml.gz | 49.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7w01_validation.cif.gz | 73.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/7w01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w0/7w01 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 196513.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCA3, ABC3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q99758, P-type phospholipid transporter, ABC-type xenobiotic transporter | ||||||
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#2: 糖 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ABCA3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.1_3865: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 111435 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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