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万見
- PDB-7vvm: PTH-bound human PTH1R in complex with Gs (class3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vvm
タイトルPTH-bound human PTH1R in complex with Gs (class3)
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Parathyroid hormone
  • Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
  • nanobody Nb35
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein-coupled receptor / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


parathyroid hormone receptor binding / type 1 parathyroid hormone receptor binding / negative regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / positive regulation of osteoclast proliferation / response to parathyroid hormone / macromolecule biosynthetic process / parathyroid hormone receptor activity / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell proliferation in bone marrow ...parathyroid hormone receptor binding / type 1 parathyroid hormone receptor binding / negative regulation of bone mineralization involved in bone maturation / negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / positive regulation of osteoclast proliferation / response to parathyroid hormone / macromolecule biosynthetic process / parathyroid hormone receptor activity / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / positive regulation of signal transduction / magnesium ion homeostasis / response to fibroblast growth factor / phosphate ion homeostasis / cAMP metabolic process / response to vitamin D / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G protein-coupled peptide receptor activity / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / negative regulation of chondrocyte differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (i) signalling events / osteoblast development / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (z) signalling events / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / photoreceptor outer segment membrane / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (i) signalling events / peptide hormone receptor binding / spectrin binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / bone mineralization / PKA activation in glucagon signalling / peptide hormone binding / Rho protein signal transduction / hair follicle placode formation / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / developmental growth / positive regulation of glycogen biosynthetic process / photoreceptor outer segment / D1 dopamine receptor binding / intracellular transport / renal water homeostasis / bone resorption / chondrocyte differentiation / Hedgehog 'off' state / positive regulation of bone mineralization / response to cadmium ion / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / cell maturation / homeostasis of number of cells within a tissue / cardiac muscle cell apoptotic process / cellular response to glucagon stimulus / adenylate cyclase activator activity / regulation of insulin secretion / photoreceptor inner segment / trans-Golgi network membrane / skeletal system development / positive regulation of D-glucose import / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / response to lead ion
類似検索 - 分子機能
Parathyroid hormone / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone family / Parathyroid hormone family signature. / Parathyroid hormone / GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. ...Parathyroid hormone / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone family / Parathyroid hormone family signature. / Parathyroid hormone / GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Parathyroid hormone / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Bos taurus (ウシ)
unidentified (未定義)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kobayashi, K. / Kusakizako, T. / Miyauchi, H. / Tomita, A. / Kobayashi, K. / Shihoya, W. / Yamashita, K. / Nishizawa, T. / Kato, H.E. / Nureki, O.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Endogenous ligand recognition and structural transition of a human PTH receptor.
著者: Kazuhiro Kobayashi / Kouki Kawakami / Tsukasa Kusakizako / Hirotake Miyauchi / Atsuhiro Tomita / Kan Kobayashi / Wataru Shihoya / Keitaro Yamashita / Tomohiro Nishizawa / Hideaki E Kato / ...著者: Kazuhiro Kobayashi / Kouki Kawakami / Tsukasa Kusakizako / Hirotake Miyauchi / Atsuhiro Tomita / Kan Kobayashi / Wataru Shihoya / Keitaro Yamashita / Tomohiro Nishizawa / Hideaki E Kato / Asuka Inoue / Osamu Nureki /
要旨: Endogenous parathyroid hormone (PTH) and PTH-related peptide (PTHrP) bind to the parathyroid hormone receptor 1 (PTH1R) and activate the stimulatory G-protein (Gs) signaling pathway. Intriguingly, ...Endogenous parathyroid hormone (PTH) and PTH-related peptide (PTHrP) bind to the parathyroid hormone receptor 1 (PTH1R) and activate the stimulatory G-protein (Gs) signaling pathway. Intriguingly, the two ligands have distinct signaling and physiological properties: PTH evokes prolonged Gs activation, whereas PTHrP evokes transient Gs activation with reduced bone-resorption effects. The distinct molecular actions are ascribed to the differences in ligand recognition and dissociation kinetics. Here, we report cryoelectron microscopic structures of six forms of the human PTH1R-Gs complex in the presence of PTH or PTHrP at resolutions of 2.8 -4.1 Å. A comparison of the PTH-bound and PTHrP-bound structures reveals distinct ligand-receptor interactions underlying the ligand affinity and selectivity. Furthermore, five distinct PTH-bound structures, combined with computational analyses, provide insights into the unique and complex process of ligand dissociation from the receptor and shed light on the distinct durations of signaling induced by PTH and PTHrP.
履歴
登録2021年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
N: nanobody Nb35
P: Parathyroid hormone
R: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,9546
ポリマ－163,9546
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein


分子量: 44255.664 Da / 分子数: 1 / 変異: G45E, E46N, L59Y, A245D, S248D, H358A, C361I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAS, GNAS1, GSP / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63092
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 38744.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gnb1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P54311
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7547.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63212

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抗体 / タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 3種, 3分子 NPR

#4: 抗体 nanobody Nb35


分子量: 15015.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質・ペプチド Parathyroid hormone / PTH / Parathormone / Parathyrin


分子量: 4125.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01270
#6: タンパク質 Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor / PTH/PTHrP type I receptor / PTH/PTHr receptor / Parathyroid hormone 1 receptor / PTH1 receptor


分子量: 54264.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTH1R, PTHR, PTHR1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q03431

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1endogenous ligand-bound the human PTH receptor in complex with GsCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms shortCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1COMPLEX#22RECOMBINANT
4Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2COMPLEX#33RECOMBINANT
5nanobody Nb35COMPLEX#44RECOMBINANT
6Parathyroid hormoneCOMPLEX#55SYNTHETIC
7Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptorCOMPLEX#66RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
22Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
33Bos taurus (ウシ)9913
44unidentified (未定義)32644
56Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
22Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
33Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
44Escherichia coli (大腸菌)562
56Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 64.319 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0298 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73994 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.2→135.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.882 / SU B: 18.279 / SU ML: 0.295 / ESU R: 0.345
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.36034 --
obs0.36034 129350 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 99.266 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 8509
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0110.0138689
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0280.0157911
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.5421.63611817
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.5061.57918012
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.68751123
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg32.15521.525413
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.776151305
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg14.6881554
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0770.21189
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0020.0210065
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.022123
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it12.25810.9284522
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other12.25610.9274521
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it18.41816.3755635
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other18.41716.3765636
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it12.56711.1914167
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other12.56611.1924168
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other19.96916.4676182
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined28.138198.26434126
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other28.139198.2534123
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.87 9529 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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