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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7vpx | ||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of the human pre-A complex | ||||||
要素 |
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キーワード | SPLICING / human spliceosome / pre-A complex / PRP5 / A complex / U1 snRNP / U2 snRNP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclear body organization / negative regulation of protein refolding / regulation of steroid biosynthetic process / U2AF complex / regulation of ATP-dependent activity / U11/U12 snRNP / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP ...nuclear body organization / negative regulation of protein refolding / regulation of steroid biosynthetic process / U2AF complex / regulation of ATP-dependent activity / U11/U12 snRNP / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / Leydig cell differentiation / B-WICH complex / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / male sex determination / splicing factor binding / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U1 snRNP binding / pICln-Sm protein complex / snRNP binding / RNA splicing, via transesterification reactions / small nuclear ribonucleoprotein complex / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / SMN-Sm protein complex / telomerase RNA binding / spliceosomal tri-snRNP complex / telomerase holoenzyme complex / P granule / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / mRNA cis splicing, via spliceosome / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / SAGA complex / U4 snRNP / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / U1 snRNP / pre-mRNA 5'-splice site binding / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / intercellular bridge / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / mRNA Splicing - Minor Pathway / spliceosomal complex assembly / regulation of RNA splicing / mRNA 5'-splice site recognition / mRNA 3'-splice site recognition / U5 snRNP / U2 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / regulation of DNA repair / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / Hsp70 protein binding / catalytic step 2 spliceosome / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / stem cell differentiation / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / spliceosomal complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / fibrillar center / mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of neuron projection development / nuclear matrix / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / mRNA processing / transcription corepressor activity / snRNP Assembly / spermatogenesis / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / nuclear body / RNA helicase / ribosome / nuclear speck / chromatin remodeling / mRNA binding / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) unidentified adenovirus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, X. / Zhan, X. / Shi, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structural insights into branch site proofreading by human spliceosome. 著者: Xiaofeng Zhang / Xiechao Zhan / Tong Bian / Fenghua Yang / Pan Li / Yichen Lu / Zhihan Xing / Rongyan Fan / Qiangfeng Cliff Zhang / Yigong Shi / 要旨: Selection of the pre-mRNA branch site (BS) by the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) is crucial to prespliceosome (A complex) assembly. The RNA helicase PRP5 proofreads BS selection but the ...Selection of the pre-mRNA branch site (BS) by the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) is crucial to prespliceosome (A complex) assembly. The RNA helicase PRP5 proofreads BS selection but the underlying mechanism remains unclear. Here we report the atomic structures of two sequential complexes leading to prespliceosome assembly: human 17S U2 snRNP and a cross-exon pre-A complex. PRP5 is anchored on 17S U2 snRNP mainly through occupation of the RNA path of SF3B1 by an acidic loop of PRP5; the helicase domain of PRP5 associates with U2 snRNA; the BS-interacting stem-loop (BSL) of U2 snRNA is shielded by TAT-SF1, unable to engage the BS. In the pre-A complex, an initial U2-BS duplex is formed; the translocated helicase domain of PRP5 stays with U2 snRNA and the acidic loop still occupies the RNA path. The pre-A conformation is specifically stabilized by the splicing factors SF1, DNAJC8 and SF3A2. Cancer-derived mutations in SF3B1 damage its association with PRP5, compromising BS proofreading. Together, these findings reveal key insights into prespliceosome assembly and BS selection or proofreading by PRP5. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7vpx.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7vpx.ent.gz | 848.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7vpx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7vpx_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7vpx_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7vpx_validation.xml.gz | 150 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7vpx_validation.cif.gz | 242.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/7vpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/7vpx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 32074MC 7evoC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Splicing factor 3A subunit ... , 3種, 3分子 BAC
#1: タンパク質 | 分子量: 49327.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15428 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 88991.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15459 |
#11: タンパク質 | 分子量: 58934.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12874 |
-タンパク質 , 5種, 6分子 DJEfk6
#2: タンパク質 | 分子量: 68401.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15637 | ||
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#3: タンパク質 | 分子量: 29900.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75937 | ||
#12: タンパク質 | 分子量: 117576.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7L014, RNA helicase | ||
#20: タンパク質 | 分子量: 24642.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14678 #28: タンパク質 | | 分子量: 12427.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7RTV0 |
-RNA鎖 , 4種, 4分子 HIKL
#4: RNA鎖 | 分子量: 60186.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 340097 |
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#22: RNA鎖 | 分子量: 83089.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified adenovirus (ウイルス) |
#23: RNA鎖 | 分子量: 3256.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified adenovirus (ウイルス) |
#24: RNA鎖 | 分子量: 52697.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1781322691 |
-Splicing factor 3B subunit ... , 5種, 5分子 12345
#5: タンパク質 | 分子量: 146024.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75533 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 100377.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13435 |
#7: タンパク質 | 分子量: 135718.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15393 |
#8: タンパク質 | 分子量: 44436.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15427 |
#9: タンパク質 | 分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BWJ5 |
-U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 FG
#13: タンパク質 | 分子量: 28456.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09661 |
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#14: タンパク質 | 分子量: 25524.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08579 |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 aibmcldnejgh
#15: タンパク質 | 分子量: 13551.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62316 #16: タンパク質 | 分子量: 9734.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62306 #17: タンパク質 | 分子量: 10817.601 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62304 #18: タンパク質 | 分子量: 8508.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62308 #19: タンパク質 | 分子量: 13940.308 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62318 #21: タンパク質 | 分子量: 13310.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62314 |
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-U1 small nuclear ribonucleoprotein ... , 3種, 3分子 OMN
#25: タンパク質 | 分子量: 51683.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08621 |
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#26: タンパク質 | 分子量: 31319.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09012 |
#27: タンパク質 | 分子量: 17415.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09234 |
-非ポリマー , 2種, 7分子
#29: 化合物 | ChemComp-ZN / #30: 化合物 | ChemComp-SJT / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.9 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 419522 / 対称性のタイプ: POINT |
精密化 | 最高解像度: 3 Å |